在《长编》编辑过程中，根据新发现的资料或对旧史料重新解读，使一些影响较大的有争议问题得到澄清，并对一些已被视为定论的看法提出修正意见。例如：

1.兴中会成立前后孙中山思想的主流问题。

这在史学界引起过长期讨论，直到1985年3月涿县孙中山研究述评国际讨论会上，仍然是与会代表关注和争论的中心议题之一。孙中山并非天生的革命者，在走上革命道路的历程中，曾经受过各种爱国进步思想的影响。问题在于，孙中山究竟何时确立其共和革命的宗旨。有学者认为，1895年广州起义时，孙中山还没有共和革命的思想。尽管兴中会誓词中有“创立合众政府”一语，但不够明确，且系后来的回忆。同时还有不少记载说孙中山当时主张反满复汉，直到起义失败后亡走日本，才从日本报刊的报道中知道自己的造反行动是“革命”，于是乎恍然大悟。更有人依据1900年孙中山致刘学询函中“主政一人，或称总统，或称帝王，弟决奉足下当之”的话，断定孙中山至此共和革命的观念主张仍在动摇之中。

《长编》征引了日本京都女子大学山本四郎教授发现的1895年3月4日、4月17日日本驻香港领事中川恒次郎致首相原敬的两封信，这是中川关于孙中山来访的报告，里面明确提到：孙文要在两广独立，建立共和国，并于成功之后选举总统。[1]这不仅澄清了汉语表述中“创立合众政府”一语的含混，而且为研究者们重新审定已往的结论提供了第一手资料。引伸下来，既然是年3月孙中山已经懂得共和国、总统等概念，绝不至于像冯自由或陈少白所描绘的那样，直到亡命日本时才知道自己的行动是革命。有幸得到孙中山抵神户当天《神户又新日报》有关报道的影印件，标题为《广东暴徒巨魁之履历及计画》，而不是《支那革命党首领孙逸仙抵日》[2]，也无“中国革命党孙逸仙”字样[3]，报道中甚至没有“革命”二字，只是将广州起义做了极不准确的介绍。联系到谢缵泰说广州起义前“孙念念不忘革命”[4]，则孙中山对革命的认识并非偶然的顿悟。

《长编》所引1900年日本、英国、法国的有关档案，记载了孙中山在惠州起义前后不同场合的谈话中，明确表示要在中国南方建立一个联邦共和国，然后推翻清朝专制统治，合纵18省创一东洋大共和国。[5]至于致刘学询函，合理的解释只能如冯自由所说：“知学询素抱帝王思想，故即以主政一席许之，而自挽兵政。其用意无非欲得其资助巨款，以达革命之目的而已。”[6]

孙中山出此下策，也是情非得已。这封信的写作时间，原函署为“明治三十三年九月于台北”，本应为公历，因为函内提到10月6日惠州起义事，故前依阴历推断为10月下旬。但此函系托平山周带往上海交给刘学询，据日本外务省档案，平山周于10月15日已经离开台湾[7]，所以日期应在10月中旬以前，原来的署期疑误。这时惠州义军节节进取，而武器弹药奇缺，台湾的日本殖民当局改变事先承诺，劝告参与其事的日本人士撤离，原定由日本运械的计划，也因中村弥六舞弊而告破灭。孙中山束手无策，迫不得已只好向刘学询让步，抱万一之希望，想以一顶皇冠诱其给予援助。无论手段是否足取，这无疑并不代表孙中山的政治宗旨。如果将其种种说词全都当成宗旨的直接表露，就无法得出合乎逻辑的结论。所以，用致刘学询函来证明孙中山的信仰仍在动摇彷徨，根据不足。而1897年孙中山与宫崎寅藏关于共和革命的谈话，确是肺腑之言。确定孙中山的宗旨，不仅有助于对兴中会的性质做出恰当判断，而且会对正确认识中国社会的客观要求、革命派与维新派初期的关系以及中国政治变革的道路等一系列问题产生积极的影响。

2.关于孙中山与犬养毅早期关系的几封信的时间。

1970年代中期，彭泽周根据日本学者发现的犬养毅致陆实的4封信，撰写了《犬养毅与中山先生》一文。[8]后来吴相湘所撰《国父传记新史料》，又附录了孙中山致犬养毅一封信的影印件。[9]编辑过程中，发现两位学者对这几封信的时间的判断不尽吻合。吴文所附孙中山原函署期为“十月十八日”，无年份，作者判定为1897年，即孙中山自伦敦回到日本，又由横滨移居东京不久。《孙中山全集》即取此说。仅从是函内容看，似无不可。不过，犬养毅接到是函的次日，曾经致函陆实道：“想孙逸仙所陈之事，请见附函。所谈之事已粗有眉目。向孙所陈之事，务请吾兄竭力协助，除麻溪（按即神鞭知常）、孙外，弟亦参加共商此事。资金可由友人中设法之。孙之约会内容在附函已大略谈到。”并将孙的来函附上。三天后，犬养毅又函告陆实：“关于孙逸仙之事，刻下已与彼磋商，以千元左右即可出发前往。孙之期盼吾兄鼎力以助之。”彭泽周据以断定为1902年10月，所谈之事为赴越南与法国印支当局接洽。两说相较，当以彭文的判断更为合理。

1897年8月，孙中山回到日本，原想由西南边境潜入内地，再次发动起义。他将计划告知宫崎寅藏，由后者转告其他日本人士。犬养毅、尾崎行雄和小村寿太郎等人商议后，认为“远入内地非得策”，要他暂住东京，伺机而动，因此孙中山放弃了原来的设想。孙的其他各次出行，1901年4月至6月以及1903年9月两度赴檀香山，月份不符。剩下的只有1902年的越南之行，因为总督韬美函召，孙中山早欲前往，苦于经费无着，一直未能成行，故请犬养毅等人帮助。犬养毅函中提到的神鞭知常，与孙中山结识也在1897年以后。可见此函以挪至1902年为宜。

彭泽周对犬养毅致陆实第一封信的时间判断，则有问题。是函主要不是讲孙中山的事，其中提到“孙逸仙之日本名为中山樵，现居横滨外人居留地法国邮船公司黎炳（焕）墀处”，署期为“念七夕”。彭泽周根据《国父年谱》误引的日本外务省档案，认为孙中山1897年8月29日迁居黎焕墀处，9月27日与宫崎寅藏、平山周访晤犬养毅，更由此推论“中山樵”一名的由来，与平山周的回忆不相吻合。此节关键，在于孙中山与黎焕墀的关系。据日本外务省档案和孙中山1900年10月23日致菅原传函，黎住址为横滨海岸九番地佛国邮船会社。而孙中山1897年到日本后，先住在横滨外国人居留地百十九番陈少白处，后移居东京。1898年8月又从东京迁回横滨，在一百三十七番地小住，于8月29日迁入一百二十一番地温炳臣家。此后，孙中山每到横滨均在温家住宿。彭泽周所译犬养毅函，很可能是把通信地址误认为住所了。

如果这一推论无误，那么是函的写作时间不会是1897年。孙中山在1897年与宫崎寅藏笔谈时开列的地址是“百十九服部二郎方”即陈少白家，以后写信给香港辅政司洛克哈特，地址为“横滨山下町五十三番地文经商店”。目前所见资料，孙中山最早以黎焕墀处为通信地址是在1900年10月[10]，与冯自由所记“庚子后孙总理常假其（按指黎焕墀）寓所为通讯机关”相符。[11]而且孙中山是在“每次漫游欧美南洋”时，才托黎焕墀收寄书函。[12]1898年、1899年两年内，孙中山一直未离开日本，似无必要另外设置通讯处。

至于第二函，彭泽周的判断基本准确。函中提到平山周与孙中山同寓，另有王、陈二人，亦系广东革命党，其生活费用由平冈浩太郎按月送上等，确是1898年2月的事。不过，此函署期“二月三日”，据日本外务省档案，陈少白1月20日由台湾返回横滨，2月17日，与香港来的王质甫一同迁往东京牛込区鹤卷町四十番地孙中山寓所[13]，具体时间仍有所差异。

3.与菲律宾独立军代表彭西初识的时间。

孙中山与菲律宾独立军外交代表彭西结识并助其购运军械，于中菲两国的独立和革命运动关系甚大。据思里克·利尔普斯的《日本与菲律宾革命》（《菲律宾社会科学评论》，菲律宾大学，1934），彭西于1898年6月29日到东京，受到大隈重信首相和伊藤博文等一大批日本知名人士的欢迎。美国学者詹森所著《日本人与孙逸仙》一书，又将孙中山与彭西的会晤定于此后不久。菲律宾学者的有关著述亦如此说，后来的著作均予以沿用。

可是此事疑点尚多。首先，据称彭西到日本是为了购买军械，而1898年6月，菲律宾革命军还没有从日本获取军火的必要，更不可能买武器去同美国打仗，因为当时后者正积极利用阿奎那多来反对西班牙。是年5月，美国驻香港总领事怀尔德曼和舰队司令杜威为阿奎那多（Emilio Aguinaldo）购买并运送了价值5万比索的军火，而这时菲军总共只有15000人，所以阿奎那多在宣言中称美国为“救星”。直到1898年10月，美西战争已成定局，杜威才背信弃义，抢走菲军的船只，实行海上封锁，强占马尼拉。1899年2月4日，由于美军的挑衅，菲律宾抗美战争爆发。这时菲律宾军队激增到5万人，其中3万人只持有旧式冷兵器，于是向日本购械之事迫在眉睫。

其次，1898年6月29日彭西抵达横滨，是以革命委员会秘书长的身份与日本政界接触，会见和田等人，希望签订协定，而不是作为外交代表。[14]1898年6月23日，阿奎那多颁布法令，在香港成立一个掌管在外国的领事的外交和宣传活动的革命委员会，其行动和政策直接对总统负责。8月24日，阿奎那多又命令香港革命委员会由5人组成理事会，向外国派遣外交代表，先后有8人被分别派往美、日、英、法、澳等国，其中日本2人，除彭西外，还有福斯蒂诺·利乔科。[15]宫崎寅藏《三十三年之梦》记，1898年9月他在香港由宇佐稳耒彦介绍，与后来任菲律宾独立军外交部长的“×××先生初次晤面”[16]，据《国父抵日年表》和《总理年谱长编初稿》，此人即彭西。当时他并不了解日本各界对菲律宾独立军的态度，只能通过宫崎寅藏表示请日本帮助之意，由后者判断日本政府能否予以秘密援助。《国父年谱》的编者大概是发觉了这个矛盾，把宫崎寅藏到香港的时间定于1898年夏，而把孙中山与彭西的会见放在6月。但事实上宫崎寅藏9月7日才到香港，10月19日离开[17]，不可能成为6月孙、彭会面的牵线人。

退一步说，即使如近藤秀树所判断的，宫崎寅藏在香港遇见的不是彭西，两人相识是1899年3月在横滨由孙中山介绍，那么《三十三年之梦》又记，1899年2月孙中山到东京对阳馆访宫崎寅藏协商为菲军购械事时，说：“菲岛独立军的委员现在已到横滨，……他非常高兴，并以购买［武］器这件大事相托。我初次见面便得受此重托，义当尽力以报，何况彼此的志向相同呢？”两人似相识不久。孙中山总不至于将彭西急如星火的大事拖上半年之久，才着手行动。所以，《长编》不再采用疑窦颇多的旧说。宫崎寅藏是1899年2月搬到对阳馆的，3月14日彭西与宫崎、平山周在东京举行过记者招待会，故酌定孙中山与彭西结识于1899年年初。

4.兴汉会成立及东京红叶馆送别会。

兴汉会成立和红叶馆送别会，是孙中山在兴中会领导层的地位变化以及兴中会将活动范围扩展到长江流域的重要转折，但是众说纷纭。首先是两次会的时间。《国父年谱》将两会定于己亥（1899）冬，《孙中山年谱》定为1899年11月，《宫崎滔天年谱稿》将兴汉会成立定于9月，红叶馆送别会定为12月。其他著作和资料的记载更为混乱，有的甚至将后一会挪至1900年春，而且内容彼此矛盾。解决的关键，是从日本外务省档案中找到了陈少白和宫崎寅藏从香港到横滨以及陈少白和孙中山由横滨赴东京的时间，得知陈少白于1899年11月9日由香港抵达横滨，11月13日与孙中山赴东京，11月19日孙中山返回横滨。两天后，陈少白亦返回横滨，随即乘船赴香港。[18]这样，可以大致确定红叶馆送别会是在11月中旬，即13日至19日之间。由此反推，兴汉会成立当在10月上旬。因为会后宫崎寅藏等人在香港滞留一段时间才返回日本。据《宫崎滔天年谱稿》，10月19日，宫崎寅藏在香港向访欧归国途经香港的近卫笃麿辞行，则是时兴汉会当已成立。兴汉会成立后，宫崎寅藏宴请与会人员，据日本对阳馆所存参加宴会的各人所作诗画的挂轴，时间为10月11日夜，那么兴汉会成立的具体时间，当在此前二三天。

其次是与会人员。兴汉会与会者共12人，其中哥老会7人，三合会2人，兴中会3人。旧记哥老会有师襄，据《三十三年之梦》，此人与保皇会关系密切，因试图干扰会议，被宫崎寅藏和陈少白等借故支走，已于会前离港赴沪。又有辜仁杰、辜鸿恩，实为1人。据是年年底在汉口会见过这批会党首领的田野桔次记，辜姓者仅1人，素隶于刘坤一部下[19]，与清政府通缉富有票会名单所列辜鸿恩在南京当营官吻合，而辜鸿恩就是辜仁杰。[20]参与兴汉会者在宴会上所作诗画可以印证。其中长沙辜仁杰题诗为：“负剑曾来海国游，英豪相聚小勾留。骊歌一曲情何极，如此风光满目愁。”冯自由《毕永年削发记》载另一辜姓者为辜天佑，此人曾在《湘报》第155、158册撰文《公法律例相为表里说》《论孟子以小事大以大事小为交涉学之精意》，不似会党中人。题诗者还有长沙谭祖培和柳秉彝，当亦为哥老会首领。谭诗曰：“天假奇缘幸识荆，话别愀然万念生，感君厚意再相见，且将努力向前程。”柳以松树作画，题词曰：“将相之才，英雄之质，至大至刚，唯吾独识。”另有李权杰、张灿二人，前者当为李堃山，后者为张尧卿。李诗曰：“牡丹花伴一枝梅，富贵清闲在一堆。莫羡牡丹真富贵，须知梅占百花魁。”张诗曰：“久聚难为别，秋风咽大波。柔肠君最热，离绪我偏多。恨积欲填海，心殷呼渡河。如胶交正好，此去意如何。”

兴中会方面与会者有王质甫，诗曰：“英杰聚同堂，诗酒记离觞。从今分别去，戎马莫仓皇。”据宫崎寅藏1898年10月7日从香港致平冈浩太郎和犬养毅函，王时为兴中会香港方面的负责人[21]，以后才由陈少白接替。王质甫应参与兴汉会。陈少白诗为“温温其人，形影相倚。昔有书绅，今昧此意。”据谢缵泰《中华民国革命秘史》，杨衢云时在日本，不可能与会。题诗的还有尤列，诗曰：“碧血横流痛有余，却离君面只斯须，不知三尺孤坟影，葬近南朝香冢无。”从诗意及附识“羊城暴吏凡杀人后将尸身弃南汉素馨坟侧为多。尤列挥泪题之”看，疑为后作 。

又有安永生者，题词曰：“金石之交，生死不渝，至情所钟，题此襟裾。”[22]此人应为毕永年，古哀洲死者（林绍先）辑《自立会人物考》称，其时毕永年易名安永松彦。1900年1月26日林圭致容星桥书中所提及的“安兄弃事为僧”，“安兄鼓于内。考其鼓内之始，安兄会中锋于东而定议，与平山周游内至汉会弟，乃三人同入湘至衡，由衡返汉。其中入湘三度，乃得与群兄定约。既约之后，赴港成一大团聚”等等的“安兄”，即毕永年。[23]由于这次宴会除参与兴汉会的12人外，另外还有4人，所以不易分辨确认兴汉会的与会者，但毕永年及其所率领的湖南会党头目，千里迢迢赶赴香港，理应毫无例外地参加。这样排得名单如下：哥老会为李云彪、杨鸿钧、辜仁杰、柳秉彝、李堃山、张尧卿、谭祖培，三合会为曾捷夫、郑士良，兴中会为陈少白、毕永年、王质甫。

关于红叶馆送别会，各书多记为送别唐才常、林圭等20余人归国，实为送别林圭归国。陈少白《兴中会革命史要》记，当晚林圭即搭车到横滨登轮。与林圭同船赴沪的田野桔次说，他与林圭由神户出发，“尚有四人，十日前已先发”。到上海时，“唐（才常）君与张通典相俟已久。由是始得识唐君”。则唐才常并非与之同时归国。他们在唐才常寓所小住一周，便与沈荩一道赴汉口。[24]陈少白与田野桔次均系当事人，且田野之书刊于1903年，所记较为准确。

4位先期归国者，据章士钊《沈荩》、黄鸿寿《自立军之失败》以及冯自由《中华民国开国前革命史》，当为李炳寰、田邦璇、蔡钟浩、秦力山。而傅慈祥、黎科、郑葆晟、蔡承煜等直到1900年暑假始归国与谋，不数日即遇难。林圭等5人系东京高等大同学校同学，行动较自由，而傅慈祥等分别就读于成城学校、东京帝国大学和日华学堂，又系官费，约束较多，似不能擅自离校达半年之久。据《清议报》第53册载沈翔云《恭祝皇上万寿演说》，傅慈祥于1900年7月在东京中国学生会第二次集会上，还演讲过“皇上圣德”。梁启超四五月间的通信中，也提及黎科尚在东京，如4月20日致唐才常函谓：“日本东京有北洋所派留学生数人，极可用。兄急需时，可飞函湘、孺二人调来。”5月9日致叶觉迈函称：“黎、张两君热力，已足与我一气，大可喜慰，乞为我常常致意。忠、雅等若有事于江左，弟意欲两君中以一人往助之，预备有交涉之事也。”[25]

至于同行者20余人之说，很可能是从《中华民国开国前革命史》的有关叙述演变而来，没有切实可信的证据。参加自立军起义的留日学生分别归国，反映出自立军政治倾向的不一致。林圭等人虽然出自大同学校，与孙中山的关系却更加接近，政治主张也更为激进，在筹备过程中，他们与兴中会的代表容星桥紧密合作。而傅慈祥、黎科等人则与保皇会关系密切，他们的加入，表明自立军的政治天平向保皇会方面有所倾斜。

5.《中国旬报》第19期所刊章太炎来书的收信人。

1900年7月26日，一批爱国人士在上海发起成立中国议会，7月29日，章太炎提出《严拒满蒙人入国会状》，“会友皆不谓然。愤激蹈厉，遽断辫发，以明不臣满洲之志，亦即移书出会”，于8月8日投函《中国日报》，函谓：

□□先生阁下：去岁流寓，于□□□君座中得望风采，先生天人也。鄙人束发读书，始见《东华录》，即深疾满洲，誓以犁庭扫闾为事。自顾藐然一书生，未能为此，海内又鲜同志。数年以来，闻先生名，乃知海外自有夷吾，廓清华夏，非斯莫属。去岁幸一识面，稠人广众中不暇深谈宗旨，甚怅怅也。

函中“□□□君”，应为梁启超，“□□先生”，有学者定为陈少白[26]，似以“中山先生”更为妥帖。其一，1899年章太炎在横滨与孙中山初次会面时，陈少白已赴香港，并不在座。据1899年5月12日陈少白从香港致犬养毅函，此行系往香港筹款，兼及办报和重振会务事。[27]过去以为陈少白赴港在是年秋季，显然有误。孙中山与章太炎会面，应在7月8日。根据日本外务省档案的有关报告，章氏此次日本之行于6月14日抵达神户，18日到东京，次日往访梁启超。21日，迁往梁的寓所。7月4日赴镰仓，8日到横滨，住在大同学校，当天返回东京。[28]梁启超与章太炎同赴镰仓，而先期于7月7日到横滨，住在《清议报》馆，7月15日返回东京。[29]此后章太炎一直住在东京，直到8月15日再由东京往横滨，次日乘船归国。7月17日，章太炎致函汪康年，告以“兴公亦在横滨，自署中山樵，尝一见之。聆其议论，谓不瓜分不足以恢复，斯言即浴血之意，可谓卓识。惜其人闪烁不恒，非有实际，盖不能为张角、王仙芝者也”。[30]可见7月8日是两人在横滨相见的唯一机会。在此前后，梁启超与孙中山多次会晤，只提到邀杨衢云同来，而未言及陈少白，亦可佐证当时陈少白不在日本。[31]

其二，这一时期，章太炎对孙中山有若干评论，谈到与之会面的事，均未提及陈少白。另外1903年5月章太炎致函陶亚魂、柳亚庐，说：“鄙人自十四五时，览蒋氏《东华录》，已有逐满之志。丁酉入《时务报》馆，闻孙逸仙亦倡是说，窃幸吾道不孤，而尚不能不迷于对山之妄语。”[32]内容可与《中国日报》的来书相映证。

其三，来书称“数年以来，闻先生名，乃知海外自有夷吾，廓清华夏，非斯莫属”，陈少白当时尚无如此声望。

其四，陈少白本人亦无任何记载。《兴中会革命史要》叙述他到香港之后，即忙于筹备办报和联络会党等事，兴汉会成立后才到日本向孙中山报告，在横滨、东京逗留了10余日。冯自由说“梁引章同访孙总理、陈少白于横滨，相与谈论救国大计，极为相得”[33]，可能有误。如果此说成立，则此时章太炎对孙中山的评价极佳。前此他对孙中山尚未充分肯定，以为不足以与汪康年相匹配。到了1902年，他仍然推崇孙中山，不过是与梁启超相提并论。1906年以后，两人关系逐渐疏远。由此可见章太炎的思想发展和孙中山地位声望的变化过程。

6.17省留学生参加同盟会问题。

1905年孙中山由欧洲返回日本，很快发起成立中国同盟会。7月30日，召开筹备大会。《孙中山年谱》和《国父年谱》根据冯自由等人的记载，称是日与会者已包括17省人士，惟甘肃无留学生，故无人参加。而与会人数，则有40余人、50余人、60余人、70余人各说[34]，莫衷一是。《长编》据《同盟会成立初期之会员名册》，参照其他各种记载，共辑得留学生75人，即：黄兴、宋教仁、陈天华、曾继梧、余范傅、郭先本、姚越、张夷、刘道一、陶镕、李峻、周泳曾、郭毓奇、高兆奎、柳旸谷、柳刚、宋式善、范治焕、林凤游、郭家伟（以上湘籍），时功玖、耿觐文、涂宗武、余仲勉、曹亚伯、周斌、陶凤集、叶佩薰、王家驹、蒋作宾、李仲逵、刘通、刘一清、李叶乾、范熙绩、许纬、陶德瑶、刘树湘、田桐、匡一（以上鄂籍），黎勇锡、朱少穆、谢延誉、黄超如、区金钧、冯自由、姚东若、金章、汪兆铭、古应芬、杜之杖、李文范、胡毅生、朱大符、张树楠、何天炯（以上粤籍），马君武、邓家彦、谭鸾翰、卢汝翼、朱金钟、蓝得中、曾龙章（以上桂籍），程家柽、吴春阳、王天培、孙棨、吴春生、王善达（以上皖籍），陈荣恪、张华飞（以上赣籍），蒋尊簋（浙），康保忠（陕），王孝缜（闽），张继（直）。[35]其中湖北、湖南各20人，广东16人，广西7人，安徽6人，江西2人，浙江、陕西、福建、直隶各1人，共10省。加上孙中山、宫崎寅藏、内田良平、末永节，合计79人。

其余各省最早入盟者为：8月6日江苏高剑父，8月30日四川许行怿，8月14日山西谷思慎，8月19日河南曾昭文，8月21日贵州于德坤、平刚，9月9日云南吕志伊。山东徐镜心署期6月7日，疑误。由他介绍入会者最早在8月下旬，故不会晚于8月。由此可见，直到8月20日同盟会正式成立，会员籍贯仍然只有15省。9月30日孙中山函告陈楚楠，“现时同志已有17省之人，惟甘肃无之，盖该省无人在此留学也”[36]，当然是事实。后来孙中山写《革命原起》，称“开第四会于东京，加盟者数百人，中国十七省之人皆与焉，惟甘肃省无留学生到日本，故阙之也”，显系泛指，也说得过去。而冯自由等人将17省人士加盟说具体到7月30日大会，则有违史实了。