1940年3月5日，蔡元培在香港病逝。临终之际，蔡元培有两句重要的遗言，叫作：“学术救国，道德救国。”[5]事实上，蔡元培在23年前的1917年1月就任北大校长时，也是怀抱上述两个“救国的使命”去改造北京大学的。蔡元培在学术上对北京大学的革新，并不理想，如民国教育家王世杰所言：“用普通教育的眼光，去评量当时的北大，北大的成就，诚然不算特别优异。”[6]但是，蔡元培在对北大的道德思想的改造方面，在一定程度上确实做出了杰出的贡献，而且是他的同时代人所不能比拟的。对此，王世杰也有一番评价，他说：“从思想的革命方面去评量北大，北大的成就，不是当时任何学校所能比拟，也不是中国历史上任何学府能比拟的。而自蔡先生入长北大以至国民革命军北伐的十年期间，是顽固腐败的思想和势力极坚强普遍的时间；换句话说，也就是需要思想革命最迫切的时期。……在这十年中国，北大的师生，不断的向这些顽固腐败势力进攻，摧毁无数不合理的政治思想和社会思想，给予了全国青年以一种新的头脑新的血液。……他如果不是一个发起者，一定是一个忠实的勇敢的，始终不变的保护者。”[7]

1917年1月4日，蔡元培到北京大学任职，发布了就职通告。在此之前的北京大学，是以“老”和“腐”而臭名远扬的。当时在北京大学读书的许德珩说：“当时的北大，不是大，而是老，是腐。”特别是在“腐”的方面，北大的校风更是糟糕透顶。当时的北京，有一个广为流传的名词，叫作“两院一堂”。所谓的“两院一堂”就是指国会众议院、国会参议院和北京大学。说的是，北京国会议员和北大学生是北京八大胡同最受欢迎的、最重要的顾客。北大学生在“腐”的方面，还分成两类：上乘的腐化学生的做法是“组织同乡会，运动做一任会长，或是干事，借以接近学校当局，作毕业后升官的地步”；下乘的腐化学生的做法是通过“嫖、赌、唱唱旧戏”来结交人。总之，北大学生没有“研究学问的风气”。[8]北大学生的这种“流风余韵”继承了晚清时期京师大学堂的传统。在清末的时候，京师大学堂的学生有不少达官贵族的子弟，到了民国初年，贵族子弟仍然不少。这些贵族子弟生活阔绰，饱暖思**欲，于是常去八大胡同寻花问柳。1915年考入北京大学预科的陶希圣回忆说，北京大学的学生“是八大胡同受欢迎的重要的顾客”[9]。如果说这些还只是北大学生的事后回忆，不足为凭，那当时的北京大学又是何种景象呢？

实际上，北京大学自晚清开始就一直没有形成良好的学术风气。在时人的眼中，北京大学不过是用来“混文凭和预备做官的场所”。曾担任京师大学堂英语教习的美国人李佳白在1904年春公开批评京师大学堂的学风恶劣和校风败坏，他大声慨叹：京师大学堂“直以培植人才之地，作调剂官吏之场，殊可惜也”[10]。或许是贵族子弟居多的缘故，北京大学的学生一向桀骜不驯，令学校教务部门无法管理。1907年11月中旬，北京大学的教务提调张某曾以“学业未进”为由，准备开除两名学生，结果引发北大学生的集体抗议。1907年11月14日晚，300多名北大学生开会，决定公布北大教务提调张某的“若干劣迹”，请求北京大学总监督（后称校长）更换教务提调。北京大学这件事情弄得满城风雨，朝野皆知。[11]

中华民国成立之后，北京大学并没有与时俱进，其学风和校风仍然败坏依旧。这其中的原因是多方面的，一个主要原因就是北京大学始终没有找到一个能够长期胜任的校长。1912年5月1日，教育总长蔡元培呈请临时大总统袁世凯发布命令，委任严复署理北京大学校长。[12]当时北京大学校风败坏，已经为社会所洞悉。严复署理校长之后，有心改良北大弊端，但因经费短缺，有心无力，旋即在1912年10月7日辞职。[13]10月9日，袁世凯任命章士钊为北大校长，被其婉拒；10月18日，袁世凯又任命马相伯代理北大校长。[14]马相伯是著名教育家，他对于北京大学的恶劣学风深恶痛绝，故而他在就任代理校长的当日，召集北大学生发表演说，勉励北大学生：“所谓大学者，非校舍之大之谓；非学生年龄之大之谓；亦非教员薪水之大之谓；系道德高尚学问渊深之谓也。诸君在此校肄业，须尊重道德，专心学业，庶不辜负大学生三字。”[15]但是，马相伯代理北京大学校长刚及半个月，就在11月2日与北大学生发生冲突，骄横的北大学生“破口叫其滚蛋，且有欲用武者”；此事还牵连前任校长严复，迫使严复不得不向教育总长范源濂解释，北大“学生种种暴动与我无涉”。[16]这种情况下，马相伯也无心恋栈。其后，北洋政府又任命何燏时为北京大学校长，但北大学风整顿依旧是个悬而未决的老问题。[17]

何燏时就任北大校长未及半年，北大就发生一场严重的风潮。1913年5月28日，校方根据教育部的规定，要求北京大学“下学年分科招生，规定预科学生应参加入学试验”，合格者才能进入北大本科。为此，北京大学预科学生集会抗议，逼迫校长何燏时亲自撰写辞职书。5月29日，何燏时将辞职书呈给教育部。教育部认为这是北大预科学生目无法纪、侮辱师长、无理取闹造成的。5月30日，教育部命令下达，要求何燏时仍回北大校长任上。同日，何燏时发布命令，将聚众闹事的预科学生贾德润、林肇煌、秦汝翼、许元瀚、张瑞春、洪宗渊、许之铁、宋黻等八人开除。[18]这道开除布告发布之后，当日北大预科学生群情激愤，到北大校长办公室抗议未果，又去教育部抗议。面对闹事的北大预科学生，中华民国教育部态度强硬，分别在5月29日和5月31日连发三道训令，要求北大校长何燏时“查明为首之人，立即斥退，其余实系被胁者，应饬令遵守校规，照常上课”[19]。为早日平息北大风潮，中华民国教育部决定北大提前两周放暑假。[20]

1913年6月的北京大学预科学生风潮，让时任教育总长的汪大燮产生了停办北京大学正科的念头。到了1913年9月下旬北京大学开学之日，教育总长汪大燮召集北京大学各科学长开会，提议北京大学“暂开预科，停办正科”，其理由是“教育经费支绌，学生屡起风潮”；但是，汪大燮的提议，遭到了北大校长何燏时及相关教员的抗议。[21]其后，何燏时向袁世凯提交了一份《呈请维持北京大学的意见书》。何燏时在意见书中，写道：“而此唯一国立大学之机关，实不可遽行停止，且当此民国初基，正式政府将近成立之时，正宜百端俱举，树全国之表率，肃中外之观瞻，慰羣生望治之诚，建国家伟大之业。当此之时，忽有此停办大学之举，实足贻笑友邦，觖失民望。此非燏时一人之私言，抑亦全国之公论也。”[22]此外，北京众议院罗家衡和汪建刚等众议员也为此事提出质问书，请政府明白答复；在此情势下，袁世凯否决了教育部停办北京大学的意见，同时批示由教育部“妥筹办法，并由教育部指令北京大学先行开学”[23]。至此，教育部停办北京大学的意见作废，而北京大学能躲过此劫，何燏时校长功不可没。北京大学算是保住了，但是何燏时校长却已心力交瘁，旋即提出辞呈。1913年11月中旬，北洋政府准许何燏时辞去北京大学的署理校长职务。[24]1914年1月，北洋政府任命胡仁源署理北京大学校长。[25]

由于北大校长经常更替，导致该校学风、校风不能达到一以贯之的整肃。袁世凯对于北京大学的学风也是不满意的，他在1913年5月北大风潮徒起之后曾发布一项命令，批评国内学校“大都敷衍荒嬉，日趋放任，甚至托于自由平等之说，侮慢师长，蔑弃学规”[26]。到了1915年春，时任教育总长的汤化龙曾派人到北京大学秘密视察，视察人报告说，“北大教员旷职，诸生废学”，这令汤化龙“异常恼怒”。[27]根据教育部的秘密调查报告，北京大学预科学生的风气最差。据称，北大预科学生某某等，“每日必到北京著名戏院广德楼，听尚小云演剧”，“更有某学生等数人，则心醉刘喜奎。每至夜深人静时，北大预科学生中的戏迷在宿舍中，集合一处，讨论戏曲。他们甚至在兴高采烈时，高唱二簧和西皮”；即使北大校方知道此事，也不敢加以批评。[28]此时，主政北大的胡仁源校长为蔡元培在南洋公学特班生的高足。[29]尽管胡仁源有意刷新校务，但经费拮据，让他有心无力，做不下去。[30]

1916年范源濂担任教育总长，他与蔡元培是肝胆相照的老朋友。1912年，蔡元培任教育总长的时候，邀请范源濂担任教育部次长。范源濂此次担任教育总长后，在8月26日致电在欧洲的蔡元培，请其回国担任北大校长。[31]蔡元培考虑到北大的“声名狼藉”，一度对他是否出任北大校长，犹豫不决。其后，经过与教育总长范源濂和教育部专门司司长沈步洲的多次讨论，蔡元培方才决定出任北大校长。他认为，北大虽然风纪败坏，名声不好，但是“改良之策，亦未尝不可一试”[32]。1917年1月9日，蔡元培在北大发表就职演说，要求北大学生抱定“求学的宗旨”，抛弃“做官发财的思想”。[33]随着蔡元培的走马上任，北大的学风为之丕变。一个新的北京大学开始出现在世人面前。