乾隆五十六年（1791）七月十八日，在热河避暑的乾隆皇帝偶然翻阅文津阁《四库全书》，发现扬子《法言》一书卷一首篇，有空白两行，以该书卷次核对，竟是因为将晋唐及宋人注释姓名脱写。最不应该的，是将皇帝的御制文《书扬子法言》一篇漏缮了。

乾隆皇帝很生气，下谕斥责“书中篇首空至两行，显而易见，开卷即可了然。乃详校官既漫不经心，而纪昀总校阅之事，亦未全寓目。可见重加雠校，竟属虚应故事。朕每几余披览，其书内有一二字错览，令军机大臣随时改正者，不一而足。因尚系寻常讹脱，不加责备。今篇内脱去二行，纪昀等实难辞咎。宁不自知而渐恧也？！况朕曾有御制《书扬子法言》一篇，虽系近年之作，亦应缮录，弁于是书之首，纪昀并未留心补入，更属疏漏。纪昀及详校官庄通敏俱著交部，分别议处[3]。”

乾隆皇帝御旨：除将文津阁《四库全书》内《法言》一书就近交军机大臣将空行填补，并缮录御制诗文于篇首外，让纪昀亲赴文渊、文源二阁，将扬子《法言》一书检出，缮录御制文冠于简端。并带同详校官抽查此书卷首是否有空白之处，及此外各书有类似脱误者，一体抽阅填改。如再不悉心详检，经朕看出，必将纪昀等加倍治罪，不能再邀宽贷也！

此后军机处于七月二十三日连上三道奏章，奏请将纪晓岚交部议处。

八月初六日，纪晓岚被宣布免其革任，仍注册。详校官庄通敏于补官之日始降二级调用。

纪晓岚不敢稍有怠慢，急忙传齐原赴热河各员，先去圆明园查勘文源阁书。纪晓岚宣示皇帝谕旨，严加申明，让校书各员充分认识到事情的严重性，必须认真搜剔，不可稍有疏漏。又奏请在本阁廊下进行校阅工作，避免扛抬出入，磕破书匣。且换架取阅，随看随修，随即归架，避免颠倒错乱，又大大提高了工作效率。

到九月中旬，文源阁书籍全部复勘完竣。纪晓岚出了一身冷汗，这次复勘，签出的舛漏，竟比初次详校时多了好几倍。对一字半字的空白，悉数核出，调取底本补填，卷页脱落、行款参差及流水错误者，俱抽换整修。对所阙各书，依照翰林院现有底本补抄。又有捏注阙文、阙卷者，纪晓岚奏请将涉此事及其他未能改正书籍讹错之复校人员，分别罚看文源阁及文津阁新补各书。奏章写道：“伏查《四库全书》因缮写荒唐，动成疵谬，屡经校正，竟未能纯净无瑕。臣夙夜灸心，实不胜愧愤。兹复奉命复勘，若再规避处分，有一毫之回护，更无以仰对圣明[4]。”

军机大臣合议后，决定如其所奏，查明讹舛较少者，罚令看文源阁空函书；其现在并不在京、不能令看文源阁留空函书之各员，除病故、革致、休致不议外，其现膺外任及丁忧告假各员，仍交该部照五十二年（1787）之例分别办理，以示惩儆。

所阙各书，纪晓岚照翰林院现有底本抄补，又奏请将没有底本的书开单行知原采进省督抚，购写补送，以成全璧。

十二月初，文源阁校书工作全部完成后，纪晓岚又率详校各官，再次把文渊阁书细心校阅一遍，到年底全部告竣。开列遗漏抵换各书清单上奏，计有《永乐大典》书三部、《春秋例要》《秘书监志》《公是集》等二十二种，查出舛漏条数比文源阁书少十分之二。其中《理性大全》一书，乃明永乐中胡广等奉敕所撰，纪晓岚等奏定缮写。原以明刻旧本送殿，因纂修时底本遗失，被另换一康熙初年刻板，冠以“圣祖仁皇帝御制序”，提调陆费墀一时未考，漏写标题，以“御定字三抬”缮写格式发下，遂将前代所修之书，抄成本朝御定格式，致使全书十函五十六册页页俱错。而此后总校、分校及两次详校人员，又均以底本格式为凭，无从签摘，致沿讹袭误，四阁相同。总计有重新抄写之书四十函二百二十四册。

纪晓岚奏请一面交武英殿先支官项换写，一面估定价值，查明开馆以来曾经议叙供事现任者若干员，全都扣发廉俸。行文该督抚搭解还库。

又另有《史记正义》一书，与《性理大全》事同一例，因无底本，不能换写，只有等仿得真本后，再按照此例追赔。

十二月十六日，军机大臣阿桂等奏称：《性理大全》“此书十函五十六册，页页俱错，不能挖改版心，必须全部换写。以每册二三万字计算，写价已六七两，加以纸价装潢，须八九两方换一册，四五十两方换一函。统计四阁四十函二百二十四册，约估需银两千两。查武英殿办书供事者历年议叙者多员，此书因遗失抵换，酿成错误，则经管、接管之供事，原属罪魁。其余供争又皆托赖书局，藉以得官议叙。既已同邀，则罚项自当均出。拟请一面交武英殿，先支官项换写，一面估定价值，查明开馆以来曾经议叙供事现任者，共若干员，匀扣俸廉。行文各该督府，搭解还库[5]。”