乾隆五十六年（1791）正月二十九日，纪晓岚再调左都御史，又掌乌台。

为书吏议叙过优及抄写工价之事，纪晓岚与总裁王杰发生了争执，这件事闹得不可开交，俩人为此别别扭扭，从乾隆五十三年（1788）五月一直闹到五十六年（1791）正月。乾隆皇帝不得不让军机大臣调停此事。事情起因是：乾隆五十三年五月纪晓岚在热河时，王杰奏续修《礼部科场条例》其书不过一千四百余页，而原奏议叙书吏有二十名之多，计每人写书不过七十余页，较各馆议叙实为太优。又原奏仅有书吏自备资斧办理纸张、饭食、板片、工料之语，并未奏明派令出银。王杰令书吏二十名每人出银一百五十两，并七八十两不等，存贮部库，以为修书之用。纪晓岚不同意，二人发生了争吵。

纪晓岚同王杰的关系是不错的。不只是不错，而是交谊至厚。王杰字伟人，号惺园，陕西韩城人，乾隆二十六年（1761）进士第一，官至军机大臣、上书房总师傅、东阁大学士。王杰也是一条耿直的汉子，他和纪晓岚一样，决不与和珅酬接趋走，在这一点上二人可谓志同道合，但为了书吏出银的事，二人闹翻了。纪晓岚情急中说出了王杰把书吏赔付的银子拿回家去的话。王杰不依不饶，向乾隆皇帝上了折子。

四库馆中人数最多的就是誊录人员，缮书处誊录的定额为四百人，荟要处誊录为二百人，共六百名。这个数字还不包括临时增加的篆隶及绘图誊录和总目处、考证处、聚珍处的誊录。而且这个六百人的定额是动态的，《四库全书》开馆期间，誊录官随有进出，有学者根据七份《四库全书》及《四库全书荟要》的誊写工作量，计算出先后在馆工作的誊录为三千人以上。

充当四库馆誊录，也是许多落第士子入仕的终南捷径，但是这么多的誊录人员，不可能每个人都能得到议叙的机会。实际上，能通过议叙的毕竟是少数。誊录议叙也有严格程序，首先是论功分等议叙。以五年为期，核其缮写数量、工拙，分别等第，造具清册，移咨吏部查核。在分等议叙时，也充分考虑誊录原来的身份。第二是验明誊录人员身份，将誊录人员姓名、年貌、三代履历、到馆日期、中式科分、报捐年月等，由馆详细造册，咨顺天府核实检查。如实系土著，即具土著同乡六品以上京官印结，由顺天府加结，咨部核明议叙，防止有人寄籍冒籍。后来又增设了考试科目，吏部议定的方式是：凡年满议叙人员，吏部汇齐人数五十名以上，奏请皇帝命题，并特派大臣监试，御史入场，严加考试，仍令原出结之同乡京官临场认识，以防混冒。其有考试正途出身者，必须文理通顺，即由监贡捐纳出身，亦须字画端楷，方准入选。所以议叙过优是个敏感的问题，馆中权臣彼此间多有争执。

誊录人员入馆是自备资斧效力，也就是说，一应工料费都是自己垫付，然后再根据每个人的工作量获得报酬。王杰的做法是，让他所管理的二十名誊录把资斧交部，统一管理，统一支配，这样同纪晓岚才发生了误会。

乾隆五十六年（1791）二月初一日，军机大臣尊乾隆皇帝御旨再次询问纪晓岚，纪晓岚又想起王杰许多让他敬佩的事。有一天，和珅捏着王杰的手戏谑地说：“你这双小手怎么这么柔软呀？”王杰正色说：“王杰手虽好，但不能要钱！”当场让和珅羞愧无以对。想到这些，纪晓岚觉得对不起王杰，心里十分惭愧。他对奉旨询问的军机大臣说：“王杰派令书吏出银一事，我一时愚昧之见，原以为他既奏令自备资斧，即不应更令出赀交官，与原奏不符。因为这一点，才和他发生了争论。今蒙皇上指示，王杰派令书吏出银，乃系从严，并非从宽，始悟从前过于拘泥。至此项银实系缴出，贮库办公，我原没说王杰跟这些银子有什么沾染。今蒙皇上指示，王杰没有把银子携回家去私用，仰见圣鉴高明，至公至允，我不胜惶愧之至。”

二月二十八日，乾隆皇帝谕旨将此案了结，纪晓岚从宽免其革任，仍注册。但此案不同于寻常办书的疏忽，而涉及一个大臣的名誉和人格，所以罚纪晓岚交纳三年的应得饭银公费，以示惩戒。与此事有牵连的常青、德明、沈初、铁保俱改为降三级，从宽留任。

这件事没有影响到纪晓岚与王杰的关系，事过了，二人照旧是好朋友。王杰去世后，纪晓岚亲至吊唁，并撰挽联，谓：

崖岸峻如山，调鼎无惭真宰相；

门庭清似水，盖棺犹是老儒生。

（朱惠民《纪晓岚联语寻踪》）