五月十九日，避暑的乾隆皇帝在承德阅文津阁《四库全书》时，又察出了一些讹谬，遂下令复校内廷四阁全书，如有语句违碍、错乱简编，及误写庙讳，并缮写荒谬、错乱过多之处，即随报进呈。并指明“除老年大学士嵇璜不派外，著派科甲出身之尚书、侍郎、京堂以及翰、詹、科、道、部属等官，分司校阅。其尚书、侍郎管理事务繁多者，每日每人著各看书一匣，六阿哥、八阿哥及事简之堂官，各看书二匣。京堂、翰、詹、科、道、部属等官，每人每日各看书二匣。再，六部司员中，并著该堂官每司各派出一人，每日各看书二匣。总计大小各员不下二百余人，每人每日二匣计算，不过两月，两阁书籍即可校阅完竣。其文渊阁书籍，著在文华殿、内阁等处阅看，文源阁书籍著在圆明园朝房阅看。内中天文、推算等书，交钦天监堂司各官专看，乐律等书交乐部专看，医药等书交太医院官员专看。文渊阁书著六阿哥、阿桂专司收发，其挖改换页等事，即交彭元瑞、金简管理。文源阁书著伊灵阿、巴宁阿专司收发，其挖改换页等事，著八阿哥、刘墉专管。八阿哥现住圆明园，刘墉系总师傅，自必随同阿哥等在彼居住。如著八阿哥、刘墉常川往彼，以资料理，并拣派武英殿匠役前往圆明园承办。仍著六阿哥、阿桂总司其事，除校出一二错字即随挖随改，毋庸零星进呈。如有语句违碍，错乱简编，及误写庙讳，并缮写荒谬，错乱过多，应行换五页以上者，再随报呈。仍查明原办总纂、总校、提调、校对各员，分别治罪。并将业经议叙已登仕版之该誊录亦予斥革，俾甄叙不得滥邀，而藏书益臻完善。并著六阿哥、阿桂即行酌派分阅，天气炎热，阅书诸人家中早饭于辰正进，申初出，仍给予清茶暑汤。京中金简、园中伊灵阿司其事[2]。”

乾隆皇帝亲自将校书派员、工作量化、校书场所、内容分配、官员责任分工、奖惩条件、阅书者生活起居等大大小小事项，事无巨细，一一安排妥帖。

根据乾隆皇帝的谕旨，派出了二百五十多名官员，对文渊、文源两阁《四库全书》展开全面校阅，由彭元瑞和纪晓岚总其事。凡各员校勘之签，均由纪晓岚、彭元瑞等复看一遍，再送交永璇、刘墉、金简。

复校内廷各全书，首先签出阎若璩《尚书古文疏证》，有引李清、钱谦益之诸说未经删削。

和珅很高兴，这回可是实实在在抓住了纪晓岚一条把柄，上折奏明乾隆皇帝，六月初六日，致函彭元瑞等，传达皇上旨意：“本日面奉谕旨：文津阁所贮《尚书古文疏证》，内有引用钱谦益、李清之说，从前校订时何以并未删去？著将原书发交彭元瑞、纪昀阅看。此系纪昀原办，不能辞咎，与彭元瑞无涉。著彭元瑞、纪昀会同删改换篇，令纪昀自行赔写，并将文渊阁、文源阁所藏，一体改缮。钦此[3]！”

纪晓岚与彭元瑞不敢怠慢，带领馆臣昼夜复校，那些日子，食不甘味，夜不能寐。一天校书到深夜，疲倦至极，伏在案上刚睡着，突然做了个噩梦，梦见乾隆皇帝又发现了书中的错误，当面严加训斥，一下醒了，通身都是冷汗。这时馆臣陈崇本拿来王士祯的《居易录》，说签出此书中还有引钱谦益的两条、李清的两条。纪晓岚想起梦中情景，心惊肉跳，一时睡意全无。通过拉网式的复校，校出《尚书古文疏证》中未删的李清一条，其钱谦益十五条虽俱经原校官删改，但仅去其姓名，而仍存其议论。俱划一删去。另外还校出王士祯的《居易录》《古夫于亭杂录》以及《绎史》诸书中，也有引据李清、钱谦益的条目或其撰序，即刻核削，并给乾隆皇帝上了一道奏章，表态这些错书的抽改由他一个人出资赔写：

臣纪昀、臣彭元瑞谨奏：

本月初八日报到发下阎若璩《尚书古文疏证》一部，臣等公同阅看，书内钱谦益、李清诸条，未经抽削，实属疏漏。臣纪昀另折奏请议处外，臣彭元瑞会同臣纪昀谨就各条文义，分别或删数字，或删全条，务使两人邪说不污卷帙，尽行削去。旌粘贴黄签，恭呈御览。伏候训示。臣纪昀敬谨赔写赶缮一分，一并呈览。就近发交装潢，归入文津阁书匣。

臣等再查文渊阁、文源阁《尚书古文疏证》内李清一条未经删去，其钱谦益十五条俱经原校官删改，但仅去其姓名，而仍存其议论，应划一削去。并文渊阁及发南三分，臣纪昀俱行陆续赔写归入。

又查现在文渊阁详校官、侍讲陈崇本签出王士祯《居易录》内钱谦益二条、李清二条，庶吉士李如筠签出王士祯《古夫于亭杂录》内李清一条；文源阁详校官、额外主事李肖筠签出《绎史》内李清序一篇。臣等俱即核削，臣纪昀亦行赔缮，粘贴呈览。发下后，臣纪昀一并赔缮。谨奏。

（《礼部尚书纪昀等详检删削并赔缮〈尚书古文疏证〉等书函折》）

六月十二日乾隆皇帝谕批：已知。

纪晓岚接旨，诚惶诚恐，汗如雨下，他立即上一道奏章，请求允许他自认重校文源阁明神宗以后诸书。奏章开头即表明了自己的愧悔和对皇帝的感恩：

臣纪昀跪奏，为沥陈愧悔，仰恳天恩事。

本月初八日，文报到京，臣敬接廷寄谕旨，跪读之下，惶骇战惧，莫知所为。谨遵旨与臣彭元瑞将阎若璩《尚书古文疏证》底本内所引李清、钱谦益诸说，详检删削。臣纪昀现在趱办赔写外，伏念臣一介庸愚，叨蒙简擢，俾司《四库全书》总纂之事，受恩稠叠，迥异同侪，理应办理精详，方为不辜任使。乃知识短浅，查核不周，致有李清《诸史异同录》一事，虽幸蒙恩宥，已自觉日夜炙心。签阎若璩《尚书古文疏证》复有失于删除之处，更蒙我皇上格外矜全，不即治罪。闻命之下，感愧交并。在皇上圣度包容，固共仰天地仁爱之心，圣人宽大之政。在臣则受任至久，受恩至深，乃错谬相仍，愆尤丛积，实天上无以对圣主，下无以对天下之人。若再不殚竭血诚，力图晚盖，是臣竟顽同草木，无复人心。

（《礼部尚书纪昀奏沥陈愧悔并恳恩准重校赔缮明神宗后诸书折》）

接下来，纪晓岚说，他伏查《四库全书》，虽然卷帙浩博，但其中最涉嫌违碍的，多在明末和本朝初年之书。这个时期的诸书中，经部的违碍之处比较少，唯史部、集部及子部的小说、杂记易藏违碍。从《总目》上看，不过全书的十分之一二。初办《四库全书》时，或与他书参杂阅看，不能专意去留心这些地方，或者因为急着去缮写，没有从容地去字斟句酌。一经送武英殿之后，就散落在众人之手，各抄各的，他无从再行核校。据现在查出的李清、阎若璩的两本书类推，恐怕这样的错误还会有不少。现在虽然集中了这么大力量进行复校，但诸书杂阅，不能专力于明季、国初，又要兼校讹字、脱文、偏旁、行款及标记译语，也不能专力于违碍。至于交他核定，他唯查所签之是非，没有签出的更不能通阅一遍。他夜里睡不着，一直在想这个问题。他虽年已六旬，但精力还充沛，况且这书是他承办的，门径也熟，于违碍处易于查检。所以不揣冒昧，请求皇上给他一条悔罪自赎之路，准许把文源阁明神宗以后之书，除了国朝列圣的御纂，皇上钦定及官刊、官修诸编从外，全由他来重校。凡有违碍，即行修改。仍知会文渊、文津二阁详校官划一办理，他俱一一赔写抽换，务期完善无疵。他断不敢少有回护，致他日再蒙圣鉴指出，自取虐诛。

纪晓岚又建议：他现办核签之事，计全书六千余函，限两月内校理完竣，每天须核签一百余函，方能克期完工，这样，就实在没有余力复勘其他的书了。况且这一天之内，详校官一百二十五人收发往来、商酌应答，也不能静心细阅。如蒙皇上恩典，准许两个月为完成期限，各官销签完成之后，容他展限至皇上回銮之前，独自常川在园，将明季、国初之史部、子部、集部应勘之书，再行尽力勘办，庶几违碍可以全除，秘籍益臻精善，他亦得以借此来赎救以前的罪愆，报答皇帝的恩典。

乾隆皇帝当即谕示：“所有本日纪昀奏请自行认勘之明季国初史部、集部、子部及小说、杂记等书，现贮热河之文津阁者，亦著陆续寄京，一并发交纪昀一体校勘。”

大概觉得让纪晓岚一个人承担这么重的赔写资费有些失于公允，况且仔细想一想，把责任全推给纪晓岚也不合适，而且纪晓岚一介清儒，也未必能赔得起。十二日，乾隆皇帝又下谕旨，令纪晓岚、陆锡熊、陆费墀三人共同赔付文渊等三阁修订工价：“从前办理《四库全书》，系总纂纪昀、陆锡熊、总校陆费墀专司其事。朕以该员等纂辑订正，著有徼劳，不次超擢，数年之间，晋阶卿贰，乃所办书籍竟如此荒谬舛错。如是从前缮写时，誊录率意脱落遗漏，自不难将已邀议叙现膺民社各员斥革治罪。但此等讹谬，该誊录等惟知照本缮写，势不能考订改正。而纂校各员则系专司考订之责，自应详加细阅，方不致讹谬丛生，乃一任其袭谬沿讹，竟若未经寓目者。该员等所办何事，其咎实无可辞。今纪昀既自认通行复阅明末各书，并请将看出应换篇页自行赔写，交部议处，而陆锡熊则因现出学差，陆费墀丁忧回籍，转得置身局外，是使纪昀一人独任其咎，转令现在派出之大小官员分任其劳，实不足以昭平允。著将文渊、文源、文津三阁书籍所有应行换写篇页，其装订、挖改各工价，均令纪昀、陆锡熊二人一体分赔。至陆费墀，本系武英殿提调，后充总校，所有《四库全书》，伊一人实始终其事，而其洊升侍郎，受恩尤重。较之纪昀、陆锡熊，其咎亦更重。现在续办三分书应发文澜、文汇、文宗三阁陈设者，现经该盐政等陆续领运，俟各书到齐时，除书槅久经成造安设外，所有面页装订木匣刻字等项，俱著陆费墀自出己赀，仿照文渊等三阁式样罚赔，妥协办理，就近陈设，以示惩儆而服众心。不必令盐商等承办[4]！”

这次受罚最重的是陆费墀。

陆费墀，复姓陆费，名墀，字丹叔，浙江桐乡人，乾隆三十一年（1766）进士，改庶吉士，授编修，四库馆开，充任总校。进馆后实心勤勉，十几年辰入酉出，卖力不少，倒霉的事也数他最多。乾隆四十四年（1779），军机大臣检查出《四库荟要》中缮写有错误，上奏皇上给副总裁董诰和总校陆费墀分别记过十次，并交都察院、吏部分别察议。第二年，副总裁王杰又参奏他将各书底本丢了四五百种，而且拖延掩饰，乾隆皇帝谕将陆费墀解任，交英廉、胡季堂、金简、曹文埴审讯。最后经审查不是丢了四五百种，而是三十八种。乾隆法外开恩，让他官复原职，但交部议处，勒令他将丢失各书购觅赔补。吏部讨论，应降一级，将原来奖励加的一级抵消。

这次陆费墀正在老家守孝，乾隆皇帝通过和珅寄谕浙江巡抚琅玕、江苏巡抚闵鄂元、两淮盐政征瑞、杭州织造额尔登布等官员，让他们传旨给陆费墀，并监督办理。

乾隆皇帝申斥陆费墀：“因思此事发端于于敏中，而承办于陆费墀，虽朕旨有办大事不能无小弊，亦不应为之已甚也。其条款章程俱系伊二人酌定，今所缮书籍，荒谬至此，使于敏中尚在，必当重治其罪，因业已身故，不加追究，以示始终保全。至陆费墀从而附和，是以于敏中奏充武英殿提调，令专办《四库全书》一切事宜，众人之进退，皆出其手。朕以办理《四库全书》，右文典学，美富兼赅，事甚宏钜，尝谕军机大臣等，若纂校诸臣果能办理完善，即侥幸数人，成此钜典，亦所不究。是以陆费墀不数年间洊升侍郎，受恩尤重，该员既邀不次超迁，自应倍加感奋，即所缮书籍不能免些微鲁鱼亥豕之讹，亦应大局完整，足备披览。今竟舛谬丛生，应删不删，且空白未填者竟至连篇累页，荒唐若此，该员所司何事？是陆费墀实有应得之咎。姑念伊业经邀恩于前，此时不加治罪，止令罚赔以示惩儆，乃系朕格外成全之意[5]。”

另一方面，乾隆皇帝又想到，这一类事如果交给盐商去承办，则他们无从知道文渊等阁式样，势不得不访求通晓熟谙之人。而陆费墀曾充提调、总校，三阁之书都是由他来经办，这一点大家都明白，所以盐商一定会去求陆费墀。这样的话，陆费墀不但可免罚赔，而说不定还会借此机会捞一把。天下哪应有这样的道理？乾隆皇帝特制告诫盐商，不许帮陆费墀出资，暗中津贴帮办也不允许，概不得稍有干涉，责令地方督抚一定要严加查察。

浙江巡抚琅玕，同杭州织造额尔登布至文澜阁查点应办各书情况，并向陆费墀传达了皇帝谕旨。陆费墀跪地听旨，面如土色，浑身瘫软，几乎昏厥。他再三表示：“墀受恩深重，今书中错谬不能看出，复蒙皇上天恩，不加治罪，止令罚赔，实属无地自容。惟有恪遵恩旨，敬谨赔办，不敢稍有草率。至墀荷蒙宽典，已为万幸。墀具有天良，断不敢向商众等稍图沾润，自干重罪。”杭州织造额尔登布奏明乾隆皇帝：“臣体察情形，陆费墀之言尚属真切。除各商现据抚臣琅玕饬行盐道传示，无许暗中帮贴资助外，臣当即催令陆费墀将奉到各书逐一赶办，余俟续有领回，亦即令其遵旨赔办，俾臻划一[6]。”

八月，又发生了缮书处总校官王燕绪校对之书发生讹脱错谬之事，吏部对其处分，降三级留用。这件事联系到陆费墀丢失原本的过失，吏部遂议处陆费墀革职。

四阁图书卷帙浩大，面页装订木匣刻字等一应事宜，费用高达十数万两银子，陆费墀赔光了家产，又债台高筑，家庭一下子陷入困境。

这以后数年之间，陆费墀往来于江浙两省之间，两下照看，又忧愤交加，乾隆五十五年（1790），死于任上。陆费墀死后，乾隆皇帝仍不罢休，谕示：“陆费墀本系寒士，家无担石，向在于敏中处藉馆为业，谅不过千金产业耳。今所办三阁书匣等项及缴出罚银一万两，计其家资，已不下三四万。若非从前在四库馆提调任内苞苴馈送，何以有此多赀？现在陆费墀业已身故，所有插架装匣之事，若令伊子接办，恐未能谙习，且身后所遗家业，想已无多，亦难措办。”因此谕令江浙地方官员，查明其原籍田房产业，加恩酌留一千两之数，为家属养赡之用，如尚有余赀，即用来装潢江浙三阁书籍之用，所缺经费由当地督抚委派商人接办。