三月，续缮三份《四库全书》即将告竣。十九日，乾隆皇帝审查续缮的三份《四库全书》，发现李清所著《诸史同异录》一书内，多有悖谬之处，然办理全书之皇子、大臣等未经撤毁，今续办三份全书犹援例缮录。乾隆皇帝大为震怒，下谕严斥：“李清所撰《诸史同异录》内称我朝世祖章皇帝，与明崇祯四事相同。妄诞不经，阅之殊堪骇异。李清系明季职官，当明社沦亡，不能捐躯殉节，在本朝食毛践土，已阅多年，乃敢妄逞臆说，任意比拟。”“此等悖妄之书，一无可采，既据复校官签出拟删，该总纂、总校等即应详加查阅，奏明销毁，何以仅从删节，仍留其底本？”

李清已经去世，逃过了立正刑诛，乾隆皇帝指示将其书搜查销毁，并严逞所有办《四库全书》之皇子、大臣，及总纂纪晓岚、孙士毅、陆锡熊，总校陆费墀、恭泰、吴裕德，前任复校许烺等，“俱著交部，分别严加议处”。对专司校对的议叙举人蓝桂、朱文鼎处分更重，当即革去功名。还指示所有四阁陈设之本，及续抄的三份书内，都要把该书抽出销毁，并一体查删《四库全书总目提要》中的相关内容。

军机大臣与纪晓岚公同商酌，拿出了具体办理意见上奏：“臣等遵旨，将现在销毁李清书四种应行补足空函之处，与纪昀公同商酌。查得《四库全书》每份六千余匣，均只于匣面按次标刻第几函字样，其书则各自分部，不相联属，并无通身流水卷数。是以屡次奉旨添书、撤书，皆可通融办理。此次所毁李清书四种，其《南北史合注》一种，系在史部别史类中；《诸史同异录》及《不知姓名录》二种，系在子部类书类中。此二类备抄之书尚多，均可按其时代另检别种，约计卷数多寡，依次补入，不见抽换之迹。惟《南唐书合订》一种，系在史部载记类中，此类书籍甚少，现在别无备抄之书，无可补入。查从前武英殿装潢全书，向因册数函数厚薄不匀，有奏定衬纸之例。现在四阁书内衬纸者甚多，今此书仅止六册，为数无多，若将此匣前后相连之书酌量衬纸，以多出六册，匀装此六匣之内，即可不必再补。再，现在刊刻《总目》，应一并查明改正。”

又是一连数月的大清理，不但涉及到《诸史同异录》，连李清所著所辑《不知姓名录》《南唐书合订》《南北史合注》也成为禁书，一并查出焚毁。清查的重点不仅在于各库书，也在江南一带。军机大臣和珅等致函江浙等省督抚，“查李清系江南兴化人，该省及浙江各处收藏前项书本者必多，并李清此外有无别项书籍之处，希大人饬属访查，封送本处销毁。毋庸专折复奏，仍须不动声色，毋致滋扰可也”。

值得注意的是，文字狱到了这个时期，已成强弩之末，政策也有了较大调整，不再大张旗鼓，而改为“不动声色”，即内紧外松。李清的后人没有受到牵连，只把收缴的书押运到京师销毁。

吏部提出对办理《诸史同异录》人员分别议处的意见：

皇八子永璇，著销去纪录四次，免其罚俸；

皇六子永瑢，著销去纪录二次，其从前罚俸三个月之处，仍注于纪录抵销；

孙士毅著从宽免其革任，仍注册；

纪昀、陆锡熊俱改为革职从宽留任；

陆费墀著于补官日改为革职从宽留任，俱俟八年无过方准开复；

恭泰著降二级调用；

吴裕德著于补官日降二级用；

许烺著于补官日降一级用；

王杰著降二级留任；

嵇璜、沈初著各销去加二级；

董诰著销去军功加一级；

曹文埴著销去加一级，纪录四次；

阿桂著销去寻常加一级；

和珅著销去随带加一级；

彭元瑞、金简著各销去加一级、俱免其降级；

刘墉著销去加一级，仍降一级留任。

纪晓岚背了个“革职从宽留用”的处分，算是处分中较轻的一种[1]。