乾隆四十八年（1783），纪晓岚转兵部左侍郎，六月十五日，是他的六十大寿。这个生日过得很热闹，翁方纲还专门写了贺诗：

早闻礼乐献王宫，果见黎光晋铁崇。

武部不离书局掌，中枢仍用阁衔充。

长松格本干云矗，老鹤颜已近日红。

艺苑群仙齐祝嘏，蓬山野岛且生嵩。

兰成射策并韶年，经笥诗名敢比肩。

浃漈研田逢岁获，后山句法有人传。

门生载酒倾千斝，老友挑灯共一编。

今夜紫云堂畔月，满轮飞向寿杯圆。

（翁方纲《复外集》卷十七）

九月，军机处又颁《检查红本处办应销毁书籍总档》，记从初办第一次应销毁书《昭代典则》等四种，到续办第七次应销毁书《西台建白》等共五种，总共七十六种。销毁原因，大多系语涉违碍或内有忌讳语或语多狂谩古直。

十一月二十八日，第二份《四库全书》缮竣，乾隆皇帝还算满意，谕“办理尚属迅速”。第二年送盛京奉天行宫，藏于文溯阁。

盛京（今沈阳）宫禁，藏书之处有崇谟阁、敬典阁、凤凰楼、翔凤阁、七间楼、文溯阁等。文溯阁是盛京宫殿中规制最大的藏书楼，位于盛京皇宫西，乾隆四十六年（1781）兴建，第二年竣工。

文溯阁也是仿宁波“天一阁”而建，重檐硬山式，面阔五间，进深三间九檩。明间与东西次间正面均不设槛墙，安槅扇门，各间向内收一步架，下层前后出廊，成上收下放式造型。同“天一阁”一样，外观为两层，内观实为三层，中间一层称“仙楼”。《四库全书》《古今图书集成》分列阁内梨木书架上。明间正厅悬乾隆皇帝御制匾额、御制联，并设屏风、羽扇、宝座、书案、文房四宝。前厅南面金柱上楹联曰：“由监古以垂模敦化川流区脉络，本绍闻以典学心传道法验权舆”，为乾隆皇帝御笔。阁顶层和挑廊东西间也分别设有宝座，供皇帝御阁时使用。乾隆皇帝御制《文溯阁记》，谓：“若夫海源也，众水各有源，而同归于海。似海为其尾而非源，不知尾闾何泄，则仍运而为源，原始反终，大易所以示其端也。津则穷源之径，而溯之，是则溯也，津也实亦迨源之渊也。”意思很明白，源为发端，渊为之尾，津为津梁，“溯”即由渊至源溯流而上，文溯即在书中追寻天理的根源。在盛京皇宫设文溯阁，更有非同一般的特殊意义，乾隆皇帝指出：“恰于盛京而名此名，更有合周诗所谓溯涧求本之义，而予不忘祖宗创业之艰，亦子孙守文之模[3]。”

文溯阁的藏书共计六千一百九十九函，七万九千八百九十七卷，三万六千二百三十六册，分五批运到盛京。乾隆四十七年（1782）十一月十三日运来刚缮写完成的一部分《四库全书》和《古今图书集成》，其中《四库全书》有一千函。一个月后运到第二批，计《四库全书》一千四百九十一函。四十八年（1783）正月二十五日运到第三批，计《四库全书》一千五百函。二月二十七日运到第四批，计《四库全书》一千五百函。三月二十日运到第五批，计《四库全书》二百九十函，另《总目》二十函、《简明目录》三函、《考证》十二函。其余零星送到。到乾隆皇帝四十八年（1783）九月第四次巡谒陵至盛京时，文溯阁库书已完全插架整齐，一切大备。盛京内务府奏准，特增设管理文渊阁事务食俸催长一员、食饷催长一员，管理文渊阁事务。每年四月，该员至盛京工部取樟脑六十六斤，野鸡尾掸子十把、短柄鸡毛掸子八把，以供保管《四库全书》之用。每年六月将文溯阁库书曝晒一次，每两年再由盛京工部派员携带纸张重新糊一遍窗扇。

四十八年冬天，第三份抄写完竣，翌年春入藏圆明园内的文源阁。大内文源阁，藏书六万卷，装潢经史子集，以异色别之，仿隋唐旧制。每卷首，各印“文源阁宝”，上加“古稀天子”圆玺。

乾隆四十九年（1784）十一月二十五日，第四份又完工，翌年春入藏承德避暑山庄。四份造竣，每份三万六千多册。

第一份《四库全书》告成后，四库馆总裁原奏“通限六年全竣”，乾隆皇帝也准予四库馆“于六年内按期蒇事”，但用了不到三年时间，各份全书均告缮录完竣。乾隆皇帝很高兴，谕示：“自第一份书成后，迄今甫届三年，其二三四份俱以次呈进，办理尚为迅速。”下谕：“所有总裁、总阅、总纂等俱著交部从优议叙。其提调、总校、分校、收掌、誊录人员等并著该总裁查明，分别具奏，咨部议叙[4]。”