因《四库全书总目提要》卷帙甚繁，审阅不易，纪晓岚与陆锡熊等，又将其撮举大要，另编就《四库全书简明目录》，于乾隆四十七年（1782）六月完成。《简明目录》按《总目提要》次序排列目次，只载录书名、卷数，注某朝某人撰，并略志数语于下，对书籍内容评价言简意赅，十分精练。《简明目录》不收录存目书籍，也省略了部类总序和小序，共二十卷，次年六月进呈，与《总目提要》同时刊行。

第一份《四库全书》收藏在文渊阁后，乾隆皇帝时常去翻阅，并不时从其中发现一些抄写的错误和违碍字句。四十七年十月二十九日，他从毛奇龄所著的《词话》一书中发现有谬妄字句，立即谕示内阁：“四库馆进呈原任翰林院检讨毛奇龄所撰《词话》一书，内有‘清师下浙’字样，殊属背谬。毛奇龄系康熙年间翰林，书内著载我朝时事，理应称或大兵、王师等字样，乃指称清师抬写，竟似身事前明、未经在本朝出仕者，谬妄已极。毛奇龄尚系有文望之人，且身故已久，朕不肯因其字句背谬，遽照从前戴名世等之案办理。但此等书籍经纂修、校对阅过，即应按照馆例签改进呈，乃漫不经心，俱未看出，实非寻常疏忽可比。除将原书交馆改正，并查明此外有无似此字样一并签改外，所有书内列名之总纂官纪昀、陆锡熊，总校官陆费墀、王燕绪，分校官刘源溥，俱著交部分别议处。至誊录生不通文理，照本缮写，著加恩免其查办，并著行文外省各督抚细心查办，有似此者，一体改录。钦此[1]！”

纪晓岚、陆锡熊等又一次被记过处分。

尽管大家时时加着小心，还是不断有讹错被乾隆皇帝挑出来。过了没几天，十一月七日，乾隆皇帝又从《通鉴纲目续编》中发现了议论诋毁的文字，颁谕内阁：“朕披阅《御批通鉴纲目续编》内《发明》《广义》各条，于辽、金、元三朝时事多有议论偏谬及肆行诋毁者。《通鉴》一书关系前代治乱兴衰之迹，至纲目祖述麟经，笔削惟严，为万世公道所在，不可稍涉偏私。”命对此书进行严格订正，“其议论诋毁之处，著交诸皇子及军机大臣量为删润，以符孔子《春秋》体例。仍令粘签进呈，候朕阅定[2]。”

第二天，十一月初八，军机大臣将《通鉴纲目续编》拟改各字粘签呈览，总裁永璇并奏查出此书系宋荦校刊，并非官刻。并查出武英殿库贮该书九十四部，并无板片，请示应否将此库贮之书照签挖补，每省颁发一部，令其遵奉谕旨一体改正。乾隆皇帝当天谕示河南巡抚李世杰，向宋荦子孙查明《御批通鉴纲目续编》一书的板片，查出后解交武英殿。经过认真查勘，宋荦家并无存留此书板片。乾隆皇帝想到，宋荦曾在江苏做官，《御批通鉴纲目续编》这部书很有可能就是在苏州刊刻，最后存留该处。乾隆皇帝很执拗，到第二年二月初三，又寄谕江苏巡抚闵鹗元仔细查明这部书板片的藏处。到三月二十二日，苏州织造四德终于查明了板片下落，存留于苏州织造衙门，并无刷印。乾隆皇帝谕令即刻将板片解往京师。

四十八年（1783）二月初二，军机大臣又公布了记过馆臣名单，总校官朱钤被记过八百八十五次、王燕绪被记过七百八十四次，分校官陈木记过四十二次，李斯咏、刘源溥等六十二名馆臣分别被记过三十六次、二十八次到十次八次不等。

四月十五日，又贴出了馆臣罚俸名单，吴裕德、吴锡麒、李镕、庄通敏、汪镛、朱攸、励守谦、潘曾起、王燕绪、莫瞻菉、王允中等二十余人被罚俸三个月。何循、王春煦、施培应等十三人销去记录一次，朱钤等七人各罚俸三个月之外，俱着注录于记录抵消。

这次纪晓岚记过和罚俸榜上无名，但他心里一点也不轻松。馆臣们人心惶惶，在这样的情况下，大家都捏着一把汗，不知道什么地方会冷不丁出一个纰漏。