第二年正月，按照皇帝旨意，这第一份《四库全书》入藏文渊阁。这套书经、史、子、集用四种颜色标示，经部用青色绢，史部用红色绢，子部用白色绢，集部用黑色绢，分别象征“春”“夏”“秋”“冬”四季。以楠木匣为函套，非常华贵。

文渊阁内部藏书排架是下层当中三间两旁放置《四库全书总目考证》和《古今图书集成》，左右梢间放《四库》经部书二十架，中层放史部书三十三架，子部书二十二架置上层中间，集部二十八架放上层两旁。

书分别贮楠木小箱中，安置在书架上。

文渊阁上下层中央，用书架隔开厂厅。正中设御榻，榻上置一对小方枕作为“迎手”，御榻靠背是黄缎子软垫，以金线绣金龙图案；下层正中，南向悬金漆“汇流澂鉴”匾，北面南向檐柱挂金漆底黑字楹联，南面北向横眉上悬乾隆皇帝的御制诗；下层中央厂厅立着一架雕木屏风，设御座、御案。

由于文渊阁地处宫禁，又庋藏最先告成的一部《四库全书》，所以这一部书可谓四部七阁中之最精良。其最精，主要表现在两个方面：

首先校勘最为精细。《四库全书》是陆续纂修、缮写完成的，内廷四阁和江南三阁都先后进行过多次复校，较大规模的复校就有两次。抽换、抵换之处颇多，因为文渊阁是备皇上御览之书，且首先告成，不仅校勘十分精心，少有讹错，而且缮写也十分工整。

其次是从种类、册数上最为全备。七阁之书由于多次抽换、撤改、销毁，各阁册数没有确切文献可稽。据乾隆皇帝《题文津阁》诗注，至乙巳年四份全书告成，“每部三万六千册”，这只是一个概数。一九三○年，故宫博物院图书馆根据《四库全书总目》，对文渊阁库书进行盘点，统计出阁书共三千四百五十九种，六千一百四十四函，三万六千零七十八册，与各阁比较，文渊阁库书是最为全备的一部。

早在乾隆四十一年（1776）六月文渊阁刚刚落成，乾隆皇帝就谕示大学士制定了文渊阁书籍管理章程，明确规定：“于文渊阁就近酌拨房屋数间，作为阁职直舍，令校理各员，轮番日查。如有查取书籍之处，即同内府官员前往检出收还，随时登记，以备查核[20]。”并提出仿照宋代秘书省每年仲夏曝书成例，定于每年五六月内，翻晾书籍，以确保无虫蛀霉变之患。曝书每次以十天为期。乾隆皇帝后来发现，由于文渊阁所设各项官职分别由内阁、翰林院、内务府、奉宸苑等衙门派员兼任，时间一长，难免会出现职责上的混乱，因此出现办事互相推诿、扯皮的现象。而且连这个曝书的制度也有不尽合理之处，基本上成了虚应故事，遂下谕将阁中一切事务交提举阁事一人专为管理。对于曝书之事，乾隆皇帝也指出：由于《四库全书》是装在楠木匣中，无蠹蛀之虞。况且卷帙浩繁，非一时所能翻阅。而多人抽看曝晒，容易不小心损坏书籍，入匣时也容易发生错乱，这些弊端都远远胜过蠹蛀。所以今后不需晒书，只须慎为管理。这样，曝书工作停了下来，其他兼职人员也不再参与阁事。文渊阁实际上成了禁御重地。

四十七年（1782）二月二日，乾隆皇帝御文渊阁，赐《四库全书》总裁、总纂、总校等官宴。

那天的宴会十分热闹，气氛和谐。总裁、总阅、领阁士、提举阁事的宴席布在阁内，总纂、直阁事的宴席在阁外廊次，纂修、校理、总校、分校、提调、检阅等宴席于丹墀内，席间张演戏剧。乾隆皇帝临宴坐，不时命诸皇子率众侍卫等行诸臣酒，所有人赐座进茶、进酒。

宴会结束后，乾隆皇帝回宫，命诸皇子颁赏总裁九人、总纂及各官等七十七人，每人墨刻一本、玉如意一柄、八丝大缎两匹，还有文房四宝等。四月，开始在新入藏的《四库全书》上钤印，印有两方，一为“文渊阁宝”，一为“乾隆御览之宝[21]”。

《四库全书》得到皇帝的肯定，馆臣们很高兴。纪晓岚不敢稍有懈怠，与各总裁、总纂、总校商酌，奏请复核各书违碍字句。大学士、《四库全书》馆正总裁英廉奏：“臣与总纂纪昀等公同商酌，以各书内有词义违碍者，业经陆续查出，分次奏缴销毁。但卷帙浩繁，恐其中或尚有应毁字句，应再行通加复检，然后发回，庶无疏漏[22]。”

本来，英廉、纪晓岚等是奏请将“其余查无干碍之存目及重本各书”发还给各藏书家的，但乾隆皇帝不放心，责成四库馆再行查看，以防粗心大意，漏掉违碍书籍。

于是四库馆随之派出三十三员纂修官，将各省解送之明代以后各书，逐一复加校阅，详细磨勘，共看出应行销毁书一百四十四部，应酌量抽毁书一百八十一部，同原书三百二十五部，两千一百二十三本，一并缴进，请旨分别销毁。

七月九日，乾隆皇帝又谕示，以六年为限，完成第二、三、四份《四库全书》的缮写；另再缮写三部，安置于扬州的文汇阁、镇江的文宗阁和杭州的文澜阁内[23]。

纪晓岚授兵部右侍郎，仍兼文渊阁直阁事，破改任不开缺的先例。