纂修官让一连串的文字狱吓破了胆，这些日子签出的明神宗以后的几部书籍，越来越多的是“应全毁”“拟抽毁”或“酌毁”的处理意见。同时，查禁书一时成了《四库全书》馆的主要工作，乾隆皇帝也特别需要修书者成为禁书的“眼线”。而确定哪一部书成为禁书，往往由纂修官拿出意见，总纂审订，然后上报总裁。作为总纂，纪晓岚是四库馆中决定一部书弃留的关键人物。他绝知此事要躬行，不但尽一己之力保护很多好书免遭焚书“秦火”，使这些书得以保存于后世，而且从湮灭的故纸堆中挖掘到了很多有价值的书。

比如明末清初浙江钱塘人吴绮的《林蕙堂集》，纂修官认为其中有近于慨叹兴亡之语，纪晓岚则认为这是文人习套，并无谤讪之意，不应抽毁和削删。清初江南昆山叶方蔼《读书斋偶存稿》中，其《南海子》诗中有“何当小住三千岁，再见桑田变沧海”句，纂修官认为违碍，纪晓岚签出的意见是，这两句诗也是文人惯用的套语，不应削删。对很多打入“应毁”之列的书，纪晓岚大胆地签下了“仍应拟存”“此系偶然寄托，尚无别意”的意见。

纪晓岚深知，这么做也许会有极大的风险，可没来由地毁了这些书，更会让他痛心疾首。

《四库全书》馆的记过规定，是三个月一次考核，讹抄疏漏者，一处即记一过，对记过多者，给以处分。其总裁错至三次，分校、复校错至两次者，均交部察议。就连从乾隆三十八年（1773）九月起就担任《四库全书》总裁、一生以小心谨慎著声朝野的蔡新，也多次被记过罚俸。

蔡新为纪晓岚的受知师。纪晓岚在写给他的祝寿诗中，有“四十年来陪讲席，六千里外望师门[1]”句。纪晓岚参加乾隆十九年（1754）殿试，蔡新时为读卷官。

蔡新字次明，号葛山，福建漳浦人。天资超迈，幼时即以圣贤之学自奋。乾隆元年（1736）二甲第一名进士，散馆授编修。后历任侍读、侍讲、侍郎，作为上书房总师傅，教习包括后来成为嘉庆皇帝在内的诸皇子近四十年。乾隆三十二年（1767）擢工部尚书，三十八年移礼部，充四库馆总裁。

纪晓岚与蔡新有师生之谊，在四库馆又是上下级关系，两人无话不谈。有一次，蔡新提到一部《苏沈良方》的医书，给纪晓岚的印象很深。

所谓“苏”“沈”，指的是苏轼和沈括两人，这两个大儒都喜欢谈论医药，宋代人把他们的论述汇辑在一起，就成了这部书。然而此书世无传本，蔡新在领办《永乐大典》时，曾看到过这部书，他认为这部书很有价值，就让担任《永乐大典》纂修兼分校官的王文亭去整理这部书。经王文亭排纂，蔡新又亲自审订，始成完帙。

说来也巧，这本书后来帮了蔡新一个大忙。蔡新的一个小孙子，偶然间吞吃了一颗铁钉，医生用芒硝等药物往下打，但打不下来，孩子越来越虚弱。蔡新猛然想起，《苏沈良方》上有一个关于治疗小孩子吞吃铁物的药方，上面说把新烧的炭皮剥下来研成粉末，与粥调在一起分成三碗，让小孩子吃。蔡新就按药方试了试，果然，炭屑裹着铁钉排下来了。蔡新兴奋地对纪晓岚说：“我校《四库全书》，多少回因为出了错字被扣罚俸禄，只有这一件事是因为修书而得到益处。可见杂书有时也十分有用啊。”

作为理学家的蔡新，一生谨慎，介介不逾尺寸，沉默简重，无事不多发一语。在四库馆当总裁时，他已六十六岁，仍勤勉阅书，经他办校之书甚多，但还是免不了因出现文字讹错而一次又一次被处罚，扣掉俸禄赔写讹错的篇页。乾隆皇帝曾多人次亲自下谕宣布对他的“交部察议”的处分决定。乾隆三十九年（1774），他和另一位总裁张若溎因校书出错被罚俸六个月。

乾隆四十四（1779）、四十五（1780）两年，也是《四库全书》立馆以来核稽馆臣校书错误处理最严格的年份。从四十四年正月到四十五年十二月，军机大臣奏查明所进书籍错误次数请交部察议的奏章十几道，乾隆皇帝先后发布了十几道谕示，公布被记过与罚俸的馆臣，从总裁、总纂、总校到纂修官、分校官，鲜有漏网者。总校官朱钤，六年内竟被记过两千七百三十四次，另一总校官王燕绪，则被记过三千七百零五次。

说起来，凡是阅书的总裁乃至总校、总纂和各纂修官，几乎没有人能逃脱被记过罚俸的处分，只有纪晓岚是个例外。

纪晓岚作为总纂，阅书最多，经他手办理之书数十倍逾于其他馆臣，可从乾隆三十八年（1773）到四十五年（1780），七八年时间内，他连一次过也没有记过。这在馆臣中可以说是“叹为观止”了。

到了乾隆四十五年末，这个保持了七八年的“常青树”的纪录被打破了，纪晓岚因校书讹误，被记过三次。这是他第一次被记过。

“打一巴掌给个甜枣儿”是乾隆皇帝惯用的手法。刚下了处分谕旨，乾隆皇帝又赐给了纪晓岚御书玉屏的拓本。御书“银钩铁画，细入毫芒”，纪晓岚《乙巳正月预千叟宴恭纪八首》之第六首即有“七旬题细楷，曾见玉书屏[2]”句。

第二年二月，朝廷举行仲春经筵，乾隆皇帝论大学挈矩之义。照往例，内阁大学士不得听讲，纪晓岚以文渊阁直阁事的身份得观大典，又是乾隆皇帝给了他一个大恩宠。