乾隆三十八年（1773）十月初九，乾隆皇帝审阅缮成呈进的部分《四库荟要》书稿，发现有不少错字，于是谕内阁让四库馆总裁们制定《校录四库全书章程》。后来规定各总裁官分工负责查阅相关书籍，军机大臣对四库馆编进之书，“每三月查核一次”，如总裁错至三次，分校官、复校官错至两次，“均交部察议”，即提交有关部门讨论处分。馆臣们一颗心悬在喉咙里，如履薄冰，小心翼翼。

十一月初五日，《四库全书》馆总裁遵乾隆皇帝谕旨，将京城官员所进之书数在一百部以上者，分别拣取进呈。所有在馆纂修各员，蒙恩赐题纪晓岚所进孙觉《春秋经解》七言排律六韵，励守谦所进赵蕤《长短经》七言绝句四首，汪如藻所进陈经《尚书详解》七言排律六韵。

《四库全书荟要》是为乾隆皇帝编纂的一部由《四库全书》精华部分组成的文献丛书。在决定开馆修《四库全书》后一个月，乾隆皇帝就下令编纂《四库全书荟要》：

第全书卷帙浩如烟海，将来庋弆宫廷，不啻连楹充栋，检玩为难。惟摛藻堂，向为宫中陈设书籍之所，牙签插架，原按《四库》编排。朕每憩此观书，取携最便。著于全书中撷取菁华，缮为《荟要》，其篇什一如全书之例。盖彼极其博，此取其精，不相妨而适相助，庶缥缃罗列，得以随时浏览，更足资好古敏术之益。

（《谕内阁编著四库全书荟要著于敏中、王际华专司其事》）

乾隆皇帝任命四库馆两位总裁——于敏中和王际华主持《四库全书荟要》编纂工作。同时，在四库馆中设立荟要处，特派专人从事《荟要》的编纂工作。

《荟要》与《四库全书》体例相同，分经、史、子、集四部分，下设子目若干。可以说是《四库全书》的缩编本。

更让馆臣们害怕的，是书中“违碍悖逆”的文字，谁也不敢保证会在哪一本书中出个什么纰漏。《荟要》比《四库全书》更多受到禁书政策的影响，负责编纂的馆臣费尽心机挑选乾隆皇帝喜欢看而不会出问题的书籍。对明代后期文集的收入，就更加慎重。

乾隆皇帝对《荟要》的审查比较迅速，乾隆三十九年（1774）十月初一把缮录完工的一百零一册呈送，乾隆皇帝只用了五天时间，便全部看完。虽然快，但他却总能挑出不少的错误。

好在《荟要》只供乾隆皇帝御览，不向社会公开，抽毁和删节的地方相对较少，保留了一些书籍的原貌。

而对《四库全书》中违碍悖逆之处的抽毁，则要严重得多。

乾隆皇帝对办书督查十分严格，不但亲自定了《四库全书》书名，亲自制定了编纂则例，还要时常亲自审阅辑出之书，一旦发现问题，亲自过问，决不姑息。

馆臣们校阅各书时，凡遇诗文汇选之书内选入曾经专案查缴的禁书、类书、记载之书以及个人文集中有违碍篇章或条目，一律撤出销毁，此为“抽毁”。至于那些明令查禁之书，则悉数烧毁，此为“全毁”。有的只是需改动一些违碍的字句或书写格式。如顾炎武倾三十余年心血撰写的学术名著《日知录》，此书内容浩博，举凡所论经义、政事、世风、礼制、科举、艺文、史法、兵事、地理、名物等各类条目，均学有本原，博展而能贯通。然而其中有些条目，如卷六“素夷狄行乎夷狄”，卷二十八“胡服”“左衽”，卷二十九“徙戎”，卷三十二“胡咙”等，或涉及明末边事，或有强烈的民族意识，均被整条撤出，其他涉及“夷”“狄”“虏”等词汇的，均进行改易。

清朝是满族建立的政权，乾隆对“夷”“狄”之类的称呼十分敏感，单单这方面的文字狱就有几百起，馆臣们必须处处小心慎重。大凡宋元以后著述，内有“斥金”“斥元”等涉于诋詈文字，在校阅时加以改易，无法改易的则予以删除，生怕有时一个字出了问题，轻则罚俸、赔写，重则丢官甚至脑袋搬家。

另外，对有悖于封建伦常的某些篇章，也需要一体删改或撤出。如清初朱存孝所编《回文类聚补遗》，书中收录了《美人八咏》诗，乾隆皇帝认为这些作品格调低下，词意媟狎，“有乖雅正”，下令即行撤出，并借这件事下谕给馆臣，凡遇各种诗集内有类似这样的作品，一并撤出。“以示朕厘正诗体，崇尚雅醇之至意[1]”。对一些虽为违碍书籍但有可资利用价值的书，则改、删后重编。如明末一些大臣的奏稿，特别是刘宗周、黄道周等名臣奏议，言辞剀切，最初被指为“字句狂谬”“词语刺讥”，定为全毁。乾隆皇帝审阅后，发现这些著述“为明季丧乱所关，足资考镜”，尤其是从这些奏疏中可见明末主暗政昏，太阿倒置，阉人窃柄，权倾满朝的种种弊政，揭示了明朝灭亡的真正原因，提供了教训和借鉴，有一定利用价值，因而下谕将明末诸人文集奏疏“删改抵触字句”后收录，并择出相关内容单独编一部《明臣奏议》，以明“一代得失之林”。

《四库全书》编纂过程中，不断有书籍陆续掣出销毁。凡有违碍之书，都要贴上标识签，并在书名上注一“毁”字，还要写明销毁的理由。每次签下一个“毁”字，纪晓岚都觉得他的心脏有一次深深的针刺般的痛。特别是一些经纂修官校阅后认为可以抄写或存目的书籍，经他审阅后又被掣出毁掉，心情就更加复杂。