庄子是一位诗性哲学家，他以浪漫诗人的情怀，十分明确地提出了探索世界存在的本原和本质的问题，他在中国人文文化史上第一次提出自然不可分割的整体思想。在《应帝王》篇中，他讲了一个寓言故事：南海之帝名叫“儵”，北海之帝名叫“忽”，中央之帝名叫“浑沌”。请注意，“儵”这个个字读如“Shu叔”，它和“忽”都是形容行动迅速的字。“沌”，读如“dun盾”。儵与忽相遇于浑沌之地，浑沌对待他们很友善，儵和忽想报答浑沌的恩德，说，“人都有七窍，用来视、听、饮食和呼吸，可是浑沌都没有，我们不妨给它凿开七窍”。于是他们每天为浑沌凿开一窍，第七天浑沌七窍俱有，但它却死掉了。

庄子用这个故事告诉人们，自然是一个有整体，是不能加以分割和破坏的。人作为自然的一部分，应当维护自然的这种整体性。而“浑沌”作为自然的代号，人们对它的认识却是远远不够的。它是人们认识自然的源泉，但是人们不应按照自己的意志去肢解它，强加给它一些原本不属于它的东西（器官），而应该从整体上去研究它。

庄子由此提出了“齐一”的思想，主张从自然整体方面去思考问题。他在《齐物论》中讲了一个寓言故事，有位叫狙公的老者养了一群猴子，每天用芋头去喂养它们，原先早上发给它们三个芋头，晚上发给它们四个芋头，猴子们十分愤怒，于是老者改变方式，早上发四个，晚上发三个，猴子们非常高兴，这就是所谓“朝三暮四”的故事。猴子们只看到早、晚芋头数量的差别，不了解芋头的总数未变。这不是可怜又好笑吗？庄子用这个寓言嘲讽世俗，世人大多囿于眼前的利益，而不从整体的自然角度去看问题，从而就产生了错觉和偏差。

如果仅仅发生错觉和偏差，还不算什么大问题，但是这种偏差却往往能酿造出人类本身的灾难。比如，我们为了自身的发展，掠夺性地向自然去索取，以致于环境恶化，臭氧层破坏，酸雨和灾难性气候给人类以惩戒式的示警。

如何去观察我们所处的宇宙与自然，庄子提出“以道观之”的命题，主张从大道的高度去观察自然和人自身。

他在《达生》篇中讲了这样一个故事：有一位善于驾车的人，名叫东野稷，在鲁庄公面前表演驾车技巧。只见他驾技娴熟，出神入化，往前行，车辙笔直，如同木匠用墨斗弹出的直线；旋转而行，车辙则如同圆轨划出的一样圆。鲁庄公认为巧手刺绣也不过如此，于是要求东野稷连续转了一百圈，看是不是都压在一条圆线上。这时候恰好遇到一位叫颜阖的经过这里，他就向鲁庄公说，车野稷的马快不行了，鲁庄公不回应他的话。过了没大一会，东野稷的马跌倒了，鲁庄公觉的很奇怪，问颜阖“先生怎么知道东野稷的马快不行了？”颜阖回答说：“马力已经用尽了，东野稷还在那里让它快跑，自然会将它累死”。

这个故事正是从事物的限度说明事物反向转化的道理。东野稷的马训练有素，然而最后却跌倒了，为什么，就是因为驭马的人不懂得“物极必反”的道理，超限度地使用它。

马的力量是有限的，在它自身的限度内，能施展各种本领，而且可以出神入化，一旦超过了它的限度，那就不行了。

这种“反向转化”的思想对人类生存有着重要的指导意义，它告诉人们事物不但发展着、变化着，而且是向一定的方向发展变化着，从宏观趋势上看，当它向着一定的方向发展变化达到一定限度时，就会反转过来，朝着相反的方向发展变化。

比如我们用酒精消毒，有人认为，度数越高，消毒效果越好，其实不然。超过75°之后，酒精的消毒效果就会减弱，之所以这样，是因为当超过75°之后，酒精的杀菌力量过强，细菌群体外围的细菌在被杀死之后，它们的尸体很快会熔结成一个硬壳，使酒精难以进入深层，这样处在深层的细菌便被保护了起来。

我们对自然环境的治理，对一种事的限制，或是对一种事物的提倡，都要讲究限度，既不能无限度地限制，也不能无限度地提倡。

比如澳大利亚草原野狼成灾，了为消灭野狼，组织了打猎队，狼打光了，野兔没有了天敌，迅速膨胀，把草皮都啃光了，只得又去引进狼。

庄子的宇宙观，更体现在他对“泰初”理论的发明上。《天地》篇中说：

泰初有无，无有无名。一之所起，有一而未形，物得以生，谓之德。未形者有分，且然无间，谓之命；留动而生物，物成生理，谓之形；形体保神，各有仪则，谓之性。性修反德，德至同于初。同乃虚，虚乃大。

什么是“泰初”？“泰初”就是宇宙最初的时候。这段话从宇宙初始形态讲起，讲到生命的产生，再后又讲到人的精神如何回归，与原初的宇宙状态融为一体。大意是说，宇宙原初什么也没有，没有有形的事物，也没有有形事物的名称，但它确实是一种存在，是浑然为一的存在，所以说它是一；说它是一，也就是说它没有形象，因为有了形象就有了分界和边境，而有了分界和边境也就不可能再是一了。

万物都是从“一”中得到了基本因素而产生的。从“一”中移到万物之中的那基本因素称为“德”。但万物的形成有一个过程，万物的基本因素原先处在“一”中，没有形象，是“一”的组成部分，而且它们之间还没有界限，至于哪一部分转移到哪里，形成什么样的事物，是由自然而然的趋势所决定的。这种自然而然的趋势称为“命”。“一”在不停地流动，流动之中产生了物，物产生出来便有纹理，物的纹理就称为“形”。有生之物的形体之中都有精神，不同的生物中不同个体，其精神的档次是不同的，有智有愚有灵有钝，因为它们常有各自档次的色彩，所以称为“性”。虽然性有不同，所以作为人就必须进行精神修养，让自己的精神恢复到较高的档次，即“德”的档次，也就与宇宙原物状态融为一体了，所以说“德至同于初”。与宇宙原物状态融为一体，也就进入了一切虚空的境界，这一切虚空的境界就是“大”。

“宇宙之初”，也就是庄子一再提出的“大道”理论，所谓“反德”，也就是回归大道。请注意，这个“反”字，《庄子》中，“反”字有88次出现，其中用于归返之义的占了半数以上，可视为老子《道德经》中“反者道之动”一说的发扬光大。《大宗师》中讲“反复终始，不知端”，和“反其真”，《在宥》中讲“今夫百昌，皆生于土，而反于土”，《秋水》中“谨采而勿失，是谓反其真”等等。与“反”的概念相呼应的是“归”，《老子》五千言中，“归”字出现了11次，典型的措辞有“归根”、“复归”两种，《庄子》中则出现了33次，如《山木》中“复归于朴”，《知北游》中“欲复归根”等等。都是讲人与自然的和谐与自然的复归。

庄子主张人与自然的和谐，这不仅表现为爱护自然、保护自然，而且含有向自然学习的内容，这比儒家所谓“天人合一”更富有哲学的理论思维。

庄子认为与自然合一的人可称为“至人”，这种“至人”能顺应自然，乘“六气”之变化，遨游于无边的宇宙，进入绝对自由的境界。