万历中后期，有“万历三大征”——平定宁夏哱（bō）拜、播州杨应龙的叛乱，又取得援朝抗倭的胜利，而在西北，继承隆庆封贡成果，利用三娘子的政治婚姻，维持了与蒙古数十年的和平局面。因此，万历帝陶醉于用兵胜利，享受着午门献俘的威武得意，却忽略了一个潜在的强大敌人——东北女真建州部首领努尔哈赤。
嘉靖三十八年（1559年），努尔哈赤生于今辽宁抚顺新宾满族自治县永陵镇赫图阿拉村一个女真人家庭。他比万历帝年长四岁。他的祖父觉昌安和父亲塔克世都是明朝的地方官。
万历十一年（1583年）二月，明辽东总兵李成梁率军直捣女真阿台的驻地古勒寨。努尔哈赤的祖父觉昌安和父亲塔克世也在古勒寨，他们是去劝说阿台投降的。明军占领古勒寨后，对抗拒的女真部民进行大屠杀，把努尔哈赤的祖父和父亲也误杀死了。
努尔哈赤质问道：“我爷爷和父亲为什么被害？”明朝派官员谢罪说：“不是有意的，是误杀罢了！”作为补偿，朝廷赏给努尔哈赤三十道敕书，三十匹马，让他承袭父亲的职务，任建州左卫指挥。他先后八次到北京朝贡，取得万历帝信任，升任左都督、龙虎将军。
万历十一年（1583年）五月，努尔哈赤借报仇为名，以“十三副遗甲”，率领五六十人的队伍，拉开了反明战争的历史帷幕。
清朝兴起，明朝灭亡，就是从辽东建州女真的古勒寨揭开了序幕。这点火星在迸发时细如芥末，对立的双方都没注意到。然而，它燃烧为熊熊烈火，能将大厦吞噬。
经过三十三年的浴血奋战，努尔哈赤统一了女真各部，于万历四十四年（1616年）建立大金，史称后金，年号天命，定都赫图阿拉。
奇怪的是，在此期间，努尔哈赤居然没有受到明朝的一次军事打击。明朝长期对建州女真忽视、轻视、无视、蔑视，反过来不得不吞下自己酿成的苦酒。
努尔哈赤给自己定了年号为“天命”。天命三年即万历四十六年（1618 年）正月，天命汗努尔哈赤对诸贝勒大臣发布“七大恨”，告天布民，接着计袭抚顺城，强拔清河堡。
万历帝给天命汗的回答是：“经略出关，援兵四集，大彰挞伐，以振国威！”表明要出动大军武力镇压，就此开启困扰万历、泰昌、天启、崇祯四朝的辽东战事。
万历帝决定发兵征剿，予后金以毁灭性打击。他起用杨镐为辽东经略，赐尚方剑，杨镐的作战方案是：军分四路，钳形包围，分进合击，捣其都城。
西路，以总兵官杜松为主将，率官兵二万余人，总兵官三员。
北路，以总兵官马林为主将，官兵二万余人。
南路，以辽东总兵李如柏为主将，官兵二万余人。
东路，以总兵刘 为主将，官兵约二万人。
万历四十七年即天命四年（1619年）二月十一日，辽东经略杨镐在辽阳誓师，并取尚方剑，令将此前临阵逃跑的指挥白云龙当场枭首示众。誓师后，各路兵总共十万余人，号称四十七万，兵分四路，分进合击，捣向赫图阿拉。
明军来势凶猛，后金如何对策？努尔哈赤说：“恁尔几路来，我只一路去！”这就是集中优势兵力，逐路击破明军。
明军西路主将杜松，二十八日从沈阳起行，第二天到抚顺关。杜松是将门之后，一员虎将，但骄傲轻敌，急贪首功。杜松说：“吾必生擒努尔哈赤！”——奖赏是一万两黄金！他还带着给俘虏用的杻（chǒu）械，准备到北京午门献俘。杜松率军夜渡浑河时，酒意正浓，**胸怀，挥舞大刀，裸骑径渡。众将请他披甲，杜松笑道：“入阵披坚，非丈夫也。吾结发从军，今老矣，不知甲重几许！”（打仗穿铠甲的人不是大丈夫，我少年从军，直到现在老了，从来不穿铠甲，都不知道铠甲有多重！） 谁知，努尔哈赤早已派人在浑河上游筑坝蓄水，这时候突然放水。杜松的兵士们脱衣涉河，陡然水涨，水深没肩，淹死多人。辎重渡河困难，远远落在后面。
三月初一，杜松军到了萨尔浒山，分兵结为三个营。努尔哈赤率六个旗的兵力四万余人，以绝对优势兵力，突然猛攻萨尔浒山的明军，一举攻下萨尔浒明军大营，接着攻击杜松所部。杜松虽左右冲杀，但矢尽力竭，落马而死。西路军覆亡。
初二，北路的马林听说杜松兵败，急忙转攻为守，组成“品”字形营阵。主将马林，将门出身，但好诗文，工书法，交游名士，自许甚高，只有虚名，并无将才。努尔哈赤还是集中兵力，分三口吞掉马林的“品”字战阵。马林惊恐，策马先奔，剩下的明军官兵溃败，全营皆没，马林两个儿子战死。明北路马林军，除主将马林仅以数骑逃回开原外，全军覆没。
初五，东路刘綎军进到阿布达里冈，距赫图阿拉七十里。隐伏在这里的后金伏兵四起，把刘綎军拦腰切断而攻其尾部。这时，努尔哈赤设计骗刘綎，用杜松阵亡官兵的衣甲、旗帜装扮成明兵，乘机督战。皇太极等率兵从山上往下驰击，上下夹攻，首尾齐击。刘綎奋战数十合，中流矢，伤左臂。刘綎真是条汉子，又战，面中一刀，截去半个脸颊，还左右冲突，亲手斩杀数十人而死。其养子刘招孙扛着刘綎的尸体，手挥刀刃，拼死战，也被杀。刘綎，抗倭名将刘显之子，是明军的勇将。他身经数百战，名闻海内。他善用大刀，所用镔铁刀百二十斤，在马上轮转如飞，人称“刘大刀”。就这样，刘綎战死，东路明军也遭惨败。
明军杜松、马林、刘綎三路军败北，经略杨镐急令南路李如柏回师。李如柏为名将李成梁之子，放情酒色，贪**跋扈，怯懦蠢弱，接到杨镐檄令后，急命回军。后因为被言官弹劾而自杀。
至此，萨尔浒大战，以明朝军失败、后金军胜利而结局。萨尔浒之战后，辽东战事愈演愈烈，明朝由进攻转为防御，后金由防御转为进攻。
面对这种空前的危机，万历皇帝还是坚持不上朝，一年多以后就驾崩了。