前面讲到，在正德皇帝突然死去的紧急时刻，杨廷和提出，按照“兄终弟及”的规矩，正德皇帝的堂弟、兴王朱厚熜，应当立为皇帝。这个提议得到张太后的懿准。古代帝王传位的血统顺序叫帝系。明朝帝系曾经改变过一次：因为燕王朱棣发动“靖难之役”，从侄子建文帝手里夺取皇位，帝系就从懿文太子朱标—建文皇帝的帝系，转为永乐皇帝朱棣的帝系。经过永乐、洪熙、宣德、正统、景泰、天顺、成化、弘治、正德，传了七代九朝。到朱厚熜即位，原来的帝系是继续往下传，还是开始新的帝系呢？这就发生了激烈的所谓“大礼议”之争。
按照皇太后和内阁的设计，选朱厚熜继位，是把他过继给弘治皇帝，成为刚刚去世的正德皇帝的弟弟，然后以皇太子的身份继承皇位，继承原来的帝系。但是这个设计很快就被十五岁的朱厚熜打破了。
朱厚熜从安陆（今湖北钟祥）到北京，应该从哪个城门进入皇城？朱厚熜是过继给弘治帝做儿子，是以未来皇太子的身份进宫，于是礼部按太子即位礼仪，请朱厚熜从东安门进皇城。朱厚熜却说：“皇兄遗诏里说，让我即位当皇帝，礼部这么说算是怎么回事！”礼部回复说：“您现在还没继承皇位呢。”于是朱厚熜的车驾就是不进城。双方僵持不下，礼部没有办法，只好同意他走天子的专用路线，从大明门的中门进入皇城，然后通过承天门（天安门）、端门、午门的中门进入皇宫。
很快，朱厚熜的母亲蒋氏也从湖北安陆州来到北京，她应该从哪个城门进入皇宫？礼部奏请：“圣母到京，宜由东安门入。”朱厚熜母子认为，蒋氏是以太后身份进宫的，要从大明门的中门进城。礼部退一步说，那就从大明门左侧的门进城。朱厚熜母子还是不同意。正僵持着，蒋氏生气了，闹起脾气，干脆不进城了。朱厚熜听说后，就痛哭起来，说不当皇帝了，要“奉母归”——母子都回湖北老家去。这可把大臣们吓坏了，如果他们母子都回老家，空缺的皇位怎么办？最后只好妥协。蒋氏这才从通州起程，由大明门的中门进入皇城，依次走各门的中门，进入皇宫，和儿子朱厚熜团聚。
这两次风波透露出，朱厚熜并没有给弘治皇帝做太子的想法，而是要直接做皇帝，这和朝廷原来的设计是完全冲突的，预示着更大的宫廷礼仪——“大礼议”——的风暴即将到来。
正德十六年（1521年）四月二十二日，朱厚熜在皇极殿（太和殿） 登极，年号嘉靖，就是嘉靖皇帝。
嘉靖皇帝坐上宝座后，就要给大行皇帝和自己的亲生父亲上尊号。首辅杨廷和等人主张，尊孝宗弘治皇帝为皇考（古人称死去的父亲为考），而尊兴献王朱祐杬为皇叔父。嘉靖皇帝不同意。这时，刚考中进士的张孚敬（后改名张璁）和桂萼，揣摩并迎合皇帝的意思，提出尊其亲生父亲朱祐杬为皇考，孝宗弘治皇帝为皇伯父。这就意味着，嘉靖皇帝不是继承永乐到正德一脉相承的帝系，而是要开始新的帝系，即从成化皇帝往后是自己的亲生父亲，再到自己，撇开了弘治帝和正德帝。这就是所谓的“大礼议”。
嘉靖帝为了达到目的，首先拉拢首辅杨廷和，先后用加爵位、增俸禄、赏珠宝、赐喝茶等方式，做杨廷和的工作。但是杨廷和不肯顺从，先后四次谢绝了皇帝的封赏，还写了将近三十份奏疏，阐明自己的意见。于是，嘉靖皇帝让杨廷和辞职回家。
嘉靖三年（1524年），杨慎、丰熙等大臣二百余人，为“大礼议”跪在皇宫左顺门外力谏，高呼：“高皇帝！孝宗皇帝！”嘉靖皇帝派太监让他们退下，从早到午，他们硬是不退。皇帝下令抓八人震慑一下。其他大臣非但不退，反而大哭，声震阙庭（声音大得震动了宫殿）。嘉靖帝大怒，命太监把这些官员的名字全部记下来，一百九十三人被下诏狱（诏狱是皇帝直接管控的监狱，关的一般都是高官），四品以上官员被剥夺俸禄，五品以下官员一百八十余人被廷杖，致杖死十七人。
最终，嘉靖帝尊弘治皇帝为皇伯考，张太后为皇伯母，他的亲生父亲为皇考、亲生母亲为圣母，并昭示天下。嘉靖皇帝以廷杖、关押、谪戍、免职、减俸、杀头等措施，压制反对意见，使自己的意志得以实现。
接下来是太庙之争。太庙是皇帝的宗庙，供奉皇帝的祖宗。嘉靖帝觉得他的父亲也应该有庙号，牌位也该供入太庙，但这显然不符合明朝朱氏祖宗家法。只有生前是皇帝的人，牌位才能入太庙，而兴献王虽然被儿子嘉靖帝追尊为皇考，但毕竟没有真的当过皇帝，所以根本不够资格。大臣和嘉靖帝相持不下，只好采取折衷办法，在太庙旁边建一座献皇帝庙。嘉靖十七年（1538 年）九月，嘉靖帝还是尊他的父亲为献皇帝睿宗，不仅将其牌位入了太庙，而且位子在正德皇帝之上。
南京太庙就更热闹了。嘉靖十三年（1534年），南京太庙被大火烧毁，借这个机会，嘉靖帝下令改变太庙的规制。太庙原来是同庙异室制，就是把先皇帝的牌位都供在太庙大殿里，但是给每位皇帝的牌位隔出单独的隔间。嘉靖帝要改成多庙制，就是给每一位先皇帝都建一座庙，共九座庙，同时在九座庙旁边给自己的父亲建世庙，这样十座庙排在一起，就看不出哪个是太庙，哪个是世庙了。结果，嘉靖二十年（1541年），这些庙全部被烧毁。嘉靖帝认为是上天惩戒，很害怕，于是恢复了原来的太庙，但还是趁机把兴献王的牌位也奉入太庙。
至此，长达二十年的“大礼议”之争才告结束。
所谓“大礼议”，争论的基本内容是封建礼制。礼乐制兴度和祭祀典礼，在封建时代是国家第一等大政。“国之大事，在祀与戎。”（国家最重要的大事有两件：一是祭祀，二是军事。）“大礼议”之争，争论的问题在今人看来似乎是小题大做，但在皇朝时代，这是关乎国家命运和皇室兴衰的大事，直接涉及皇权的强化和削弱。朱厚熜利用手中的皇权，以倔犟性格和执拗偏颇，压制了大多数朝臣的反对意见，取得了胜利。通过“大礼议”，嘉靖帝坐稳了皇位，掌握了皇权。