教科书最后通过文部科学省的检定后，文部科学省将各教科书出版社提交的书目编成教科书目录，通过都道府县的教育委员会下发到各个学校及市町村的教育委员会，供各地选用教科书时参考。战后初期，教科书由各校教师自主选择，1965年《教科书免费法》颁布实施以后，中小学的教科书选择改为“选择地区”方式，即都道府县教育委员会以市或郡为单位划分“选择地区”（到2004年3月全国共有教科书选用地区561个），各个区域统一使用选择的教科书。各“选择地区”的选择方法不尽相同，原来有些地区采取“学校投票方式”，即各个学校的教师们投票选择自己希望使用的教科书，获票最多者便成为该选择区域的统一教科书。该方式最能反映教师的意见，以前东京等大城市大多采用该方式。但是这种民主的选择方式受到“编纂会”等保守势力的攻击，仅1999年9月至2000年4月的几个月间，东京都的中野区、足立区等10个区的区议会便均采纳了要求废除学校投票方式的意见书，熊本县、长崎县、群马县、静冈县等县议会也采纳了“编纂会”该各县支部要求废除“学校投票方式”的意见书。目前，文科省明确规定：公立学校的教科书选择权在于设立该学校的市町村或都道府县的教育委员会，国立和私立学校的教科书选择权在各学校的校长；而且，各都道府县教育委员会拥有“适当指导、建议及援助”各地选用教科书的权限。这样，中小学教科书的选用大都不能反映广大一线教师的意愿，只能反映各教育委员会的意见，而教育委员会的委员是由文部省任命的。因此，文部科学省实际上也可以通过教育委员会来间接控制中小学教科书的选择。