二战结束后，在反法西斯盟国铲除日本军国主义的方针下，日本文部省于1945年9月20日下令删除“强调国防军备的教材、战意昂扬的教材、妨碍国际亲善的教材、伴随着战争结束而明显脱离现实情况的教材等”[81]。各学校根据该指令将战前教科书中的上述有关内容用墨汁涂黑，即“涂改的教科书”。但是，日本战前的教科书中，尤其是修身、历史、地理教科书中充斥着军国主义、皇国主义的内容和思想，单靠涂改根本无法解决问题。于是，1945年12月，盟国占领军总司令部（GHQ）下令停止了修身、日本历史、地理三门课程，并要求立即收回上述三门课程的教科书和教师使用的参考书。直到1946年10月12日GHQ才允许重新教授日本历史，但条件是只能使用GHQ承认的教科书。

GHQ下令停止日本历史课，是基于对战前日本历史教育的深刻认识。1945年12月31日《关于停止开设修身、日本历史、地理课之件》开头即指出：“日本政府将军国主义与极端国家主义的观念编入某种教科书，为了将要课之于学生的观念植入学生头脑而利用了教育，鉴于此下发该指令”[82]。1946年3月的美国对日教育使节团报告书中，更明确地揭示了战前日本历史教育的问题之所在：“历史和地理通常是为使学生认识自己所处的时空位置而开设的课程。即历史和地理是要发展学生对历史的展望、对周边自然环境的认知、进而对其身处环境与其他世界之关系的认识，给他们以客观的基础。日本在讲授这两个科目上，强调与此不同的观点，即有意识地把有记载的历史和神话混同起来，把地理看作是防卫性的、甚至是宗教性的自我中心。在日本典型的教学科目中，历史课与地理课作为客观学科受到很大的轻视，但在政治的、军国主义的说教中却发挥了重要作用。教科书的相继修订是随着国家政策的演变进行的。从最近一次于1939年修订的教科书看，其内容带有严重的危害性。”[83]该报告书同时建议重新编写教科书，并且要用完全不同于以往的历史观来编写，应把客观历史与神话区分开，与外国神话同样，把日本神话作为文学予以保存。

日本教育一线的教师对上述认识抱有同感。1946年5月，文部省公布的一份对各地师范学校附属小学的调查表显示，所有答卷均认为国史教科书是有必要的，但同时也认为需要进行如下修改：必须抛弃日本中心主义的、自以为是主义的观点，建立基于正确史实的国史；改变皇国历史使命的思维，营造制定新国史的氛围；要将神话与历史分离，将神话作为美丽的传承写成儿童读物；神武以前的记述一时难以确认为史实因此不需要，等等。[84]

日本政府的公开文件中也阐述了战前历史教科书中存在的问题。1946年10月公布的新历史教科书的编纂方针中规定：“省略神话传说，更科学地记述。例如不再记述高天原、天孙降临等，而是通过贝塚、古坟等证据实证性地记述‘上古生活’，这种客观的、科学的态度贯彻始终”，“不仅站在狭隘的日本立场，而且站在更广阔的世界立场”。[85]同年11月9日的文部省通知《国史教学的指导要点》中也明确指示：神话、传说没有必要与历史事实混同，不写入教科书；对日本民族的由来不作神秘的解释，其产生及发展经过尚未成定论，因此不要妄断；对日本国家的起源要进行学术的、客观史实地叙述。[86]

战后初期美国为首的占领当局、日本政府、日本教育一线教师对战前历史教育的认识和处理具有重要的历史意义。正是基于上述认识，战后日本将战前的教科书国定制改为由个人或团体自由编写、后经文部省检定的检定教科书制度，并删除了有关军国主义、皇国主义以及神话传说的内容；而且，新教科书中也有关于南京大屠杀的记载，例如，文部省1947年出版的师范学校用《日本历史》便记述道：“中国的抗战以日本军在南京的残虐行为为契机而激化”；和歌森太郎等编的《高校日本史》（实业之日本社）中记述：“‘南京暴行事件’等日本军队的掠夺与暴行，留下了世界性的恶名”。但是，战后初期的民主化教育改革是在美国主导、民间教育人士支持下实施的，日本政府的态度始终是被动的、保守的。因此，当占领结束以后，日本政府在历史教科书问题上又趋于保守，导致了后来三次教科书事件的发生。