在日本的中央政府机构中，外务省负责对外教育援助政策的规划与制定，发挥着核心作用。外务省内设有“国际协力企划立案本部”，下辖“综合外交政策局”“地域担当局”“国际协力局”。其中，2006年8月设立的“国际协力局”首先与地域担当局协商对外援助的方针、对各地区的援助项目、重点援助项目等，然后负责综合制定对外援助政策，发挥着协调政府所有相关部门的作用。

对外政府开发援助政策的实施机构是国际协力机构（JICA）。该机构下设25个部，其中的“人力开发部”专门负责对外教育援助事务，其下设的“基础教育组”负责基础教育等（包括非正式教育）的对外援助，“高等教育·社会保障组”负责高等教育、技术教育、职业训练等方面的援助。2015年的《国际协力大纲》中要求“加强制定政策的政府与负责实施的独立行政法人国际协力机构（JICA）之间的紧密合作，明确各自的作用及责任分担，进一步改善各自的能力、体制、制度。……也要注意JICA与企业、NGO、地方政府、大学及研究机构、国民等的联络，发挥其国内据点机构的作用。”[88]也就是说，在日本对外教育援助的实施过程中，国际协力机构（JICA）发挥着联系政府与民间各方面的枢纽作用。

日本文部科学省也是参与对外教育援助活动的重要中央政府部门，其组织机构、相关业务及活动也大多与对外教育援助有关。例如，其下设的“大臣官房”内设有“国际课”，初等、中等教育局内设有“国际教育课”，高等教育局内设有“学生·留学生课”，科学技术·学术政策局内设有“研究开发基础课”，研究开发局内设有“开发企划课”，另外还单独设有“国际统括官”。也就是说，在文部科学省下设的8大部门中，仅有2个部门（终身学习局、研究振兴局）未设立与“国际”“开发”有关的科室。[89]在文部科学省下辖的各项事务中，专门列有“国际教育——国际教育协力”，主要包括招聘现职教师参加青年海外协力队、召开“国际协力推进会议”、举办“国际教育协力恳谈会”、举办“国际教育协力日本论坛”等。在文部科学省2001年以后至今出版的《文部科学白皮书》中，均列有专门章节介绍对外教育援助的相关政策及措施。

另外，从日本政府各中央省厅的政府开发援助（ODA）经费份额来看，文部科学省2016年度的开发援助预算（144.63亿日元）居第3位，支出领域主要是以“技术协力”形式的对外教育援助（143.79亿日元），内容包括：

（1）推进留学生交流（140.44亿日元）。

为促进培养活跃于全球化社会的人才、提高日本高等教育机构的国际竞争力，实现“留学生30万人计划（2008年—）”，而推进日本学生赴外留学（2014年在海外的日本人留学生8.1万人）及接收外国留学生（2015年5月在日本高等教育机构及日语培训机构的外国人留学生20.8万人），并完善培养全球化人才所必要的环境。例如，公费接收发展中国家的外国人留学生赴日就读高等教育机构，向自费赴日留学的外国留学生支付奖学金等。

（2）其他（335百万日元）。

在针对外国人的日语教育、教育、文化、体育等各个领域，接收发展中国家的研究人员，并向发展中国家派遣专家。此外，还参加联合国教科文组织主办的政府间事业，援助东南亚教育部长组织（SEAMEO）的活动等。[90]