地方教育行政的改革主要表现在两个方面：一是加强了国家对地方教育行政的控制。2006年《教育基本法》新规定：“地方政府为了振兴当地教育，必须综合制定实施教育政策”，“中央政府及地方政府必须采取必要的财政措施，确保顺利持续地实施教育”。这是以法律形式规定了地方政府实施教育行政的义务，表明国家对地方行政控制程度的加强。二是加强了外部对地方教育行政的参与。该时期，日本政府提倡“建设值得信赖的学校”，实施“学校评议员制度”。“家长”或“当地居民”被委任为“学校评议员”，在教育委员会上根据校长的要求陈述有关学校运营的意见；2004年度开始实施“学校运营协议会制度”，协议会委员由教育委员会从家长及当地居民中任命，“家长与当地居民拥有一定权限与责任参与学校运营”，具体包括批准校长制定的学校运营基本方针、参与学校教职员的人事任用等；另外，日本政府还鼓励学校积极实施“外部评价”，2005年度有51.5%的公立学校实行了由评价委员会（由学校评议员、家长教师联合会的家长代表、当地居民、“有识之士”等外部评价者组成）进行的外部评价，文部科学省从2006年度开始进一步在全国公立中小学推进第三者评价。[301]上述学校运营方式的新变化，可以使学校更好地适应社会要求，但同时也为外部力量干涉教育领域提供了制度保障。

该时期，日本的教育行政在配合国家总体战略发展方面更加“有效”，但与此同时，其民主性与独立性也进一步被削弱。