该时期，中央教育行政机构改革的重要举措，是新设立了“文部科学省”。早在1985年，“自由化”论者曾建议“将文部省改组为文化·体育省，并与科学技术厅合并”[296]，临教审1987年最终咨询报告中建议“在文教行政中，学术政策、国际交流协作活动以及文化行政等与政府其他行政部门有着密切联系，文部省应当看到这些部门行政的变化情况，加强同有关部门的联系和协作，积极参与解决这些行政问题。”[297]也就是说，日本政府当时决定渐进地推行文部省与其他行政部门的联系与合作。在此基础上，2001年1月，文部省与科学技术厅合并改编为文部科学省，旨在综合推行教育、科学技术与学术、文化体育等各种政策。文部科学省的成立是中央教育行政的机构性改革，它为经济行政、科技行政参与教育行政提供了制度保障。文部科学省成立后，进一步加强了教育计划制定功能，如2001年1月制定“21世纪教育新生计划”，2001年修改制定了与教育改革相关的六项法律，2002年8月发表“人的能力战略构想”，2004年4月组织“未来教育恳谈会”等。日本政府还改革了文部科学省下设的“中央教育审议会”，加强了其对教育问题的调查审议功能，该审议会主要是根据内阁既定的教育改革方针“进行具体的制度设计”[298]，制定具体的教育政策措施。

政界也积极参与探讨教育政策。例如，在修改《教育基本法》的过程中，自民党内2002年1月设立了直属自民党政调会会长的“教育基本法探讨特命委员会”（委员长为政调会会长麻生太郎，委员有前首相森喜朗、前文部大臣町村信孝等），开始制定全面修改《教育基本法》的方案；“执政党教育基本法修改协议会”“执政党教育基本法修改研讨会”从2003年5月到2004年6月，先后召开了6次“协议会”、26次“研讨会”，研究修改《教育基本法》的具体内容，并于2004年6月发表中间报告《应写入教育基本法的项目与内容》。[299]

经济界继续提出教育改革建议，并实际参与了教育政策的推行。在中央政府内，厚生劳动省、经济产业省等也与文部科学省一道，加强各级各类教育领域的职业教育；经济界尤其关注高等教育的发展，国立大学法人化的改革，便是日本内阁的“经济战略会议”“科学技术会议”直接提出并促进实施的。民间经济界也关注教育发展，在修改《教育基本法》的过程中，经济同友会“教育基本法思考会”2002年12月发表了《关于修改教育基本法的意见书》，提出了经济界的教育基本要求。经济界的综合调查审议机构——日本经济调查协议会2002年12月发表《思考21世纪的教育——面向提高全社会的教育力》，2004年2月发表《思考未来的大学——在21世纪的知识社会与全球化中》，提出了经济界的教育改革要求。

将上述中央政府各部门的教育要求统合为国家教育决策的，是直属内阁的教育审议机构。这一时期，日本政府先后设立了两个直属内阁的教育审议机构：一是“教育改革国民会议”，成立于2000年3月，同年12月提出报告《教育改革国民会议报告——改变教育的17项提案》，提出了21世纪初改革日本教育的基本原则及具体改革措施。日本政府此后实施的修改《教育基本法》等各项改革措施，均是根据该会议的建议。二是“教育再生会议”（由首相、内阁官房长官、文科大臣、野伊良治座长等16人组成，由首相召集），设立于2006年10月，分别于2007年1月、6月、12月提出了三次中间报告，2008年1月提出了最终报告。上述报告便是日本政府实施教育改革的指导方针，例如，政府根据其第一次报告（《全社会的教育再生——公共教育再生的第一步》）修改了“教育三法”（《学校教育法》《地方教育行政组织及运营法》《教育职员资格证法及教育公务员特例法》），其第二次报告的内容被内阁制定的《经济财政改革基本方针2007》所采纳，并反映在2008年度的预算编制、中央教育审议会2008年有关制定新学习指导要领的报告中。[300]进而，2008年7月，日本内阁制定了《教育振兴基本计划》，规定在今后5年的教育发展中，“相关府省要密切合作”。

除具体的教育行政运行机制外，更重要的是，日本政府在该时期改革了教育行政的根本原则。规定战后教育行政根本原则的是1947年《教育基本法》中的“教育行政”条款：“教育不服从不正当支配，应对全体国民直接负责”，前者规定了教育行政的“独立性”，后者规定了教育行政的“民主性”，是战后民主教育制度的精髓之一。2006年修改的《教育基本法》中，在保留“教育不服从不正当支配”表述的同时，删除了“应对全体国民直接负责”的表述，并新规定“中央政府……必须综合制定实施教育政策；地方政府……必须综合制定教育政策”。在修改的上述内容中，前者是对“民主性”的否定，后者则是对“独立性”的否定；至于仍然保留的“不服从不正当支配”的表述，一则标志着教育行政并非极端的“不民主”与“非独立”，二则使政府可以通过规定“不正当”的标准及内涵而使其形同虚设。可见，2006年《教育基本法》中的有关规定，标志着日本现代教育行政原则的“重构”。