日本朝野修改《教育基本法》的动议由来已久。日本执政党早在1956年便试图设立“临时教育制度审议会”，以修改《教育基本法》，由于朝野民主力量的强烈反对而未果。80年代的“自由化”论者也公开提出要修改《教育基本法》，“临时教育审议会”确立的方针是在遵守《教育基本法》的前提下对其做出解释。90年代后期，当政者再次提出要修改《教育基本法》：前首相中曾根康弘1996年11月在经团联成立50周年大会上演讲时称：“有必要从根本上重新认识《教育基本法》”，自民党教育改革推进会议1997年10月提出的“教育改革推进会议建议”中也要求修改《教育基本法》，自民党教育改革实施本部下设的“教育基本法等研究小组”1999年8月决定开始研究修改《教育基本法》；直属首相的“教育改革国民会议”2000年12月提出的最终报告《教育改革国民会议报告——改变教育的17项提案》中最后一条为“制定符合新时代的教育基本法”；2001年11月，文部科学大臣远山敦子向中央教育审议会咨询“符合新时代的教育基本法与教育振兴基本计划”，中央教育审议会2003年3月提出了修改《教育基本法》的具体方案——《符合新时代的教育基本法与教育振兴基本计划》。最终，2006年12月15日，第165次临时国会批准修改1947年《教育基本法》（以下称“原法”），同月22日公布实施新《教育基本法》（以下称“新法”）。

2006年《教育基本法》将原法的11条改为四章、18条：“第一章教育目的及理念”（第1—4条：教育目的、教育目标、终身学习、教育机会均等）；“第二章教育的基本内容”（第5—15条：义务教育、学校教育、大学、私立学校、教师、家庭教育、幼儿教育、社会教育、学校·家庭·当地居民互相合作、政治教育、宗教教育）；“第三章教育行政”（第16—17条：教育行政、教育振兴基本计划）；“第四章法令的制定”（第18条：制定实施诸条款所必要的法令）。

新法的修改主要体现了三项原则：①培养生于新时代的日本人（科技发展、全球化、环境及资源问题、男女共同参与、终身学习等）；②尊重、发展应传给下一代的传统与文化等（自然、传统、文化、家庭、乡土、国家、宗教教育等）；③要求制定教育振兴基本计划。[288]也就是说，新《教育基本法》既加入了符合时代发展的新教育理念，又增加了“传统”“爱国”等内容，同时还增加了对教育行政的规定。

具体而言，新法对原法的修改分三类：①新设条款，包括“终身学习理念”（第3条）、“大学”（第7条）、“私立学校”（第8条）、“家庭教育”（第10条）、“幼儿教育”（第11条）、“学校、家庭及当地居民等的相互合作”（第13条）、“教育振兴基本计划”（第17条）；②在原有条款中新增部分内容，如“前言”与“教育目标”中增加“公共精神”“重视职业”“尊重传统与文化”等，“教育机会均等：对有障碍者的教育支援”（第4条2），“义务教育：发挥个人能力、培养自立于社会的基础、培养作为国家及社会建设者的基本素质，中央与地方政府分工合作确保义务教育机会及水平”（第5条2、3），“学校教育：学校为实现目标而有组织地实施系统的教育，受教育者必须重视学校生活中必要的纪律，同时重视自主提高学习意愿”（第6条2），“教师”（从原第6条2独立为新第9条），“宗教教育：教育上必须尊重有关宗教的一般教养）”（第15条），“教育行政：中央与地方政府分工合作实施教育行政，中央政府综合制定并实施教育政策，地方政府根据当地情况制定实施教育政策，中央与地方政府采取必要的财政措施保证教育顺利持续地实施”（第16条2、3、4）；③删除原有条款，如删除了原法中的“男女共学”（第5条），而在新法“教育目标：第3条”中表述为“男女平等”。

文部科学省称“《教育基本法》规定了教育目的与方针，是我国教育之根本法律”[289]，那么，《教育基本法》的修改便意味着改变了日本战后初期确立的教育目的、教育方针等“教育之根本”。其中有关学校制度、教育行政等内容详见后述，本节仅阐述对“教育目的”的修改。