这一时期的高等教育改革经历了三个阶段：一是临教审之前，大学设置审议会于1984年6月提出报告《1986年度以后高等教育的计划性扩充》（即“新高等教育计划”，计划期限是1986年至2000年，前半期到1992年度），建议提高高等教育质量，其包括三方面：完善开放的高等教育机构、推进高等教育机构的国际化、完善有特色的高等教育机构。[258]

二是临时教育审议会1987年提出咨询报告后，1987年9月，文部省设立大学审议会，同年10月接受文部大臣的咨询“大学教育研究高度化、个性化及灵活化等的具体方策”，大学审议会1991年5月提出《关于改善大学教育》《1993年度以后高等教育的计划性扩充》《关于完善充实研究生院》等5项报告，这些报告成为此后十年高等教育改革的指导性文件。改革主要在三个方面展开：“高度化”，即提高教育研究的质量，包括改革与充实研究生院，改革学位制度；“个性化”，即各大学的特色教育、高等教育机构的多样发展，包括改革大学设置基准、一般教育与外语教育的方式、短期大学及高等专门学校的多样化发展、各种高等教育机构的相互合作等；“灵活化”，即“有活力的教育研究与组织运营”，包括导入教师的选择任期制、听取校外人士意见的大学运营机制、大学评价问题、导入民间资金；其他方面还包括促进大学与社会间的合作、充实高等教育作为终身学习场所的功能、促进大学的国际化（大学教师的国际交流等）、高等教育的计划性扩充等。[259]

三是大学审议会1998年10月提出报告《21世纪的大学像与今后的改革方策》之后，该报告对过去10年间的大学改革进行了总结，同时提出今后大学改革的具体措施，其中包括：教育内容方面注重培养课题探求能力，教育方法方面实施负责的课程运营与严格的成绩评价，应对多样化学习需求的制度灵活化与弹性化；有关研究生教育改革主要包括，为了研究生课程适应社会需求而设置实践性教育，培养从事特定职业所必要的高级专业知识与能力，支持建立优秀的教育研究据点的研究生院，为在职的社会人再学习提供便利条件。[260]

在上述改革方案指导下，该时期的高等教育实现了如下变革与发展。

（1）高等教育规模的扩大。

从学校数量来看，专修学校2000年（3551所）比1984年（2936所）增加615所；高等专门学校数量未变，1984年至2000年始终是62所；短期大学至1996年增至最多（598所）后开始减少，但总体上2000年（572所）比1984年（536所）增加36所；大学2000年（649所）比1984年（460所）增加189所；[261]设置研究生院的大学1999年（463所）比1984年（279所）增加了184所；[262] 1999年日本全部大学（623所）中的约70%（463所）设置了研究生院。[263]从在校生人数来看，专修学校2000年（750824人）比1984年（536545人）增加了214279人；高等专门学校2000年（56714人）比1984年（47527人）增加了9187人；短期大学2000年（327680人）比1984年（381873人）减少了54193人；大学2000年（2740023人）比1984年（1843153人）增加了896870人；[264]在校研究生人数1999年（191125人）比1984年（65692人）增加了125433人。[265]此外，大学本科、短期大学本科的入学率由1984年的36.7%提高到2000年的49%[266]，研究生对本科生的比例也由1997年的7.1%提高到2000年的8.3%。[267]从高等教育的总体规模来看，2000年高等教育机构[268]（高等专门学校、短期大学、大学）数量（1283所）是1984年（1058所）的1.2倍； 2000年高等教育机构在校生人数（3124417人）是1984年（2272553人）

的1.4倍。[269]可见，从总体上而言，该时期的高等教育规模继续扩大。

（2）高等教育的内容变化。

①新兴学科与专业的设置。随着重化学工业时代向信息时代、生物时代、国际化时代的转变，日本的高等教育也新设置了相关专业。例如， 1988年前后国立的大学、短期大学、高等专门学校新设置了电子学、外太空生物学、信息工程学等尖端科技领域的本科专业及研究生课程；1991年在5所大学新设置智能信息体系学科、宇宙·地球科学、金融学等5个系；1991年前后新设立的大学在学科设置上多侧重信息科学、信息处理、经营信息等有关信息化教育的学科，以及国际关系、国际文化、国际教养、外语、日本文化、生活文化等学科。[270]此外还将原有的工学、农学等学科大幅度改组为新领域，1991年在24所大学中的工学、农学、经济学的101个学科外，新设置俄罗斯·东欧语学科、国际经营学科、地球行星物理学科等。研究生教育中则进一步加强了学术研究。1990年、1991年先后设置了新型研究生院大学——“北陆尖端科学技术研究生院大学”“奈良尖端科学技术研究生院大学”，该类大学只设研究生院，主要研究信息科学、太空生物科学、材料科学等尖端科技领域，并且培养相关人才；同时在原有的研究生院设置了各种尖端的、跨学科的研究科，如1991年在13所大学新设了国际开发研究科、人间·环境学研究科、联合农学研究科、人文科学研究科、教育学研究科、法学研究科、经济学研究科、工学系研究科等14个研究科，此外在17个大学新设立语言文化、日本企业经营、生物圈保护科学、遗传因子资源工学等24个专业。[271] 1999年度在6所大学新设置了国际学研究科、国际社会科学研究科、生命科学研究科等6个研究科，在23所大学新设置了国际环境农学专业、基础信息学专业、经营及金融专业等42个专业。[272]高等教育中新学科及专业的设置，标志着日本教育的升级，既反映着产业升级对教育的要求，也表明教育在不断适应新产业的发展。

②职业教育内容的加强。在大学本科方面，文部省1991年6月修改《大学设置基准》《短期大学设置基准》，取消了对大学毕业所须最低学分的专业规定（一般课程36学分、专业课程76学分、外语8学分、保健体育4学分），新规定只要全部课程修满124学分即可毕业。[273]根据该规定，各大学（1996年底90%以上）纷纷实施课程改革，更加重视有关职业、特别是新兴产业的相关教育。在研究生教育方面，大学审议会1988年的报告《关于研究生制度的弹性化》建议研究生院教育“弹性化”的内容之一便是“修改博士课程目的，不仅培养研究者，还培养活跃于社会各领域的高级人才”。1989年9月修改《研究生院设置基准》《学位规则》，允许授予从事高级专门业务而掌握必要高级能力者以博士学位，1999年开始建立职业研究生制度（日本称“专门职大学院”），规定研究生无需撰写论文，只要修满学分即可毕业，在教学中注重专业性与实践性，旨在培养高级专业人才，从而使职业教育的升级制度化。文部省从1999年度新设“培养实践性高级专门职业人才支援经费”，重点支持、发展研究生院培养实践性高级专门职业人才的课程等。除此之外，文部省还特别重视高等教育在校生的“就业实习”，以“培养高度的职业意识”，1996年“就业实习”实施率大学为17.7%、短大6.4%、高专50%，2000年实施率分别提高到大学33.5%、短大21.1%、高专83.9%。[274]

③学生评价标准的“弹性化”。在入学资格与修学年限方面，改变了原来严格限制大学本科及研究生入学及毕业年龄的做法，1989年开始允许优秀的三年级本科生升入研究生院，并允许硕士最短1年毕业，从1997年开始允许数学、物理方面的优秀学生17岁（原严格规定18岁）即可报考大学，1999年开始允许不满4年的本科生毕业（从2000年4月实施）。在对学生学业水平的评价方面，1991年修改《学位规则》，改革了学位制度，取消了原来对博士学位的专业规定，在制度上允许向跨学科的新研究领域授予“博士（学术）”学位（从1975年开始实际授予该类学位），同时新规定了“学士”学位，并于同年开始向短期大学、高等专门学校的毕业生授予“准学士”学位，1995年开始向文部大臣批准的专门学校毕业生授予“专业士”学位。

（3）高等教育的行政运营改革。

此时，日本政府再次探讨改革独立民主的大学（尤其是国立大学）的性质及运营方式问题。“自由化”论者主张“放宽大学设置基准等划一性的各项规则与认可条件，利用到1995年为止的10年时间，开始设计促进东京大学等现有国立公立大学转变为学校法人，使其分割民营化与私立化，使我国的高等教育制度从以官学为中心，转变为以私学为中心。”[275]临教审确立的方针是“暂不实行国立大学法人化”，但“其作为中长期目标，可以进行积极深入的调查研究”[276]，并提出过渡性措施：“积极推进预算、会计、人事的弹性化，导入多元化资金，加强管理与运营的自主性，改革国立大学的制度与运营等”。[277]基于上述建议，文部省修改的《研究生院设置基准》（1989年）、《大学设置基准》（1991年）中均对教师的任命、学校的运营等作出了新规定。1991年10月，大学审议会新设“组织运营部会”，专门研究改革大学的组织运营方式，该审议会1998年10月的咨询报告“21世纪的大学像与今后的措施”中包括“负责的决策与实行——组织运营体制的整备”“建立多元的评价机制——大学的个性化与教育研究的不断改善”。[278]在上述建议及政策下，日本大学的组织运营主要实现了如下几方面改革：

①大学运营中加强校长及校外人士权限，削弱教授会权利。国立大学在1988年时已在“人事事务的弹性化与简化”名下将教师的人事任命及有关海外出差的部分权限委托给大学校长。1999年5月修改的《国立学校设置法》具体规定了评议会、教授会的审议权限，规定教授会只具有审议教育研究事项的功能，从而进一步削弱了教授会在学校运营中的权限与地位；大学审议会同年9月的咨询报告《关于大学运营的顺利化》中建议，“精选”教授会的审议事项，同时加强校长的领导作用、改革校长选任方法及任期、加强校长辅佐体制、加强校长的人事及预算分配权、积极利用代表会与专门委员会、建立学校法人的理事会与教学组织之间的互动合作关系等。同年12月，通过修改《学校教育法施行规则》，允许各大学在教授会委任下设立“代议员会”，以代替教授会就大学发展的事宜进行审议与决议，同时设立副校长辅佐校长执行大学的组织与运营。同时也加强了校外人士在大学管理运营中的作用，1999年5月修改的《国立学校设置法》规定在各国立大学设立“运营咨询会议”（2000年开始在全国的国立大学设立），就大学运营的相关事项听取校外人士的意见。

②大学教师制度的改革。日本的国立大学在1988年以前便聘请民间学者任“客座教授”，1988年度又新设置“客座副教授”。继而，文部省1991年修改的《大学设置基准》中取消了原来按照学科计算必要专职教师人数的方式，规定根据招生规模计算出总人数，同时取消了兼职教师人数不超过全体教师总数1/2的限制。1997年8月颁布《关于大学教师任期等的法律》，规定各大学可以自行判断实施有任期的聘任制，并建议积极聘任民间企业等富有各种经验的社会人，积极利用公开招聘制等。

日本实行教师公开招聘制的大学，1991年有262所（国立85所、公立27所、私立150所），2000年有412所（国立96所、公立67所、私立249所），[279] 2000年412所大学共约招募教师4200人，其中从企业招募1900人（占45.2%）。[280]此外，1998年有20所、2000年有近100所[281]大学实行了任期制。

③自我评价及第三者评价机制的导入。1991年修改的《大学设置基准》中规定，大学有义务“努力对自己的教育研究活动进行自我检查与评价”。据文部省统计，到1997年10月，日本全国88%的大学实施了自我评价，65%的大学公布了自我评价结果，其中国立大学全部（当时共98所）实施了自我评价，97所公布了自我评价结果。与此同时，到1997年10月，日本全国共有99所大学实施了外部的第三者评价机制，其中有56所大学公布了评价结果。[282] 1999年9月修改的《大学设置基准》规定大学必须实施自我检查与评价并公布其结果，同时规定有义务“努力接受校外人士的检查评价”。

④校外资金的导入。该时期的民间资金通过各种途径大量流入大学，首先是大学与民间开展共同在研究。国立大学从1983年度开始与企业实施共同研究，企业的研究者在国立大学内与大学教师从事对等的研究，该类研究在1984年有184人、160件，到2000年达到2165人、4029件；[283]国立大学的教师还可以作为公务接受企业等的“委托研究”，该类研究在1984年度有1294件、28.1亿日元，2000年度达到6368件、508.7亿日元。[284]从1987年度开始在国立大学设立“共同研究中心”（1999年有53所大学设立），旨在促进国立大学与产业界的共同研究与合作，同时就企业技术者的技术研究、研究开发等进行技术协商。1998年修改《研究交流促进法》，规定企业在国立大学及国立试验研究机构用地内建设共同研究设施时可以减少土地的使用费，北海道大学、信州大学等大学的校内均建立了共同研究设施。其次，文部省1987年5月修改《国立学校设置法施行规则》及《国立大学共同利用机构组织运营规则》，允许国立大学利用民间资金开设捐赠课程·捐赠研究部门，从而使民间资金进入国立大学制度化。1988年有4所大学设置了8个、1999年有33所大学设立了75个捐赠课程·捐赠研究部门。[285]此外，日本政府于1987年6月放宽了设立“大学后援法人”（援助特定大学的财团法人）的条件，同时简化了向私立大学捐款时税制上的手续等，进一步为社会资金流向大学创造了条件。1991年前后新增设的私立大学及短期大学中，有不少采用地方政府与学校法人合作的公私合作方式，合作方式包括无偿提供或借贷建校用地、财政补助创建费、提供管理运营人才等。[286]

“教育自由化”论的积极倡导者曾公开指出：“所谓‘教育自由化’，即放宽国家对教育的划一性统制，放宽各种资格标准、规则等。”[287]“规制缓和”的内容亦同。由上述内容可见，该时期的教育理念、教育行政（中央教育行政方式、学校经营、教师政策等）、学校制度（学制改革、教育内容与教育计划）等几乎整个教育领域的政策，事实上都在被不同程度地“自由化”。