该时期，中央教育行政呈现出被纳入综合行政、功能增强的特点，地方教育行政中也出现了与“独立”“分权”原则相悖的倾向。

第一，日本内阁成为教育政策的决策者，教育行政被纳入综合行政的范畴。内阁的教育决策主要表现在两个方面：一是设立直属内阁的教育审议机构——临时教育审议会（1984年8月8日公布《临时教育审议会设置法》，1987年8月18日解散，简称“临教审”）。该审议会直属内阁，三年期间共向首相提出四次报告（1985.6、1986.4、1987.4、1987.8），确立了“个性原则”“向终身学习体系过渡”“适应变化（国际化、信息化）”三项教育改革基本原则，并就各个教育领域的改革提出了具体建议，从而确定了日本教育改革与发展的基本国策。日本政府此后的教育改革措施均以临教审的建议为指导性纲领，因此，该审议会在日本现代教育发展过程中具有重要的历史地位。二是内阁下设教育改革的推进机构。1985年6月（临时教育审议会提出第一次咨询报告后），内阁设立“推进教育改革内阁部长会议”，以便“整个政府都参与教育改革”。进而，1987年10月，内阁会议制定了《当前教育改革的具体政策——教育改革推进大纲》，确定了临时教育审议会建议中亟待落实的七项重要政策，并制定了具体方针。

第二，文部省的教育调查、政策立案功能增强。该时期，文部省的职能是“根据临时教育审议会咨询报告及教育改革推进大纲，努力具体落实各项教育改革措施。”[227]为此，文部省先于1985年6月设立文部事务次官为首的“教育改革推进本部”、1987年8月设立文部大臣为首的“文部省教育改革实施本部”，继而于1988年7月实施了大规模的机构改革，其主要内容之一便是将大臣官房的调查统计科改组为调查统计策划科，目的便是为了“加强有关文教政策的调查研究与分析、政策制定、信息提供等功能”。实施上述机构改革之后，文部省至1990年先后制定起草了12项教育改革法案（其中10项被批准实施）[228]。

第三，地方教育行政呈现出与其他行政的“综合一体”化趋势。如前所述，战后初期的民主化改革确立了分权、独立的教育行政基本原则，在这一基本原则之下，到80年代初期，地方教育行政仍有一定的独立性与自由度。例如，东京都中野区一直反对教育委员实行任命制，并先后于1985年、1989年举行了第2次、第3次教育委员准公选区民投票。地方教育的相对独立性，不利于日本政府推行其教育政策，于是，日本政府一方面要求“中央与地方各行政部门综合一体地实施教育改革”，要求地方教育委员会执行终身学习措施等政策；另一方面，文部省开始以部分教育委员会“没有充分发挥其制度的本来功能”、教育委员“名誉化”“高龄化”等为由，要求实现地方教育委员会的“灵活化”。临教审建议改革教育委员会的具体措施包括：①确保教育委员的适当人选，加强研修；②导入教育长任期制、市町村教育长专任制；③确立处理投诉的责任体制；④处理“不称职”教师；⑤小规模市町村事务处理体制的扩大化；⑥加强与地方政府各部门的合作。[229]就上述建议的实质内容而言，①、②旨在确保政府政策的拥护者担任教育委员，③、④为了排除反对政府政策的教育委员，⑤、⑥则加强了教育行政与一般行政的融合。这是对战后初期确立的“分权”“独立”教育行政原则的进一步背离。

1988年3月，日本政府向国会提交修改“地方教育行政法”的法案，旨在导入市町村教育长的专任制与任期制，1990年1月，该法案因在国会上审议未完而未获批准。1997年9月，文部大臣向中央教育审议会咨询“今后地方教育行政的方式”，中央教育审议会于1998年9月向文部大臣提出报告，就教育委员会问题，建议“取消教育长的任命承认制度，导入地方政府负责的议会承认制”，“改革市町村教育长从教育委员中选任的兼任制”等，[230]事实上仍然试图实现上述1988年修改“地方教育行政法”的目的。

可见，该时期日本政府要求的教育行政“灵活化”，实际上是对战后初期确立的“分权”“独立”原则的“灵活”与脱离。