经济高速增长时期，日本的教育政策过于注重经济发展的需要及教育量的发展，而忽视了教育自身的质的发展，因此引发了严重的教育问题。

首先是初等、中等教育阶段的“教育荒废”问题。如前所述，日本为了尽早发现并开发“人的能力”而实行全国“学力考试”，这一方面使学校的教学均围绕应付考试而展开，导致能力主义、考试主义之风盛行，影响了正常的教学秩序。更为严重的是，学力考试使学生时时处于被进行优劣划分的状态下，从而给学生造成了无形的精神压力。一方面是学校为应付考试而忽视了对学生的德育教育，另一方面学生由于被选拔而不断积聚着精神压力，久而久之，便形成了欺侮弱小、行为不良、不上学、高中退学等严重的“教育荒废”现象。60年代后期，学生的不良行为盛行，当时每1000人中平均有11人发生不良行为。[196] 1975年，拒绝上学的中学生有7704人，占当时日本全国中学生的0.16%，1977年被称为“不良行为爆发之年”。[197]日本学者称：“60年代的高速增长造成了教育目的的矮小化，高学历实际上仅仅靠消瘦的人格来支撑”，“战后日本的教育，学力水平世界第一，人际关系的荒废也成为世界第一”，从这一意义上说， 1960年代是“繁荣学校而灭亡教育”的时代。[198]

其次是大学学潮的爆发。日本政府为了培养大量的高级人才而不断扩大高等教育的规模，规模的扩大主要是增招大学生，1961年为626421人，1969年为1354827人，增加了1倍有余[199]，但对大学的师资、校舍、设备、图书等的增加却跟不上学生增长的幅度，教育的外部环境与条件相对恶化，从而导致教育质量的下降。此外，国家为了重点培养高科技人才，一方面加大了对国立及公立大学的财政投入，重点扶植国立大学的理工科教育；另一方面也允许私立大学扩大规模，但是在财政上的投入并不大，从而造成了国立、公立大学与私立大学差距悬殊的问题。[200]此类大学本身的问题，加之60年代后期日本国内的各种政治及社会问题，最终引发了大规模的大学学潮。据统计，爆发学潮的大学1960—1964年有5所，1965年20所，1966年60所，1967年90所，1968年115所。[201]大学学潮的爆发，既严重影响了大学教育的正常开展，同时也引起了社会秩序的混乱。