首先是恢复战前被开除的大学教师的教职。东京大学经济学部教授会1945年11月4日决定恢复大内兵卫、矢内原忠雄、山田盛太郎等人的职务，此后，九州大学、东北大学等大学也相继恢复了战前被开除教授的职位。

其次是允许成立各种民间教育团体。一是“全教组”（“全日本教员组合”，1945.12.1），该组织是日本民间最具代表性的教育团体， 1946年1月19日召开第1次全国协议会，1946年5月3日改称“全日本教育劳动组合”（“全教劳”）。二是“日教组”（“日本教职员组合”， 1947.6.8），该团体致力于争取教职员民主权利、推动教育的复兴与民主改革，于1948年3月8日发表最早的《教育白皮书》，1948年6月17日与其他44个民主团体成立“教育复兴会议”，1949年4月8日召开“获得教育预算人民大会”等。三是其他民主教育团体，如“日教”（“全日本教育者组合”，1945.12.2）、“民科”（“民主主义科学者协议会”，1946.1.12）、“民主主义教育研究会”（1946.4.19，同年创刊《光明的学校》）、“教全联”（“教员组合全国联盟”，1946.7.7）、“全教协”（“全日本教员组合协议会”，1946.12.22）、“全国高中教师工会协议会”（1950.4.11，9个县的高中教师退出日教组后成立）、“核心教育课程联盟”（1948.10.30，1953年改称“生活教育联盟”）、“日本缀方会”（1950.7.1，1951年9月改称“日本作文会”）。上述民间教育团体的成立及其活动，表明教育民主运动的复兴。

学生的民主权利也被恢复。1946年3月14日，文部省废除大学及高等专门学校中监控学生的学生主事制度。各种学生团体相继成立。例如京都大学、同志社大学等联合成立“京都学生联盟”（1945.11.20），东京大学、早稻田大学、庆应义塾大学等在东京成立“都内学生联络会议”（1945.12.5），“全日本学生自治会总联合”（“全学联”）1948年9月18日召开成立大会等。此外，学生经常举行集体罢课。1945年10月，水户高中、上野女子高中等频繁发生“盟休”（集体罢课），1948年6月23日，关东地区的24所大学及高中由于反对学费上涨而罢课，到6月26日，全国共有113所学校罢课[77]；1949年5月3日，“全学联”发表宣言，批判《国立学校设置法》《教育职员许可证法》是大学管理法的分割立法，该宣言引起130所学校罢课。

但是，占领当局赋予学校师生的民主权利是有一定限度的。当占领当局将对日占领政策由“削弱”改为“扶植”后，便以“反共”为名开始压制民主力量，教育领域的民主运动也遭到压制与打击。CIE教育课长奥尔1948年9月9日发表谈话，表示不希望政党支持者及日教组成员担任教育委员。文部省1949年6月11日下令根据《教育基本法》第8条“政治教育”[78]限制教师的政治活动。进而，占领当局开始派人到日本各大学进行反共演讲，宣传反共思想。1949年7月，CIE顾问伊鲁茨在新潟大学开学仪式上发表演讲时声称：人民固然拥有思想和信仰自由，但共产主义者加入共产党后便自动放弃了这一自由；因此，日本的大学为了维护自由，不仅有权拒绝共产党员教授任教，而且也有义务拒绝。[79]伊鲁茨先后在30多所大学作了类似演讲。日本政府在1949年至1950年间开除了许多信奉共产主义的所谓“赤色教员”，1950年全国有1700名高、中、小学教师被开除。[80]学生运动也受到限制，时任文部大臣田中耕一郎早在1946年9月6日便声明禁止学生的政治活动，1948年10月8日下达的文部次官通知《关于学生的政治运动》中，明令禁止学生的政治运动。