占领当局首先主导取消了天皇的“神性”与统治权，这是废除“皇国”教育理念的前提。
关于天皇的“神性”问题，天皇1946年1月1日颁布的诏书（即所谓“人间宣言”）中提道：“朕与尔等国民间之纽带，……并非仅靠神话与传说而生，并非基于天皇为现人神、日本国民优越于他民族、进而具有支配世界之命运这一虚构观念之上”[44]。文部省同月4日为贯彻该诏书而下达训令，“我国纯正之君民关系，并非建立于虚构之神话与偏狭之民族优越感之上”[45]，从而否定了天皇的“神性”。战前，日本政府向学生灌输天皇“神性”的主要途径之一是国家神道教育，因此，1947年《教育基本法》的“宗教教育”条款规定：“国家及地方政府设置的学校，不得为了特定宗教而实施宗教教育或其他宗教性活动。”（第9条第2款）此外，历史教育中的“神话”，是战前向学生灌输神国观念的又一主要途径，因此美国占领当局与日本一线教师都主张“应将神话与客观历史分离”[46]。文部省在《关于新国史教科书》（1946年10月）、《国史教学指导要点》（1946年11月）中也分别规定“省略神话传说”“神话传说没有必要与历史事实混同，不写入教科书。”[47]此外，日本政府于1946年3月下令关闭了神宫皇学馆大学，1947年6月通知学校停止遥拜皇宫、“天皇陛下万岁”等天皇崇拜言行。天皇“神性”的废除，符合历史发展的科学趋向，具有进步意义。
关于天皇统治权问题，1946年《日本国宪法》取消了1889年《大日本帝国宪法》中有关天皇政治、经济、军事等统治权的规定，仅规定“天皇是日本国的象征”（第1条）。同时，新宪法明文限制了天皇的政治权力：“天皇仅行使该宪法所规定之国事行为，不拥有国政之权能”（第4条）；天皇任命首相要根据国会指名，任命最高法院院长要根据内阁指名；天皇的国事行为要经过内阁的建议与承认；向皇室让渡财产或皇室接受财产均须经国会决议，等等（第6—8条）。上述规定从根本上改变了日本国家的“君主”性质。在社会领域，盟总1945年10月4日下令可以自由讨论天皇；1947年10月26日修改《刑法》，取消“不敬罪”。
废除“皇国”教育理念的标志是“排除”《教育敕语》。
日本被占领初期，日本教育专家、美国占领当局均不同程度地批判了《教育敕语》存在的问题。1946年2月，日本教育专家委员会向美国教育使节团提交的报告书中指出：“过去的《教育敕语》，旨在将国家与皇运视为最初的、也是最终的教育目的，而不承认个人与人类的价值，希望改正这一点”[48]；1946年《美国教育使节团报告书》指出：“在各种仪式、礼拜天皇像时使用敕语和敕谕，是过去统治学生思想感情的强有力手段，适应了好战的国家主义目的。”[49]美国太平洋陆军总司令部军事谍报局1946年7月18日的一份报告中写道：“必须注意《教育敕语》被利用为鼓舞军国主义之核心这一点。”[50]
上述《美国教育使节团报告书》中明确要求停止奉读《教育敕语》、礼拜天皇像等崇拜天皇的仪式，美国太平洋陆军总司令部军事谍报局的报告中提出：“必须废除‘欺骗及误导日本人民使其妄图征服世界’之主要策略的《教育敕语》。”[51]于是，文部省于1946年10月8日秘密通知全国各学校“抛弃《教育敕语》是我国教育之渊源的旧有观念”，今后在节日仪式上不再拜读敕语，学校保存敕语副本但不再将其神化等。[52] 1947年4月11日，远东委员会发布的《日本教育制度改革指令》中规定：“敕语、诏敕不得用于教学、研究及学校仪式的基础”，盟总同日就此发表声明，“《教育敕语》失去了作为教育之基础的性质，成为历史性文献。日本教育的目的与哲理，今后由新宪法及议会通过的法律来规定。”[53]继而，占领当局于1948年5月督促日本国会通过废除《教育敕语》的决议。日本政府迫于压力，不得不于1948年6月19日的众参两院先后批准《关于排除教育敕语等的决议》《关于确认教育敕语等失效的决议》，文部省25日下令收回全国所有学校保存的《教育敕语》副本。《教育敕语》的“排除”与“失效”，标志着“皇国”教育理念在法律意义上的终结。
战前日本推行“皇国”教育理念的主要途径是修身、历史、地理等课程。GHQ1945年12月31日下令《停止开设修身、日本历史、地理课》，并要求收回其教科书。1946年《美国教育使节团报告书》进一步指出三门课程的弊端：“日本各类学校中的修身课程，以培养顺民为目的。众所周知，日本通过忠诚心来确保秩序，这种努力得到社会上重要人物的支持，非常有效。其结果，这种手段最终与不正当的目的结合起来”；“在日本典型的课程中，作为客观课程的历史课与地理课，其地位受到非常严重的轻视；但在政治的、军国主义的教育中，却发挥了很大作用。”[54] 1946年5月17日，CIE主导编写《暂定国史教科书》（家永三郎等人承担），同年9月5日由文部省发行国民学校用国史教科书《国家的历程》（上、下）。在此前后，GHQ允许地理（6月29日）与历史课（10月12日，条件是只能使用GHQ承认的教科书）相继重开。关于修身课，则由新设立的“社会课”取而代之，其内容宗旨是遵循《教育基本法》的基本原则而强调“个人”与“个性”。文部省1947年8月25日刊行战后最早的社会课教科书《土地与人》，同年9月小学社会课开始授课。