明治初期天皇在教育领域中的地位，是伴随着天皇的政治地位开始的。1868年，日本开始推行明治维新。在明治政府所公布的国策纲领《五条誓文》中，明确宣布“求知识于世界，大振皇基”。这实际上是将原本属于教育范畴的“求知识”与天皇的政治统治紧密联系起来。因此，明治政府一开始便启用宣扬“惟神之道”的国学（亦称“皇学”）派，在教育政策中不仅强调天皇的地位，而且有将天皇神化的色彩。如1868年9月开设皇学所与汉学所的基本方针为：“一，辨国体、正名分；二，汉土西洋之学共为皇道之羽翼”。即意味着“皇道”为主而其他学问为辅。进而在皇学所内设立“皇祖天神大宫”，用来合祭天照大神等31个神位。当时具有近代意义的大学校，于1869年6月由昌平学校、开成所、医学所合并而成，其规则中也明确写道：“神典国典之要，在于尊皇道、辨国体，即谓皇国之目的、学者之先务”。该校于1869年8月举行全校祭奠活动时，不是按惯例祭拜孔子，而是祭拜皇祖大神等日本诸神。此外，明治新政府还以天皇的权威对民众进行教化。1870年正月，神祈省在全国开展“大教宣布运动”。在神祈官下达的《宣教使须知》中，更是要求“真正昭明皇祖之大道，尊信皇祖之大教……为紧要之第一义也”。

上述情况表明，近代伊始，日本教育便深受皇权因素的影响。但1869年前后，国学派与汉学派在相互论争中均势力衰退，明治政府遂启用洋学派制定教育政策，并于1872年颁布旨在建立近代教育制度的《学制》。在《学制》公布及实施期间，虽然在教育政策中不再强调天皇的地位，但天皇依然多次出席各类学校的开学典礼并颁发敕语，天皇的权威依然显现于具体的教育实践中。

1879年以后，教育政策中又开始凸现天皇的地位。1879年废除“学制”而颁布的具有自由主义色彩的《教育令》，便是由天皇敕谕批准的。与此同时，以元田永浮为首的儒学复古派与以伊藤博文为首的开明派围绕教育方针问题发生“德育论争”，复古派最终以天皇名义发布了《教学大旨》（1879年8月），宣布“自今而后，基祖宗之训典，专明仁义忠孝，道德之学以孔子为主，人人尚诚实之品行……”。开明派的伊藤博文虽然与复古派在具体的教育政策上存在分歧与矛盾，但并不反对天皇。伊藤针对《教学大旨》而起草的《教育议》（1879年9月）非但未否定《教学大旨》，反而在呈献《教育议》时对天皇万分恭敬。《教学大旨》公布后，天皇的权威开始向教育现场渗透。政府于1880年修改《教育令》，将修身课置于各学科之首，旨在加强“忠君爱国”的道德教育。1881年颁布的《教育令施行规则》中规定“教育之目的主要在于振作尊王爱国之志气”，同年6月的《小学教员须知》中规定“教员尤应着力于道德教育，使学生忠于皇室、热爱国家、孝敬父母……”。该“须知”的起草者江木千之称：“此乃一变偏重智育、醉心欧美之教育，重回皇道主义之一大划时代之举”。

可见，明治政府建立之后，天皇在教育领域中一直具有相当大的权威。而且，当两派政治势力的政策主张发生分歧时，论争的结果是更加强化了天皇的地位与权威。而明治初期奠定的天皇在教育领域中的权威与地位，成为后来确立“敕令主义”教育行政的前提。