《学制》第二部分“学校之事”（第20—39章）规定了小学、中学、大学这一单轨制学校系统，规定了实用性的教育内容与班级授课制的教育方法，对海外留学、职业教育等新兴教育领域也做出了具体规定，从而初步形成了近代学校教育体系。

单轨制的学校系统。《学制》规定“学校分为大学、中学、小学三等”（第20章）。小学“是使一般人务必接受初级教育的场所”（第21章），分为普通小学、女子小学、农村小学、贫民小学、小学私塾、幼儿小学（此外还应有残疾人小学）。其中最主要的是普通小学，分上、下二等，下等小学6—9岁，上等小学10—13岁。此外，女子小学除讲授普通小学的课程之外，还教授女子手工艺；农村小学专为偏远农村或教化未开之地的农民而设，教学内容较简略，有的是成年人利用业余时间学习的夜校；贫民小学为生活困难的穷人子弟而设，学校所需费用靠富人的捐款，又称仁惠学校；小学私塾指持有小学教学许可证者在其私宅授课；幼儿小学向6岁以下男女儿童讲授入学前的基础知识。中学“是向小学毕业者讲授普通学科的场所”（第29章），普通中学分为上、下二等，下等中学从14岁到16岁，上等中学从17岁到19岁，就学年限上下各3年，共6年，讲授高于小学水平的一般学问。此外，中学还包括工业学校、商业学校、翻译学校、农业学校、诸民学校（详见后述“职业教育”）。大学“是讲授高尚诸学的专业学校”（第38章），其课程包括理学、化学、法学、医学、数理学。上述系统性、单轨制的学校系统，有别于分散性、双轨制的幕末学校系统。

近代性的教育内容与方法。如果说“学制”所确立的学区制、各类学校等是日本近代教育体制的“硬件”“骨架”的话，那么“学制”以及其后颁布的中小学教则所规定的近代化的教学内容与方法则是“软件”“血肉”，也是近代教育体制不可或缺的组成部分。

就学校教育的内容而言，《学制》规定普通小学的授课内容为：下等小学设拼写法、习字、单词、会话、读本、修身、书牍、文法、算术、养生法、地学概况、理学概况、体育、唱歌，共14门课程。上等小学除以上课程外，另加史学概况、几何学（概况）、绘画概况、博物学概况、化学概况。另外规定，为了扩大教学内容，各学校还可以因地制宜地讲授记簿法、绘图学、政体概况和一、二门外语等。中学的授课内容为：下等中学设国语学、数学（算术）、习字、地理学、史学、外国语学、理学、画学、古语言学、几何学（或代数学）、记簿法、博物学、化学、修身学、测量学（或生理学、政体概况、国情概况）、奏乐，共16门。上等中学的课程有15门，包括国语学、数学、习字、外国语学、理学、画学、古语言学、几何学〔代数学〕、记簿法、化学、修身学、测量学、经济学、重力学概况、动物学（或植物学、地质学、矿山学、生理学概况、天文学概况）。大学的课程分为理学、化学、法学、医学、数理学。近代教育的一个重要特征是自然科学内容的增加。从上述大中小学的教学内容来看，自然科学方面的内容显然占相当大比重。因此，《学制》规定的各级各类学校的教育内容也体现着近代特征。

“学制”规定了近代的教学组织方式。首先是实行统一的年级制。文部省1872年9月的《小学教则》将上等、下等小学各自分成8级，每一级的授课时间为6个月，每周6天（星期天除外），每天5课时，一周共30课时。同月公布的《中学教则略》将上等下等中学分成6级，规定每级授课时间6个月，每周25课时至30课时。而且规定小学及中学各级的学生通过统一考试的方式晋升到上一级。其次是采用“班级授课制”。将各级的学生分班进行教学，授课时一般由教师先指示生字高声朗读，让学生按座次朗读后全体学生齐读；然后，教师针对教材的一节内容进行提问，学生先逐个回答并由教师点评正误，最后学生一齐回答问题。这种方法反复进行，以便使学生记住一定的教学内容。班级授课制有与之相关的教室管理规则，对上课、就座、敬礼、下课等环节都有相应的规定，要求学生们严格遵守。这种班级授课的方法源于西方的近代教育制度，由斯克特引进日本，当时成为东京师范学校唯一权威性的教学方法，同时向全国各地推广。进而在授课中采用“问答教学法”，即一问一答的直观教学方法，教师在讲授单词的读法或让学生背诵单词时，利用单词挂图，指示图中所画物品，就该物品的性质、使用方法、食用方法等进行提问，学生则做出回答。这种教学法主要针对小学低年级学生，在当时的西方也是相当先进的，斯克特将其引入日本，并以“问答”课的形式写入东京师范学校制定的《小学教则》。上述近代教学方法，有别于幕府末期采用的个别式、讲解式的教学方法。

“学制”还对海外留学、职业教育等新教育领域做出了详细规定。关于海外留学，《学制》第五部分“海外留学生规则之事”（第58—88章）规定：