1871年9月设立了文部省，1872年9月《学制》中对“学区”、教师政策、教科书政策做出了具体规定。中央文部省的统辖、地方教育行政单位的执掌，在宏观层面上掌控着国家的教育政策与教育发展；教师政策、教科书政策，则通过实施教育的人（教师）与物（教科书），在微观层面上贯彻着国家的教育方针与教育内容；两者共同构成了日本的教育行政体制，以便为国家教育目的的实现提供有力的保障。

中央集权教育行政体制的确立。明治维新以前，幕府直辖学校由幕府管辖，藩校与乡校由各藩统辖，寺子屋与私塾则基本上由民间人士开办，教育行政是地方分权的、分散的。明治政府成立以后，最初规定1869年所设的“大学校”具有教育行政官厅的功能，1871年9月2日（旧历7月18日），太政官布告宣布废除大学、创设文部省。文部省内设文部卿、大辅、少辅、大丞、少丞等各级官员，另设大·中·少博士、大·中·少教授等教官。文部卿[104]“总判教育事务、掌管大中小学校”[105]，1872年1月，明治政府下令各府县学校归文部省直辖。1872年9月，《学制》中进一步明确规定：“全国学政由文部省统辖”（第1条）。文部省的创设及其职能的确立，标志着独立的中央教育行政机构的建立。

文部省通过“学区制”掌控地方教育行政。《学制》第一部分“大中小学区之事”（第1—19章）规定将全国划分为8个大学区[106]，每个大学区分为32个中学区，每个中学区分为210个小学区，中学区以下的划分由地方官根据当地的土地面积、人口疏密，按郡区村市划分。每个大学区内设一所督学局，任命数名督学及附属官员。督学局的职能是监督大学区内的学校，处理大学区内大小事务；还负责检查并讨论修改教则等。大学区下设的每个中学区内设10—13名学区管理人，每人负责20—30个小学区。学区管理人的主要职责是督促区内学龄儿童入学、各小学区内学校的设立与维护、经费的使用等一切教育事务。学区管理人从当地有名望者中选出，由地方官任命，并将名单提交文部省督学局。

这样，便在全国形成了金字塔型的教育行政网，文部省位于金字塔的最顶端，下面是各大学区内的督学局，最下层是各中学区内的学区管理人。明治政府试图通过集权型的行政组织机构，将教育政策渗透到全国各个角落，以利于推行其教育政策、实现其教育目标。

近代教师政策的初步规定。《学制》第三部分“教员之事”（第40—47章）规定了各级教师任教资格的原则：小学教师不论男女，必须20岁以上，而且要持有师范学校毕业证书或中学证书者；中学教师必须25岁以上，且持有大学证书者；大学教师必须有学士称号。该教师资格的要求颇高，在当时情况下一时难以达到，因此《学制》中特别说明以上要求只是先作规定，待数年之后再予执行。《学制》中还规定了在当时情况下应采取的教师政策：欲开设私学、私塾及家塾者，须向学区管理人提交属籍、住处、职历及学校的位置、教则等详细情况，再经由地方官上交督学局批准；私学私塾教师违反规则或有不当行为时应遭谴责并停职；接受过师范教育的教师在法律上不允许兼职或转任他职；小学教师应男女无差别地人尽其才；教师教授学生有超越他人之功时，不论公私学校或私塾，由督学局与地方官商讨并报文部省予以嘉奖等。该阶段，政府对教师政策已经做了具体规定，也考虑到了当时师资缺乏的实际情况，相对于后来尚且较为宽松。

教科书政策的初步展开。《学制》中对各级学校的教科书未做详细规定，仅规定“学校必要之器械书籍，须用心加以完备。诸学校所在之书（籍）器（材），应按照第三号制表（登记），每年二月向督学局提交。”（第108章）此外，文部省1872年10月公布的《中学教则略》《小学教则》中指定了教科书（其中多为介绍西方文化的启蒙书籍和翻译书籍），各小学及中学可以自由地从中选择使用教科书。与此同时，文部省为了向学校提供各类教科书，也开始了教科书行政事务。例如，1871年10月下设编辑寮，着手翻译欧美的书籍、编纂教科书；1872年11月设立教科书“编成挂”（编纂主管）（1873年5月合并于编书课）；1875年6月允许翻刻文部省藏版的书籍及教科书，文部省及东京师范学校编辑出版的教科书迅速普及推广。该时期，明治政府采取了较为自由的教科书制度。