在幕府末期，日本教育具有封建性主体特征的同时，也孕育了如下几方面的“近代”因素。

第一，开始了中央统一教育行政的发端。幕府末期，幕府或各藩大多将文教改革作为整个幕政或藩政改革的一部分，也专门进行过一次学制改革，史称“文久学制改革”。此次改革的策划者是当时的幕府老中久世广周和安藤信正。1862（文久2）年11月，幕府新设学问所奉行，任命田中藩主本多正讷和高锅藩主秋月种殷之弟秋月种树为负责人，作为幕府文教行政的最高责任人，从而打破了世袭的林家大学头为幕府教育最高责任者的传统。1863（文久3）年，幕府计划在全国设数十所小学，为此首先任命了19名教育官员，其中包括学问所奉行、大学头及数十名幕府直辖学校的教师。[32]虽然此次改革于1864年中止而未付诸实施，但它显示了中央政府实行统一教育行政的开端。

第二，出现了超越世袭身份制的倾向。幕府末期，町人阶层的崛起以及武士阶级的日益贫困，使原有的四民等级制度开始有所松动。教育领域也出现了超越身份制的倾向，有的藩校开始允许一般庶民进入藩校就读，据统计，在幕末调查的234所藩校中，有120所允许平民入学。[33]

此外，教育领域也出现了抛开世袭身份等级制度、实施能力主义的教学评价方式。例如，绪方洪庵在大阪开设的兰学塾（始设于1838年），便每月给学生判定一个成绩，根据成绩排座次，连续三个月都坐在主席位置的便可晋升一级；学生在塾内的住宿起居也根据座席次序而定。上述招生对象的非阶层化、教学方式的非身份化，都突破了封建教育严格的阶级制度，体现出一种教育机会均等、能力本位的近代意义。

第三，科学性的教育内容有所增加。幕府末期，统治阶级的教育机构中西方科学课程的比重增大。幕府直辖学校之一的“开成所”[34]，聘请当时一流的洋学家西周、加藤弘之等人任教，最初讲读兰学书籍，1860年至1862年相继开设英学、法学、德学、化学、器械、绘画、数学等科目， 1864年增设荷兰学、俄罗斯学、天文学、地理学、数学、物产学等；其他幕府直辖学校如“医学所”[35]“陆军所”“海军传习所”“英语传习所”（1858年）、“语学所”（1863年）等也分别传授相应的西方实用科学知识。据统计，在21所幕府直辖学校中，有半数教授洋学[36]。藩校也新增了医学、算术、洋学、天文学等课程。幕末时期有70余所藩校设置了语言学、医学、兵学等西洋学科，有的藩专门设立军事藩校、洋学藩校、医学藩校等。[37]据统计，1868年日本全国有藩校240所，教学科目中设有“数学”者141所，有“洋学”者77所，有“医学”者68所，有“天文学”者5所。理科课程所占比重，1800年占15%左右，1853年增至35%。[38]幕末时期，更有为数不少的专门讲授洋学知识内容的私塾。可见，幕末时期的日本教育已经具有一定程度的近代实用性和科学性内容。

第四，出现班级授课制的雏形。幕末时期，昌平坂学问所由于放宽和降低了招生对象的入学年龄（由14、15岁降到8岁），学生人数增加，因此在组织形式和授课方式上有所改变，也采取了编班和共同授课的教学方式。藩校授课已不仅局限于学生听讲解，而是要评定学生的学业进步程度，并据此划分等级，并为各个等级制定了课程表。私塾也根据其学生人数的增加、水平的不同而开始出现编班授课的现象。例如，绪方洪庵在大阪的兰学塾在对学生进行能力评价后，便将学生根据其能力分成1—9等及等外10级，初学者编在等外班，由高一级的学生教授语法及文章的写作基础，然后参加“会读”兰学书籍。这种授课方式体现了近代教育的计划性、组织性。

幕末教育中的上述近代因素，孕育为日后近代教育体制的种子，“新教育制度的轮廓在传统中业已逐渐形成”[39]。