“撞船事件”还仅仅是中日关系恶化的开始。2012年9月，野田执政的日本政府悍然对钓鱼岛实施所谓“国有化”措施，这使得本已脆弱的中日关系再度骤然恶化，跌入所谓“建交以来历史谷底”。

此次事件对经济层面造成剧烈冲击，两国贸易已经连续两年下滑；日本对华投资2012年继续保持增长，但2013年出现同比下降4.3%，2014年1—3月份则大幅下降了47%；2012年9月份反日游行示威一度使在华日企受到冲击，汽车等日企商品大幅受挫，不过到2013年均已基本恢复。可见，中日关系的恶化对双方经济关系产生了影响。不过，经济互惠也可能对两国政治层面的进一步恶化发挥缓冲作用。

具体而言，“岛争”给中日经济带来影响可以概括为如下几点：

第一，双边贸易连续两年下滑，韩国取代日本成为中国最大进口国。根据中国海关总署统计显示，2012年度中日贸易额为3294.5亿美元，同比下降3.9%，中国对日出口虽出现了2.3%的增长，但进口则下降了8.6%；2013年度中日贸易额3125.5亿美元，同比继续下降，下降幅度增加到5.1%，虽然对日出口仅下降了0.9%，但对日进口下降继续扩大，降幅达8.7%。[8]

日方统计数据虽然与中方有所不同，但同样是连续两年下降。2012年日中贸易额同比下降3.3%，为3337亿美元，对华出口大幅下降了10.4%；2013年度下滑趋势显著，同比下降6.5%，收于3119.9亿美元，对华出口继续保持了10.2%的下降，对华进口也出现了3.7%的降幅。[9]尽管日本仍然维持着中国第二大贸易国的地位，但其长期作为中国最大进口国的地位却在2013年被韩国夺走，2013年中国从日本进口1622.8亿美元，从韩国进口1830.7亿美元。另外，中国从台湾地区的进口也在2013年大幅增加，进口额达1566.4亿美元，增幅高达18.5%。[10]很显然，日本作为“世界工厂”零部件供给中心的地位正在被韩国和台湾取代，此举可能会带来东亚生产网络的结构性变化。

第二，日本对华投资开始下降，转而向东盟投资显著增加。中国商务部数据显示，在对华投资方面，2012年日本为73.8亿美元，仍位居香港之后列第二位；但到2013年日本对华投资为70.4亿美元，下降了4.3%，被新加坡赶超；2014年第一季度日本对华投资仅为12.09亿美元，排名已经下滑至第五位。[11]

日本方面的统计数字显示，2012年日本对华投资继续保持7.1%的增长，投资额达107.59亿美元；但是，2013年上半年则出现15.5%的大幅下降，投资金额为48.31亿美元。与对华投资相反，日本对东盟投资2013年却出现大幅上升趋势，仅上半年投资已经超过1万亿日元，与2012年同比骤增321.7%。在整个日本对外直接投资占比中，最近几年其对华投资占比约为11%，但2013年上半年却降至8.9%，相反，对东盟占比则骤然上升至18.5%。[12]

不断成长、容量巨大的中国市场，显然是日本企业难以割舍的重要原因。但是，面对持续僵持的中日关系，日本企业又举棋不定，这导致日本对华中长期投资的不明确性。如果中日政治关系迟迟得不到改善，必将推升日本产业界的所谓“中国风险论”，部分日企也许要加速实施所谓“中国+1”战略。同时，日本安倍晋三内阁确定并积极推行“中国包围圈”经济外交战略，支持日企投资中国之外的东南亚、俄罗斯、南部非洲、中东地区等地区，必将使日本对外投资的方向和结构发生分化。

第三，部分在华日企的经营受影响，日企对华战略出现分化。中日关系恶化使以汽车为主的在华日企经营一度受到严重影响。2012年9月，日系汽车在华销售骤降42.2%、减产28.4%。10月，日本对华整车出口骤减82%。[13]据估算，包括进口在内日本汽车2012年在华销量减20%，利润损失1300亿日元。[14]一直到2013年5月，日产、本田、丰田等主要企业才基本恢复生产。

不过，日本汽车厂商无意放弃中国市场，相反，还纷纷采取各种举措巩固和拓展中国市场。一是扩大产能。在华六大日本车企计划2015年将在华产能提升至530万辆；二是丰富产品类型、拓展销售渠道。除加大新车型投入之外，还计划开创独立品牌。整个日系汽车2013年在华4S店扩大10%，达3300家左右。[15]三是进行产品升级，提高竞争力。丰田、本田宣布将在华拓展混合动力汽车销售，为此，丰田投资156亿日元建电池合资工厂。[16]四是关联企业扩大在华投资，如新日铁住金将投300亿日元，增加高级钢板产能40%[17]、捷特科将投资80亿日元提高变速器产能、三菱重工和石川岛重工等提升在华涡轮增压器产能。[18]

第四，双边金融等领域合作停滞不前，多边谈判受到影响。在国家间关系严峻的背景下，中日经济界的交流并没有中断。近期较有代表性的往来包括2013年9月中信集团等十大中国企业经营者访问日本，同年11月日本日中经济协会派出近180名企业高管组成的超大型代表团访华，2014年4月由前众议院议长河野洋平任团长的日本国际贸易促进协会代表团访华，等等。但是，中日之间由政府推动的合作项目以及多边谈判等受影响最严重，如中日金融合作进程、中日韩自由贸易区以及区域全面经济伙伴关系（RCEP）谈判等。这些将对中长期中日双边经济合作以及中日韩、东亚经济合作的影响巨大。