从构成业务特征来看，日本灾害危机治理机制可分为两大部分——危机管理准备业务、模拟演习与训练业务，被称为“日本式危机管理体系的两大支柱”。[6]前者主要指由危机管理部门设计和组织实施的相关业务，涵盖了“危机预防—危机应对—灾后重建”等全部危机应对过程。危机管理准备业务往往基于过去经验或启发，进而想定将要发生的危机，并为此做出必要准备业务。然而，这种设计是否具有实效性则是最关键的，而能够对此作出检验的标准就是模拟演习与训练业务——即另一支柱的业务模块。灾害危机治理机制一般可分为“危机预防”“危机应对”和“灾后重建”等三大程序，但日本式危机治理特征则添加了“应对计划”“研究开发”“国民防灾”等相关程序，最终形成“防灾计划→研究开发→危机预防→国民防灾→危机应对→灾后重建”的日本危机治理程序链，而且这些程序具有显著标准化特征。

防灾计划程序。作为灾害危机治理机制的首要程序，防灾计划由各级防灾会议或相关指定行政及公共机构负责制定，大致形成三类防灾计划：《防灾基本计划》《防灾业务计划》和《区域防灾计划》。《防灾基本计划》由中央防灾会议负责制定，是日本最高级别灾害危机应对实施纲领。作为综合防灾长期计划，它还对各种防灾业务计划、地方防灾计划的标准做出明确规范。而且，该计划要根据历年实际灾害状况以及灾害对策执行的效果，结合最新防灾科研成果，在重新研讨之后进行必要的修改与完善。《防灾业务计划》由相关职能省厅或行政机构负责制定，主要为确保灾害发生时，确保行政、电力、煤气、通信、运输等应急功能正常运转。《区域防灾计划》则由各级地方政府来制定，目标是明确本地防灾机构职责，制定灾害预防、预警避难、防灾演练、现场调查、灾情搜集、灾害救助、卫生防疫等具体对策，做好灾害应对所须人力、设施设备、物资以及资金准备等。

研究开发程序。日本的灾害危机治理一直强调“科技防灾”，因此，研究开发一直占据非常重要的地位。2006年日本《科学技术基本政策》提出的“第三期科学技术基本计划”方针中明确提出，日本今后长期政策目标是“要建成以安全为豪、世界第一安全国家”，中期政策目标是“确保国土和社会安全、生活安全国家”。它列出了十项防灾相关课题作为国家研究开发的重点，包括：地震观测、监测、预测调查研究；地质调查研究；耐震化与强化灾害对应、复旧、复兴计划来减轻灾害技术；火山喷发预测技术；风水灾害·土砂灾害·雪灾等观测、预测以及灾害减轻技术；卫星观测和监视自然灾害技术；救助出动与应急对策技术；创建超强灾害应对社会研究；确保安全和减轻事故的设施技术等。另外，紧急地震速报技术的实用化研究，也一直是日本灾害研究的重点，它是利用地震P波与S波之间的瞬间时差，采取相关措施减轻灾害损失，如紧急关闭电水气、列车急停、电梯控制等。

危机预防程序。危机预防是危机应对机制中的重点所在，该程序主要包括：日常国土维护、灾害风险观测及预报警报、信息通信体制建设、综合防灾信息系统建设、防灾安全据点建设、避难劝告判断与传达机制、灾害时需要救援者对策以及防灾训练等内容。日常国土维护被列为日本财政预算常项，每年政府都要拨专款修缮河道、防沙治山以及港口海岸建设。2002年日本政府还推出《社会资本整备重点计划》，引进社会资本来提升国土维护效率和效果。2003年还出台《森林整备保全事业计划》，推进森林和治山事业。

信息通信体制和综合防灾信息系统是日本政府“硬件”建设重点，它不仅建立了中央防灾无线网、消防防灾无线网和各级政府防灾行政无线网，形成了立体交叉式无间断通讯体系。而且，日本还专门针对灾害状况而建立综合防灾信息系统，如DIS（地震防灾信息系统）、RAS（卫星受灾信息确认系统）、PF（防灾信息共有平台）等，均是领先世界的技术体系。防灾据点建设也是预防灾害的重要措施，日本内阁府在东京湾临海地区有明之丘（东京都江东区）、东扇岛（神奈川县川崎市）等地划定防灾据点。此外，学校和公园等公共设施也是防灾避难中心，那里都设有专门储备防灾仓库，储存了紧急避险用淡水、食品和燃料。

国民防灾程序。包括：制定国民防灾基本计划、防灾日与防灾周活动、防灾教育培训、防灾志愿者活动和企业防灾。为最大限度减轻灾害损失，日本积极提倡所谓“官民协调”防灾，提出所谓“三助”方式——每个国民或企业的“自助”、区域内各主体间的“共助”、中央和地方政府的“共助”。日本政府制定详细的国民防灾基本计划，内容包括：动员国民更广泛地参与防灾；开发富有魅力的防灾知识宣传；激励企业和家庭积极投入防灾；推进更广泛的防灾合作；激励社会各界的广泛参与。政府规定每年9月1日为“防灾日”，8月30日至9月5日为“防灾周”，期间，大力普及防灾知识，在全国各地举办防灾展览会、各种讲座以及防灾训练、防灾宣传班等形式多样的活动。学校甚至把防灾教育作为重点纳入综合学习教程。

推动企业制定“事业持续计划”（BCP）也成为日本政府国民防灾重点。所谓BCP，就是企业遭遇灾害也能不中断重要业务，即便万一业务中断也能在目标期限内恢复的计划，以此避免企业丧失客户或市场份额，导致企业竞争力衰退等。2005年中央防灾会议专门调查会编制了《事业持续指南》，推动企业制定BCP。同时，政府也鼓励企业积极采取防灾措施，2006年日本政策投资银行制定《防灾对策促进事业》，设立企业灾害应对融资制度。

危机应对程序。相对于复杂、缜密的危机预防程序而言，危机应对程序反而显得简洁、明快。其关键要素是实施救助、救急和医疗，而为使这三要素顺利实施，国家及地方政府首先要能迅速准确地掌握灾害信息，依照灾害状况建立相应灾害对策本部，进而启动灾害危机应急系统。广域支援体制也是重要的危机应对措施。在发生超出地方政府应对能力的大型灾害之际，日本政府将实施警察厅（警察广域紧急援助队）、消防厅（紧急消防援助队）、海上保安厅以及其他都道府县的援助，更严重的要派遣自卫队进行更高级别的广域支援。这也包括灾害派遣医疗队、救护班，以及把重伤患者救助到灾害之外的灾害据点医院等。

灾后复建与复兴程序。灾后复建与复兴程序以迅速、高效为目标，以支持受灾者重建生活为重点的原则。日本在重大灾害后复兴一般也成立相应的专门组织机构。如1995年阪神大地震之后就曾成立以首相为本部长的“阪神·淡路复兴对策本部”，以此来最大限度地调动相关资源，以实现灾后迅速重建。其具体内容主要包括：1.灾害复建事业，主要是国家支持下重建土木、文教及相关公共设施；2.灾害融资，重点面向农林渔业、中小企业主或低收入阶层；3.灾害补偿与灾害保险，重点补偿农林水产业者；4.减免税收，对受灾者减免或延迟缴纳所得税及居民税等；5.地方交付税与地方债，对受灾地区补偿特别交付税，许可其发行地方债等；6.指定重大灾害，对于指定为“重大灾害”的复建事业予以特别支持措施；7.支持有计划的复兴，对于迅速制定复兴计划予以相关援助；

8.支持生活重建，向受灾者发放灾害慰问金或生活重建资金等。