循序渐进、不断完善的法律制度体系。频发的自然灾害是日本政府考虑构建长效治理机制的重要原因。于是，立法先行、依法救灾就成为日本政府应对各种灾害的首要程序。而且，在经历每次灾害之后，日本政府必将对相关法律进行修改完善。自1947年颁布《灾害救助法》以来，迄今为止，日本政府颁布实施的危机应对相关法律达51部，包括7部基本法、18部灾害预防法、3部灾害应急对策法、23部灾后复兴建设法。依法行政、依法防灾，对日本危机治理发挥了极大作用。借助构建法律体系，逐步实现危机治理机制的制度化建设，这是日本危机治理模式的重要特征。无论是面对突发自然灾害，还是应对公共安全重大事件，日本政府必然会启动制度化的危机治理机制，而且，每次灾害之后，必然要总结经验教训，再进一步完善现行机制的制度合理性。

1961年的《灾害对策基本法》堪称日本应对灾害危机的基本大法。日本政府目标是通过建立一部灾害应对的基本法，借以消除防灾体系中出现各主体的条块分割等制度性缺陷，实现灾害应对的系统化，综合防灾、计划性防灾等目标。《灾害对策基本法》经历了多次修改完善，最典型一次就是阪神大地震，而且，在一年之内竟然进行两次全面修改。此次修改重点提升了危机应对效率问题。修改之前，在突发严重自然灾害之际，首相必须先宣布国家进入紧急状态，然后才能经内阁讨论而设立“紧急灾害对策本部”。修改之后，首相无须宣布紧急状态就可设立“紧急灾害对策本部”；甚至首相可以不经内阁讨论而直接设立“非常灾害对策本部”。新法还扩大了地方政府、自卫队、警察署等相关机构的灾害处理权力。

多元化、交叉式组织体系。在组织制度体系方面，日本政府不仅设立了三大常设组织——内阁府防灾机构、综合防灾会议、专业性防灾机构，为有效应对不同程度的突发灾害，它还设定了三级应急组织体系：即中央政府级机制、都道府县级以及市町村级灾害应对机制。

内阁府设立于2001年，它承担制定国家战略、确立相关领域重大改革项目等重要使命，也是日本国家应对危机的最高中枢组织。内阁府受首相直接领导，内阁官房长官、特命全权大臣、官房副长官、副大臣以及大臣政务官成为核心成员。此外，五大咨询会议均设在内阁府统辖之下——即经济财政咨询会议、综合科学技术会议、国家战略特区咨询会议、中央防灾会议和男女共同参画会议。

作为日本灾害应对计划的重要企划机构，综合防灾会议分为三个等级：中央政府所属的中央防灾会议、都道府县的防灾会议、市町村的防灾会议。中央防灾会议规格最高，由首相任会长，成员包括相关内阁成员、指定公共机构负责人及知名专家等，负责制定和推进防灾基本计划、紧急应对措施计划，接受中央政府相关机构的咨询，审议各类防灾事项等。中央防灾会议下设多个专门委员会，负责就专门事项进行调查以及制定相关计划等。各级地方防灾会议同样由地方最高首长出任会长，主要负责制定和推行各地的防灾计划，也承担着收集相关信息、联络和协调各部门等任务。

专业防灾机构主要由各级消防、警察组织以及外围的自卫队、相关医疗机构组成。日本消防人员分为专职和兼职两种，专职消防人员主要指那些部署在全国各地的消防本部（共791个），配备着将近16万名专业消防队员；兼职消防人员是以地方公务员为主所组成的消防团，全国共有2234个消防团，人员配备规模87万人。[4]此外，中央和地方消防也各有分工，如中央的消防厅负责提升消防技能以及配置最新消防器材等，目标是保障消防队员安全有效地展开作业；与此相对应，设在市町村的消防本部则以各地具体消防事务为主要任务。除消防系统外，警察系统也是紧急灾害救助的重要力量。在遭遇大型灾难之际，自卫队则成为重要后援。

作为突发灾害的指挥系统，各级政府或相关机构要组建相应级别的灾害对策本部，以统筹全局、调动资源、组织救灾。政府系统灾害对策本部包括四级：市町村级、都道府县级所组建的一般“灾害对策本部”、中央政府所组建的“非常灾害对策本部”和“紧急灾害对策本部”。灾害对策本部也可在灾害当地设立现场对策本部，以代为执行对策本部的相关权利，全权处理现场救灾。中央级的灾害应对组织——非常灾害对策本部和紧急灾害对策本部，一般都是由首相亲自挂帅、以中央防灾会议作为核心组织机构，此外，其成员还包括24个指定中央省厅机构、63家指定公共机构（相关独立行政法人、日本银行、日本红十字会、NHK、电力、煤气公司、NTT等）。[5]作为地方级灾害应急体制的一般灾害对策本部，由地方最高行政首长出任本部长，其所属防灾会议作为核心组织机构，成员包括指定的地方行政或公共机构。

相对固化、稳定的预算保障体系。长期以来，在日本政府各项预算支出中，灾害对策相关预算基本与军费规模相当。例如在1995—2004年间，日本用于防灾相关的支出年平均额为4.5万亿日元，占一般财政预算总额的5%左右。而且，这种防灾相关预算支出的项目也相对固化、稳定，如防灾相关的科学技术研究支出额约占1%；灾害预防相关支出额约占20%；国土修整与维护支出额最多，约占50%；再就是灾后重建，其相关支出额在25%左右。稳定的灾害预算成为日本危机应对机制发展完善的重要保障。