鉴于军工生产的特殊性，加之防卫省作为“唯一客户”形成了垄断格局，日本军工产业运行机制越加僵化，逐步束缚了产业活力与创新动力。长期以来，防卫省所指定的主包大企业几乎垄断了军工产品订单，如三菱重工业、川崎重工业以及三菱电机等，这类军工产品相关采购排名位居前十的企业，订单占比几乎在90%以上。诚然，仅从生产效率而言，集中生产显然可以发挥成本方面的优势，但垄断却又导致创新被压制，不仅技术进步受阻，竞争缺位也造成了军工产品价格被抬升的现象。这种政府主导下的产业运行体制逐步走向僵化，致使日本国内军工产品价格普遍比国外高三倍左右。

对此，大量企业提出了质疑和异议。在防卫生产与技术基盘研究会2011年的问卷调查中，参与军品生产的大多数企业都对防卫省主导模式提出了诸多问题。例如，由于采购招标方式缺少明确的长期规划，导致企业经营成本上升；在订立合同方面，由于公开透明度不足导致竞争缺位，企业缺乏降低成本的激励机制，且相关手续烦琐等；在研发方面，防卫省的垄断及其效率低下广受诟病，多数企业提出研发功能应该转向企业；另外，现行产业政策也束缚了企业，造成了制度性约束。[6]必须指出的是，日本军工企业的显著特征是军品依存度较低，一般都在15%以下（图7-2）。