作为大学治理政策的目标之一，长期以来日本国立大学一直奉行“教授会自治”模式。原来的《学校教育法》规定：“大学为审议重要事项，必须设立教授会。”在国立大学法人化之前，依据《教育公务员特例法》，学院教授会对院长选聘、教师人事、勤务评定等权限具有重要影响。近年来，伴随着国立大学治理改革的不断深入，“教授会的过大权限”经常被指为“诸恶之源”[24]。自民党日本经济再生本部在其《大学治理改革的建议》中认为，由于管理层与教授会的职能分担、决策程序不明确，领导层对校内事务管理权限不明确，导致教授会在预算分配、人事等多方面具有决策权，由此使校长难以真正发挥领导力。然而，教授会并不是事实上的决策机关。为明确作为校长咨询机关的位置，学校基本法93条应该修改为“作为教育研究相关的校长咨询机关，大学中设置教授会”。2014年中央教育审议会提出的《关于推动大学治理改革》[25]中，取代“学问自由”“大学自治”等宪法精神和制度，着重强调“构建校长领导下的战略性大学管理的治理体制”。即引进公司治理的基本理念，通过发挥校长的领导力，要消除作为抵抗势力的教授会制约。

2015年，日本修改《学校教育法》，将原来的“大学为审议重要事项必须设置教授会”（93条第一项）修改为“大学设立教授会”（93条第一项），“教授会对校长关于学生入学、毕业、课程修了、学位授予的决定陈述意见。对于除此职位的其他教育研究重要事项，校长在做出决定时必须听取教授会意见”。副教授及其他职员可以参加教授会。

国立大学的教授会是指由全体教师组成的全校教授会、学院教授会、研究科教授会、专业教授会等。此外还有教育课程制定委员会、教师人事委员会等按照机能划分的教授会组织。其中学院教授会影响最大。大学自治的宗旨在于排除公权力对大学的不当干预。对于大学管理范畴中的某些事项，并不意味着必须由学院所有教师参与决策。

教授会作为由拥有专门知识的教师组成的合议制审议机关，根据学校教育法和国立大学法人法，教授会主要负责审议的重要事项包括：（1）教育课程制定；（2）学生身份审查；（3）授予学位；（4）审查教师研究业绩等。在充分考虑教授会意见的基础上，校长拥有最终决定权。根据2013、2014年《学校法人经营改善政策问卷调查》，在日本的大学中，45.6%的教学计划等由教授会决策，35.6%的教师人事权由教授会决定。教授会对大学管理层的决策权则影响较小。教授会正在日益成为名副其实的教育研究咨询机构。