各学院院长负责全院教学研究等事务，并代表学院与大学校长及其他部门、校外机构进行联系。法律没有规定院长的产生办法，战后日本国立大学形成的惯例是，院长一般由教授会投票确定候选人，或由教授会提出2人以上的研究科长等为候选人，或者由校长及执行理事组成的选聘会议决定，最后由校长任命。在院长人选问题上，重点考察候选人是否具备胜任职位的能力。

（1）大学运营会议或干部会

对于涉及大学整体的决策，过去一般是由各院长分别回归本院听取教授会意见，这不仅导致大学整体决策延迟，而且往往导致意见分散。因此，作为全校意见调整机构，设立大学运营会议、大学经营会议等组织，由校长、副校长、院长等管理层构成，集中讨论全校意见，从而顺利落实校长决策。院长则代表各学院陈述意见。校长在决定大学的中期目标意见、年度计划、预算的编制、执行和决算、重要组织的设置和终结以及需要文部科学大臣认可或承认的事项等时，必须经干部会讨论。理事依据校长的决定，辅佐校长管理大学业务。在校长出现事故或缺席时，代替校长执行职务。

（2）经营协议会

经营协议会由校长、校长指名的理事及职员、具有宽广见识的校外知名人士等组成，但校外人员需听取教育研究评议会意见，并经校长任命。校长兼任经营协议会议长，并主持经营协议会。国立大学设立经营协议会，负责审议经营相关重要事项，包括中期目标相关意见、中期计划及年度计划中经营相关事项。审议大学章程（有关经营部分）、会计规程、干部报酬及退职补贴的支付基准、职员工资及退职补贴支付基准及其他经营相关的重要规则制定和修改等事项。审议预算的编制、执行、决算相关事项；审议关于组织及运营情况相关的自我检查和评价事项。

（3）教育研究评议会

国立大学设立教育研究评议会，负责审议国立大学教育研究相关重要事项。教育研究评议会由校长、校长指名的理事、由教育研究评议会决定的学院、研究生院、研究所等机构负责人，以及其他教育研究评议会决定并由校长指名的大学职员组成。此外，在设有主管教育研究副校长的情况下，该副校长（副校长为二人时，由校长指名）为评议员。校长兼任教育研究评议会议长，并主持评议会工作。

教育研究评议会负责审议以下事项：中期目标、中期计划、年度计划等相关事项；大学章程（除国立大学经营部分外）及其他教育研究相关重要规定的制定或废除；教师人事、教育课程编制方针等事项；支持学生顺利完成学业相关帮助、指导及其援助事项；学生入学、毕业、课程修了及其他在籍相关方针、学位授予等事项；对教育研究现状进行自我检查和评价相关事项等。

在国立大学具体管理过程中，虽然法律上对教育研究评议会和经营协议会的审议事项进行了明确分工，然而在实践过程中，同一事项可能既涉及教育研究又涉及大学经营，难以简单区分，可能被分别交由不同的机构进行审议。在具体落实时，又往往需要双方密切配合。与教育研究评议会相比，经营协议会一般开会较少。因此，有关经营的重要事项，只能等待合适机会才能进行审议。国立大学法人法规定，经营协议会的校外委员必须占1/2以上，目的在于认真听取校外意见。由于校外委员难以充分掌握大学相关信息，加之有时不能出现会议等，因此，实践意义上的经营协议会往往以校内委员为中心。为真正反映校外委员意见，因此，对于大学治理来说，在选聘经营协议会委员和召开会议时间方面应该充分考虑。

（4）监事

监事负责监督国立大学业务，并依据文部科学省令规定，制作监察报告。监事可以随时要求大学干部及职员提交事物或事业报告，可以对国立大学法人的业务或财产状况进行调查。国立大学依据法律规定向文部科学大臣提出的认可、承认、认定、申报等相关材料或报告书，监事必须对此进行调查。必要时，监事可以基于监察结果向校长或文部科学大臣提出意见。

监事不仅仅是对财务和会计进行监事，而且要对教育研究和社会贡献情况、校长选聘方法、大学内部决策系统等大学治理体制进行监督。为真正履行监事职能，监事必须确保出席重要会议，整备关于管理机构的资料提供、信息提供、内部检查组织充实等支持体制，对于规模较大的大学，要尽量配置正常上班的监事。