1995年9月，日本文部省大学审议会在《关于大学平稳管理》[19]中强调发挥校长、院长领导力及其实现条件。1998年10月，大学审议会提出《21世纪大学形象与今后的改革方策——在竞争环境中辉耀个性的大学》[20]报告，主张在校长领导下，建立富有实效的决策制度和发挥校长的强大领导力。

2004年国立大学法人化之后，为了确保国立大学法人化的平稳运行，许多国立大学继续沿用《教育公务员特例法》框架下的各种内部规则，并没有全面落实国立大学法人化政策。对于国立大学的许多教师来说，由于未能真正理解法人化本身的价值和法人化后的大学治理关系变化，因此，在国立大学内部权力运行和决策体制变革方面，也没有获得广大教师的理解和支持。

《国立大学法人法》规定：大学校长应具有“高尚人格，学识优秀，且能够恰当而有效管理大学教育研究活动”。《学校教育法》规定：“校长掌管校务，领导和监督所属职员。”据此，校长对于大学全部校务，作为最终责任者，拥有在教育研究相关的最终决定权，对教职员工具有指挥和监督权力。

从法律上看，校长是国立大学的最终决策者。然而，在现实实践中，日本国立大学的各学院和教授会却往往成为事实上的决策者。特别是教授会，虽然法律上处于审议机关地位，而且其自身也不能对审议结果承担直接责任。但是，长期以来，日本国立大学的学院教授会或研究生院等教授会具有较强的自治意识，对于法律意义上的大学校长最高决策权，往往不能充分理解和认同，认为各院院长和教授会等当然具有上述权利。

2014年，日本修改《学校教育法》和《国立大学法人法》，进一步强化校长领导权力。校长选聘由校长选聘委员会制定的标准决定，但选聘标准和结果必须公布。校长选聘委员会由相同数额的教育研究评议会的校内委员和经营协议会的校外委员共同组成。选聘委员会接受来自校内外的候选人推荐，然后由校长选聘会议对候补人进行考察，并征求经营协议会、教育研究评议会各自的意见，最后由校长选聘会议决定。据此，学校一般教职员工不再进行投票。校长选聘机构应对校长的业务执行情况进行经常性监督和评估。监事通过日常业务执行情况进行监督，并对校长尽可能进行支援和帮助。而当发现校长不能充分履行校长职责时，基于法律规定，有责任向有任命权者提出解任要求。

尽管日本政府通过修改相关法律不断加强大学校长权力，但是，目前仍有部分国立大学囿于过去的惯例，在校长选聘问题上，主要以教职员工的投票意见为选聘依据。在大学内部具体管理方面，继续沿用多年惯例形成的内部规则，许多权限被分散于各学院，导致校长难以真正发挥其领导作用。

关于校长的人事权问题，主要包括教师的校内配置权和聘任权。按照日本的惯例，某教师退休出现职位空缺时，自动由本组织内部同领域的后任者接任，即使该职位的社会意义和在该大学中的重要性已经降低，往往也难以进行全校性的资源重新配置。此外，为适应学术发展和社会发展需要，大学势必对现行组织进行必要调整，由此也可能引致预算、人员配置、教师职位削减等方面的变化，进而影响学院和教师的教育研究，从而招致校内教师的反对。因此，校长在发挥领导作用的过程中，一方面要不断明确学校未来愿景，同时要通过IR等机构提供客观合理的数据说明，争取获得相关教师和学生等校内外理解，落实校长的改革责任。

为此，《日本大学改革计划》明确提出：要发挥校长的领导能力，最大限度提供大学的教育研究机能，必须向教职员工准确传达校长的形象，最大限度诱发教职员工的**和能力，通过对话、交流等形式，争取获得教职员工对校长职能理解。加强与经营协议会、理事会等管理机构的意见沟通，争取获得管理层的支持。为满足各种各样的社会需要，不可能仅仅依靠校长一人来推进改革构想，而必须整备和充实校长助理体制。为此，以副校长、校长助理、校长办公室干部等形式，让负责各学院事务的教师加入到校长管理层等，强化贯彻校长决定的支持体制。为切实推动大学治理，使校长充分掌握各学院情况，以制定改革方针，在校长之下设置校内专门调研机构（IR），基于校内信息和分析结果，帮助校长适时做出政策判断。

为进一步体现校长领导力，86所国立大学全部设立了校长裁量经费。83所大学实现了教师人事权的校长决定。通过设立校长裁量经费，以此支持校长的改革行动，推动有利于组织自我变革和新陈代谢的校内资源再分配。许多大学还设立了在校长直接领导下的调查研究机构（IR），通过收集、调查校内各种资源、财务状况、管理信息和教育研究活动等工作，提供大学治理改革的政策建议。各国立大学不断加强学校愿景规划和内部评价制度，积极向社会发布相关大学治理愿景、制度变革和人事变动信息，实现可视化大学管理。作为校长权力的辅助机构，干部会、经营协议会、教育研究评议会等中间管理层会议作用得到提高。根据调查，在国立大学的管理层机构中，78.2%的干部会、59.0%的经营协议会、67.9%的教育研究评议会能够充分发挥作用。[21]

国立大学法人后，经过第一期中期目标6年的运营，日本国立大学所面临的形势严峻。2010年，日本大学升学率为47%，即使是亚洲的韩国和泰国都超过日本。日本政府对高等教育机关的公共财政支出，在OECD各国中最低（与OECD平均1.0%相比，日本为0.5%），家庭负担十分突出。日本国立大学获得的运营费逐年减少1%。国立大学正式员工数量减少，平均年龄增高，临时聘用教师增多。国立大学人文学领域教师不断减少，1998—2007年，从6193人减至5490人，减少11.4%。[22]科学技术预算增长率较低，与中国存在明显差距。

严格经费控制导致国立大学人事雇佣方面出现较大变化。2015年，国立大学教师人事费用支出仅为2004年的87%，实际支出减少842亿日元。大学行政干部人事费减少至82.9%，实际支出减少426亿日元。由此导致国立大学新增青年教师人数不断减少，长期可能影响未来大学的国际竞争力。[23]

按照文部科学省的部署，在第3期中期目标期（6年）中，各国立大学有计划地改革人事和工资制度。以导入年薪制为契机，努力构建新的绩效性评价体系。2014年10月，已经有6578人采取新的绩效评价体系。计划到2015年末扩大至10000人。以终身教师为前提，积极促进聘用优秀年轻教师，对于海外优秀人才，在保证必要时间的前提下，采取双聘制度，促进产学官共创打造创新基地。