国立大学法人化之前，国立大学作为日本国家行政机构之一，虽然在教育研究等方面保持了较大程度的独立性，但其重要事项、人事任命、财务活动等受到相关行政法、国家公务员法以及日本政府等约束。国立大学法人化以后，政府放松了对国立大学限制，增强了大学的自由裁量权。近年来，伴随着大学改革不断深入，国立大学内部治理结构和运行机制也迎来重大变革。