为推动国立大学改革，2009年2月5日，国立大学评价委员会发表《全面调整国立大学法人组织及业务的视角》[11]。该文件认为，在第一期中期目标期间，国立大学在承担学术研究和研究者培养等核心任务的同时，在支持地方教育、文化、产业基础，提供不受学生经济状况影响的升学计划等方面，都发挥了重要作用。在第二期中间目标和计划中，开始着手调整国立大学的组织和业务工作。

2013年6月20日，文部科学省发表《今后国立大学机能强化的设想》[12]。文部科学省主张：国立大学承担着确保全国高等教育计划均等、实现世界高水平教育研究、继承重要学术领域、有计划地培养人才、贡献区域活力等多种职能。但是，面对快速少子高龄化、全球化、新兴国家发展引起竞争加剧等现实情况，日本必须推进可持续性发展和富有活力的社会变革。因此，基于国立大学改革计划，必须着力打造适应社会变化需要的教育研究组织，强化治理机能，实现人事工资制度的弹性化，打造全球化的人才体系和世界一流基地，加强整备具有创新能力的教育研究环境整备和理工科人才培养。

为实现教育研究和社会贡献机能的最大化，文部科学省要求各国立大学努力对学校内部各机构的治理体制进行全方位评价和调整，在重新确认各自任务的同时，排除权限重复，简化审议手续，确立通达的校长决策流程。国家为确立校长领导能力和动员教师的改革意识，实施有效推进制度改革和弹性支持等政策。

各国立大学应基于各自规划的愿景，调整人才、组织、预算、设施等，通过校内外资源再分配和共享，如推进青年研究者的挑战性研究，促进国际共同研究和海外网络形成，推进具有国际竞争力的尖端领域和校内外组织的边缘领域融合研究，强化调查行政人员等的研究支持和工作体制。

2015年6月8日，文部大臣下村博文发布《关于全面调整国立大学组织及业务的通知》[13]。通知强调：“为开展世界高水准教育研究和全国性教育研究，强化大学在发挥区域活力上的核心作用等机能，各国立大学应明确自身的优势和特色，充分发挥各自作为国立大学的功能。”对于国立大学来说，尤其要注意制定明确目标，落实具体实现目标的手段，设定具体评估政策手段实现程度的检测指标，在此基础上制定中期目标和中期计划。

首先，在重新定义大学任务的基础上进行组织调整。通过重新定义任务，明确各大学的优势、特色和社会职能，迅速实行组织改革。“特别是关于教师培养学部、人文社会学部及其各自的研究生院，应根据18岁人口减少和人才需要，在确保教育研究水准和国立大学职能等基础上，制定组织调整计划，积极推进组织停办或向根据社会需要较大领域转型。”

其次，调整法学研究生院。关于法学研究生院，基于“公共支援调整强化政策”，考虑司法考试合格情况、入学选拔情况等因素，在确保招生规模合理化和提高教育质量的同时，在司法考试合格率过低或不能有效保证招生人数的情况下，应对问题严重的法学研究生院进行根本性调整，包括停办或合并。

最后，调整其他组织。对于其他组织，要建立可以经常性检查和评估其组织功能的制度体系，在全面审议各种建议的基础上，根据需要调整大学间的合作和招生规模，灵活机动地实行组织改革。

2015年9月，针对社会各界对“6·8通知”的反对意见，文部科学省发表《基于新时代的国立大学改革》[14]，强调调整综合科学课程和人文社会科学系等。“不是轻视人文社会科学系等特定学问领域，或只重视能够立刻发挥作用的实学”，“而是由于围绕日本的环境变化，对于国立大学来说，必须进行能够灵活对应的自我变革”。

在全面调整国立大学组织结构和业务机能的同时，文部科学省要求加强国立大学的创新机能。2015年4月15日，文部大臣下村博文发表《创新视角的国立大学改革》[15]强调：“为使日本发展成为最具创新性的国家，作为知识基础社会的核心基地，关键在于将分布全国的国立大学在竞争环境下实现‘知识创造机能’最大化。”

6月16日，为落实创新性大学改革，作为具体推进措施，文部科学省又出台了《国立大学经营力战略》[16]，强调国立大学必须充分发挥法人化的优势，在展望新经济社会和大胆转换思想的基础上，努力开拓新领域、融合空间，培养适应产业结构变化和雇佣需要的能够承担新时代产业的人才，努力解决区域、日本、世界所直面的经济社会问题，实现能够最大限度贡献于学问发展和创新生产的组织自我转换。文部科学省要求各国立大学打破现存体制和手段束缚，大胆设想，发挥校长领导力和管理力，基于引导整个组织的未来愿景，实行自我改革，新陈代谢。文部科学省在确保国立大学基础经费水准的同时，对于实行自我改革的大学进行有针对性的重点支持，并缓和必要规制。根据《国立大学经营力战略》，在2016年开始的第3期中期目标期间，将加速大学创新型的自我改革。为培养主要承担创新支柱的理科人才，文部科学省在制定“理科人才培养战略”的同时，在推进国立大学改革计划的过程中，要求通过教育研究组织重组，建立具有国际竞争力的一流研究生院。在未来的10年中，争取打造出20个大学创发的新型产业。

根据文部科学省关于《全面调整国立大学法人等组织及业务》[17]通知精神，86所国立大学分别结合自身特点和现实需要，制定了内部组织调整的中期目标和中期计划。国立大学通过“重新定义大学任务”，打破现存教育研究组织，组建新型组织，开发更加适应社会需要的教育研究活动。自2013年开始，按照文部科学省的政策要求，多所国立大学开始学院改组。许多大学停办原来的师范教育学院等综合课程，新设“区域系”“国际系”等相关学院。新设学士、研究生一贯制的教育课程，增加理学、工学、农学等人数。目前新设的学院主要面向社会急需的人才培养，包括跨领域横向教育、具有高水平发现问题和解决问题能力的教育、企业或区域合作等领域。在新设学院，采取多样化、综合性评价等新型入学选拔方法，优先进行学士课程改革。

按照文部科学省的大学治理改革目标和支持计划，日本的国立大学被分为三种重点支持模式：即“世界最高教育研究开展基地”（16所大学）、“全国教育研究基地”（15所大学）、“区域活力核心基地”（55所大学）。国立大学本着“引入积极教育模式，推动大学教育质量转变”，“实行多样化综合性入学选拔”和“推进全球化”改革要求，逐渐打破了传统文理分界的院系设置模式，开设跨越自然科学与人文社会科学联动的综合性课程体系，组建能够适应全球化要求和服务地方发展创造的新型院系。到2016年，包括计划新设学科在内，有约15%的学科提出了新的组织调整构想。

东京工业大学将现存的学院、研究生院重组为6个学院，实行博士课程一贯制教育体系，建立与世界一流大学相对应的教育体系，培养卓越的专门性和具备领导能力的理工系人才。不断加强大学间、专业领域间的联合与协作，推进共同利用和共同研究，构筑同一领域协作的共同教育系统，构筑有利于强化基地功能的大学间网络。山口大学调整教育学部和经济学部，将课程设计从培养型向成果型转换，设立文理综合型教育的新学部——国际综合科学部。2015年开设，培养兼备科学技术应用能力、英语交流能力、课题解决能力的国际性人才，规定所有学生本科期间必须海外留学一年，要求具备广泛的文理知识，引入数字化学习成果评价方法。[18]

东京大学将文学部现在的四个学科改组为一个学科，以解决过分倾注自己专门领域的倾向，培养从宏观视角活用人类社会知识的人才。东京大学的信息网络学府，以信息为纽带，构建融合多学科、多领域合作的教育研究机构，开展横跨文化、技术、媒体、产业、生物、、环境、国际关系等多领域、多角度、融合性的信息教学和研究。筑波大学新设置了“学群制”，金泽大学设立了学域、学类制等多种形式。与之相配套，原来按照学科设置的教授会也被新的委员会制等组织代替。宇都宫大学为培养具备社会发展、城市建设和防灾减灾等复合型地域课题需要的人才，将教育学部与工学部调整，准备成立新学部。新学部将以地域为活动空间，跨越原来的学科界限，要求学生必须参加解决实际问题的演习课程，对于所有的专门科目实施主动性学习。

为适应全球化的发展要求，许多国立大学根据自身特点和地域发展需要，加强国际化教育和国际共同研究。一桥大学和东京艺术大学利用自己的专业优势，与国外大学联合，共同开展国际研究据点。长崎大学重新调整经济学部和环境科学部组织，将人文社会系领域从“多文化社会”角度加以重组，形成具有边缘性特色的课程。2014年，成立多文化社会学部，促进多种文化背景的学生交流和学术协作，培养全球化型人才。山口大学新成立国际综合科学部，千叶大学设立国际教养学部。

从国立大学学科和学院设置趋势看，综合教育课程和人文社会科学等学部的规模和人数逐渐减少，与此同时，一些大学相应增加了理学、工学、农学院系的课程和院系设置。2016年，岩手大学工学部、德岛大学工学部改组成理工学部。2017年，高知大学理学部、大分大学工学部停止招生，预定成立理工学部。2014年，秋田大学改组工学资源学部，新设国际资源学部。2016年，德岛大学新设生物资源产业学部。2017年，滋贺大学新设资源生命学部，名古屋大学新设数据科学部。福井大学原来的教育地域科学部改称教育学部。大阪教育大学新设“教育协动学科”，以培养教师支持人才为目标。高知大学设立地域协动学部，爱媛大学设立社会共创学部，以培养发现和解决各种区域问题人才为目的。一些大学虽然没有重置学部，但却新设了“能源”“环境”“防灾”等学科或课程。