文部科学省作为国立大学的主管机构，负责具体大学改革政策的制定和落实。根据日本内阁教育再生实行会议的大学改革精神，文部科学省开始具体探讨大学改革推进计划。在文部科学省，作为文部科学大臣咨询机构，中央教育审议会负责调查审议教育重要政策。中央教育审议会下设大学分科会等多个分会。大学分科会专门负责大学及其他高等专业学校等教育振兴政策的调查审议。根据工作需要，大学分科会有时单独设立特殊部会或工作组，具体落实相关大学政策的调研、提议工作。

2013年6月，大学分科会设立组织运营部会，专门研究大学内部治理问题。2014年2月12日，在组织运营部会报告的基础上，中央教育审议会大学分科会向文部大臣提交《关于推进大学治理改革》[10]报告，主要从大学、政府和社会三个层面阐述了推动大学治理改革的基本思路。

报告认为：对于大学来说，治理改革应该坚持大学原来的自主、自律治校原则，今后要在大学校长领导下，推进大学自身的治理改革。大学法人化以后，虽然法律规定教授会不具有学院人事权，但要加强对法律的正确理解，推进教职员的意识改革。大学法人化10年后，是否仍然在单纯延续过去的内部规制，大学自身和各个院系应该进行全面检讨。通过国家的制度调整，强化校长辅助体制，明确教授会的审议事项，进一步确认决策主体及其责任，排除权力重复，简化审批手续，确立校内各级决策过程。为实现教育研究和社会贡献机能的最大化，校长应努力实现校内资源配置的最优化。治理改革不可能一次性结束，而要经常以最佳治理体制在运行过程中不断调整。

报告强调：各大学在与国内外大学竞争过程中，要以人才培养和创新为基地，最大限度发挥教育研究机能，在校长的领导下，必须构建战略性大学管理的治理体制。为此，各大学要坚持主动性、自律性全面检讨和调整治理体制，最大程度上实现教育研究和社会贡献机能。在校长领导下构筑能够充分发挥大学优势和特色的治理体制。为确立校长领导和改革教职员意识，政府将实施有效的制度改进和富有弹性的支持。社会要积极与大学进行联系，成为校长领导的后盾。

对于国立大学来说，加强大学治理改革主要包括五方面工作：

（1）确立校长领导力：强化校长辅助体制，设置常务副校长。设立高级专业性职位，强化专业研究和学校研究，充分利用大学经营会议等。重组人事岗位，确保人事招聘的合理性、建立依据工作绩效评价的工资制度。根据校长的设计进行预算编制和分配，确保校长裁量经费。校长通过坚定不移的改革方针和基于客观数据的说明，担当责任，推进组织变革。

（2）校长选聘和业绩评价：选聘组织要具有主体性，公示大学的使命和对校长的要求，在确认候选人未来计划的基础上决定校长人选。设定能够保证校长稳定工作的校长任期。由校长选聘组织和监事对校长进行业务评价，并对不能胜任者予以解聘。

（3）任命认同校长治校理念的学部长，由校长对学部长等进行业绩评价。

（4）明确教授会职能：审议教学课程编排、学生身份、学位授予，审查教师的教育研究业绩等。重新检查内部设置的各单位，实现审议事项的透明化。

（5）强化监事作用，检查学校治理状况，推进监事常态化。