2004年日本国立大学法人化以后，按照文部科学省的安排，各国立大学分别制定了自己的大学改革第一期中期目标和中期计划。文部科学省还委托第三者机构对各国立大学的改革与运营情况进行定期评估。按照文部科学省的改革要求，各国立大学要逐渐建立自己的内部调研评价机构，主要任务是评估自身改革的主要目标、计划和执行情况，系统跟踪大学改革与运营相关的管理信息，直接向校长通报大学相关动态数据和提供政策建议。

2012年6月，文部科学省发表《大学改革实行计划——社会变革引擎的大学构建》[8]，强调日本面对少子高龄化加剧、地方社区衰退、全球化引起的无国界化、新兴国家诱发的竞争激化等巨大变化和东日本大震灾等国难，必须开展可持续性和充满活力的社会变革。大学及构成大学的利益相关者，负有培养社会变革人才、构建作为知识基地的世界性研究成果和创新创造的重大任务，应该力求推进适应国民和社会需要的大学改革。应在重新定义各大学使命的基础上，对所有国立大学的学院和研究生院进行重新定义，构建国立大学的新体制，强化机能。因此，今后逐步制定“大学远景”“国立大学改革基本方针”“国立大学改革计划”，不断推进国立大学改革。

2013年6月14日，日本政府提出《日本再兴战略》。关于大学治理改革问题，日本再兴战略强调要“明确教授会的作用，重新调整院处长等作用，强化大学的治理机能”。同日，日本内阁还出台了《第二期教育振兴基本计划》。作为教育振兴的基本措施之一，其中专门设立了“大学治理机能强化”条目，主张“各大学为进行适应学生、地域、社会需要的高质量大学教育，应在整备确立校长或理事长领导能力的环境、基于评价分配资源等强化大学治理机能的必要支持”。

基于日本政府提出的《日本再兴战略》和《第二期教育振兴基本计划》以及中央教育审议会关于《今后大学教育等存在方式》的大学改革精神，2013年11月，文部科学省制定了《国立大学改革计划》[9]。该计划是在国立大学法人化的基础上对国立大学改革的进一步深化，目的在于使“国立大学在自律、自主环境下发挥国立大学活力，采取积极行动，推进优秀教育和特色研究，建立更加富有个性和丰富魅力的国立大学”。

《国立大学改革计划》强调，在第二期目标期间（2010—2015）以及改革加速期间（2013—2015），以国立大学改革计划规定的各种事项为中心，加强了国立的全球化、创新化机能和人事工作制度弹性化。在第三中期目标期间（2016—2021），要最大限度发挥各大学的优势和特色，通过构筑自我改善和自我发展的组织结构，建设具有可持续性竞争力和能够创造高附加值的国立大学。

关于强化各国立大学机能，主要包括：（1）建立世界最高水平的教育研究基地，培养能够进行相互竞争的优秀人才，形成世界一流的教育研究基地；（2）打造全国性教育研究基地，形成跨域大学和学院框架的日本一流研究基地和向世界开放的教育基地，培养领导亚洲的技术人员；（3）形成适应区域需要的人才培养基地，打造能够解决各种现实问题的区域智库。为此，必须努力构筑自主自律进行改善和发展的大学组织框架，构建能够适应社会变化的教育研究组织，开展国际水准的教育研究，积极支持留学生活动，支持大学创办风险企业，培育理工系人才的战略思维，加强人事工资制度的弹性化，强化治理机能。

在第三中间期大学改革中，要发挥校长的领导力，构筑进一步增强各大学特色的治理结构。首要目标：打造能够不断调整教育研究组织和校内资源分配的治理环境，充分利用海内外优秀人才，建立充满教育研究活力的人事工资制度。到2020年，使日本学生赴外留学人数由2010年的6万人增加到12万人。日本接受海外留学生人数从2010年的14万人增加到30万人。使日本大学进入世界排名100强的大学达到10所。今后10年中，创造20个大学发起的新产业。