90年代泡沫经济崩溃以后，随着日本经济形势变化和道路建设压力的缓解，道路建设投资本身日益演变为影响经济发展和造成财政紧张的重要因素。然而，日本高速公路建设管理体制的变革，不仅涉及各利益集团经济利益的重大调整，而且可能直接动摇各政治势力的后援基础。因此，以“道路族”为首的相关组织和政治势力对道路公团改革进行了长期的抗争。对于道路建设四公团的改革，“特殊法人等合理化整理计划”强调：应废除日本道路公团、首都高速公路公团、阪神高速公路公团、本州四国联络桥公团，代之以新的组织形式。新组织应该以民营化为前提，到2005年以前，尽快实现改革。为确保新企业的经济效益性，应成立第三者机关，由其制定具体的改革方案，并于2002年中形成具体方案。2002年以后，国家不再投入资金。今后应调整道路事业建设规格，引入竞争，努力降低事业经营成本。对于以收费为前提的偿还期间，以50年为上限，尽量缩短偿还期间。对于其他采取直辖方式的路线建设项目，在编制年度预算时进行具体探讨。在首都高速公路公团和阪神高速公路公团实行民营化时，对于相关费用，应该实行政府和地方的分担原则。在进行本州四国联络桥公团民营化时，为了确保债务清偿，由政府道路预算、相关地方公共团体共同负担，并继续探讨灵活的收费制度。

在小泉政府积极推动和引导下，日本各界形成了强大的改革声势。为了声援公团民营化，以学者、经济界人士、新闻记者、政界人士为中心的“推进日本再建改革700人委员会”，专门组成了“道路公团民营化问题分委员会”，直接对道路改革问题提出建议。由道路公团OB会组成的“道路公团改革100人委员会”也发出呼吁，号召公团职员“不要屈从上面压力，鼓足勇气，面对改革，仗义执言，勇于行动”。“道路公团改革100人委员会”虽然内部意见并不统一，但他们对道路公团的经营和管理现状极度不满，要求顺应改革潮流，力促公团总裁反省。然而，由于当时的扇千景国土交通大臣一味包庇藤井总裁，直到石原伸晃担任国土交通大臣之后才最终解除了藤井的总裁职务。

特殊法人与日本政治有着千丝万缕的关系，因此，日本道路公团等特殊法人的改革直接牵动着以自民党为中心的利益集团利益，因而遭到自民党道路族议员强烈反对。道路公团民营化的焦点在于道路公团巨额债务的偿还与高速公路未执行计划的建设问题。自民党道路调查会长古贺诚指出：“9342公里中残存的2300公里应早期完成，从计划、建造到管理都是国家的责任，这一点应该在国会上加以明确。”在国会内部召开的执政党高速公路建设促进议员联盟会上，前政策调查会长龟井静香强调说：“由没有国会议员参加的机关来决定包括（高速公路建设）先后程序在内的全面改革，是对议会制民主主义的否定。这是要坚决反对的。”因此，在执政党与国会内部，形成了与小泉内阁路线尖锐对立的强大反对势力。道路族和地方团体纷纷登台，极力争取国家出资的高速公路建设权，并要求公开讨论“高速公路建设优先顺序表”。国土交通省一方面要配合道路公团民营化改革，一方面却在加紧高速公路建设。扇千景国土交通大臣对民营化改革采取消极抵制态度，并提出了“日本高速公路股份公司”移转方案，主张以20年为目标实行民营化。道路公团更是消极对待政府推动的民营化改革。面对各种政治势力的极力反对和百般阻挠，能否顺利推进道路公团改革，不仅直接关系着小泉内阁所倡导的民营化改革和构造的改革路线能否贯彻，而且还直接影响着小泉首相的政治生命。

根据《特殊法人等整理合理化计划》，2002年6月7日，日本国会通过“道路相关四公团民营化推进委员会设置法”。6月24日，作为第三者咨询机构，“道路公团民营化推进委员会”宣布成立。根据法律，小泉首相直接任命了民营化推进委员会的人选，并获得国会通过。道路公团民营化推进委员会由今井敬（经团联名誉会长）任委员长，此外还有中村英夫（武藏工业大学教授）、田中一昭（拓殖大学教授）、松田昌士（JR东日本会长）、大宅映子（评论家）、川本裕子（麦肯锡高级顾问）、猪濑直树（作家），共7名委员组成。

在道路公团民营化推进委员会议事过程中，围绕如何进行民营化改革问题，各委员之间出现了严重意见分歧。委员长今井敬、道路工程学专家中村英夫强调道路建设必须国家经营，反对停建高速公路。今井委员长强调，“不能提出与行政不相适应的报告”，“否则法案不会得到国会通过”。今井的观点与国土交通省和道路族的意见较为接近。田中一昭和松田昌士曾经参加过土光敏夫主持的第二次临时调查会工作，主张尽快彻底实现民营化。在审议过程中，由于今井委员长的暧昧运营和猪濑委员的长篇大论，几乎占据了整个审议时间。2002年8月30日，在今井、中村和猪濑的一致推动下，提出了一个“上下分离”的中间报告方案。该案与国土交通省道路局制定的方案基本相同，可以说基本代表了国交省的意见。对此，川本和田中委员坚决反对。后来松田又提出了“以10年为期，实现上下一体”和“抑制建设”方案，结果得到多数人同意。但委员会内部却形成了5:2的对立格局。

在民营化推进委员会开始审议道路公团民营化方案之初，就曾要求道路公团提供反映其经营状况的财务诸表。然而，道路公团以基于偿还主义的考虑，不存在公团决算以外的数据为由，拒绝提供相关资料。在委员会的审议过程中，为了反映道路公团经营现状的财务状况，川本委员计划采取模拟推算方法，但遭到今井、猪濑的反对。为了系统了解道路公团的财务状况，根据民营化推进委员会的意见，2002年10月7日，作为民间第三者专门机构，设立了“财务诸表研讨委员会”，早稻田大学商学部加古宜士教授担任委员长。为了对付财务诸表研讨委员会，日本道路公团总裁藤井将当时的经理部负责人作为“左迁人事”调往地方。2003年6月15日，财务诸表研讨委员会公布按照民间基准核算的财务诸表。据此，除本四公团之外，其道路公团资产全部没有超过债务。

经过35次审议，2002年12月6日，民营化推进委员会对最后意见进行表决。由于今井委员长反对多数表决意见，决定辞去委员长职务，并中途离开会场。最后委员会以多数形式通过了民营化推进委员会的意见书，并提交政府。民营化推进委员会主张将日本道路公团分为5个高速公路公司，分别负责各区域道路的运营、管理、建设等职能，并继承道路服务区等相关资产和债务。作为政府全额出资企业，从道路保有机构承租道路资产，并偿付租赁费用。设立道路保有和债务返还机构，继承四公团所有道路资产及其长期债务，负责债务偿还事宜，降低通行费用，实施弹性费用下降政策。

2002年12月17日，小泉内阁发表关于道路公团改革的意见：“政府在基本尊重道路公团民营化推进委员会意见的方针下，基于同委员会已经取得的成果，充分研究审议过程和意见内容……最后形成具体的改革方案。”然而，对于民营化推进委员会的决定及其所提出的方案，小泉内阁事实上采取了消极态度，自民党内部也强烈反对，而道路公团和国土交通省则采取了不合作或积极抵制的政策。日本道路公团不仅不按照民营化推进委员会要求提交相关资料，而且以藤井总裁为首道路公团领导层还私自组织咨询委员，制定反对民营化的抵制方案。面对藤井总裁等公团领导层的抵制，国土交通省大臣扇千景一直采取暧昧态度。石原担任国土交通大臣以后，没有立即解除藤井职务，而是选择在民主党和自由党召开合并大会的当天，突然要求藤井总裁辞职，借此转移媒体和国民的视线，削弱新民主党的影响，为自民党改革行政争取更多关注。2003年11月28日，国土交通省向政府和执政党协议会提交了民营化的基本方针案。