在80年代的自由主义改革运动中，按照临时行政调查会的行政改革路线，日本实现了日本国有铁道、日本电信电话公社和日本专卖公社的民营化。进入90年代以后，由于经济泡沫崩溃和日本政局动**，日本政府疲于应对萧条不振的日本经济，一直难以提出行之有效的经济重振方案。严格说来，20世纪80年代铃木、中曾根内阁时期已经揭开了第三次经济体制改革的序幕，其标志性成果是在经济自由化的国际大潮下推行了规制缓和和国有企业民营化。但是，平成景气的繁荣反而延滞了改革的进程，以致在进入90年代以后，日本政府必须同时面对经济重振和改革深化的两大课题。由于1993年宫泽内阁垮台后自民党长期执政的时代结束，政局不稳成为常态，甚至出现一年内政府三次更迭的现象，导致世纪之交的经济体制改革走走停停，经历了一个曲折的过程。

1991年11月，宫泽内阁成立，这是自民党单独执政的最后一个政权。面对经济急剧滑坡，自民党权钱交易丑闻屡屡曝光的两大棘手难题，宫泽内阁无暇顾及改革，而是把恢复景气作为政策重点，大幅度降低存款利率，大规模投入公共资金，推行扩张性财政政策。在党务运营方面，宫泽无力控制党内“造反”局面，自民党出现分裂并终因“内乱”失掉了政权。此后，日本政治进入大分化、大重组时期。1993年8月，细川护熙为首的党联合内阁成立后，“变革”的调门高昂，还曾一度提出了设立“国民福利税”方案，但方案刚一公布就遭到反对，被迫在“一天半后收回”[16]，结果改革雷声大雨点小，最后不了了之。

1994年6月羽田内阁短命而终后，社会党和自民党这对战后以来的“老冤家”结亲，组成了以社会党党首村山富市为首的新内阁。村山内阁的经济政策是试图在改革和恢复景气的二者间寻求平衡，然而1995年1月发生的阪神大地震完全打乱了既定计划，村山内阁成了“救灾内阁”。具有讽刺意味的是，一贯反对消费税的社会党竟在自己执政期间把现行的消费税率由3%提高到5%，党的“气节”受到了质疑。

1996年1月，桥本龙太郎出任首相，组成三党联合内阁。在施政演说中，桥本基于“从本国的经济近况看，个人消费和设备投资正在恢复，生产方面也出现好的征兆，经济的恢复开始呈现出摆脱缓慢的原地踏步状态的种种迹象”[17]的乐观判断，声称本届政府的使命就是“变革”与“创造”，为此要把20世纪最后的五年分成三个阶段，以一年时间实现经济的真正复苏，以三年时间推行经济结构改革，之后开始调整和完善21世纪型的社会经济基础。

1996年11月，自民党在战后首次实行的小选区制选举中获胜，桥本连任并第二次组阁。由于社会党退出联合政权，桥本觉得可以大干一场了。在桥本内阁提出的财政改革、金融改革、经济结构改革、社会保障改革、行政改革和教育改革等“六大改革”方案中，经济体制改革的内容占了四项。

与以往在部分领域渐进式推进的改革形成对照，桥本内阁的经济体制改革是激进式的一揽子改革。但是，这种休克疗法式的改革超出了社会的承受能力，遇到了包括自民党乃至桥本派内部等各种既得利益集团的强力抵抗，刚刚出现转机的经济也被一闷棍打了下去，加上东亚发生货币金融危机，经济状况再次急转直下。1997年11月，桥本内阁在党内的压力下，暂时冻结财政改革计划，并极不情愿地推出紧急经济对策，扩大了公共投资并实行减税。由此，桥本内阁陷入推进改革和恢复景气两面作战的困境。

桥本内阁试图全面改革日本经济、政治体制，并提出了“六大改革”方案。1997年12月，“行政改革会议”在其最终报告中指出，特殊法人等存在着经营责任不明确、事业运营的非效率性和非透明性、组织和业务的自我膨胀、经营自律性的欠缺等严重问题。从一定意义上说，桥本改革是中曾根时期行政改革路线的继续，虽然其改革最后以失败而告终，但是桥本改革时期确立的特殊法人改革路线却逐渐得以实施。2000年12月1日，日本政府公布“行政改革大纲”，将特殊法人改革列为改革现行政府管理体制的首要任务。大纲提出，改革不能仅仅停留于特殊法人组织形式的变更，而要对特殊法人所经营的公共事业从根本性加以调整，在综合研究特殊法人所经营的各项具体公共事业的基础上，废除特殊法人或对其实行民营化。

1998年7月，“好人”小渊惠三组阁。小渊内阁虽然原则上继承桥本政府的改革路线，但在处理不良债权等问题上采取了更加务实和稳健的措施。在景气对策上，为了制止经济下滑，完全放弃了桥本内阁制定的财政重建计划，接连抛出大规模减税和扩大财政投资措施，为刺激景气恢复而投入的公共资金创造了历届政府纪录。在强力的景气刺激政策下，连续两年负增长的日本经济出现了回升。