在与财产税法颁布之前，作为临时性财产税制度的重要内容之一，日本政府还推出了战时补偿特别措施法。所谓战时补偿，是指日本在侵略战争中由政府以命令或契约形式承诺支付的各种费用和债务的补偿，主要包括军需品订货补偿、被征用船只沉没补偿、工厂疏散补偿等。其补偿对象主要是为侵略战争提供后方服务的日本大企业和金融机构。战争期间，许多大企业由于投入军需生产和工厂疏散，导致背负巨额借款和政府债务。战后这些企业如果不能获得必要的补偿，必然陷入经营危机甚至破产。而曾经给这些企业大量贷款的银行也会因此而陷入经营困境。与政府补偿相关的保险公司、船舶公司等同样将面临大量破产。以住友金属工业公司为例，战后该公司资本核算合计为6.4亿日元，其中总负债额为14.2亿日元。因此，住友申请的战时补偿额为17.6亿日元。如果获得这些战争补偿，住友不仅可以还清债务，而且还可以继续重建，否则可能面临破产的境地，而对其进行贷款的金融机构住友银行也将面临危局。

1945年，日本战败后，币原内阁承诺以财产税和个人财产增值税等临时课税为税源，继续支付上述补偿。按照日本政府统计，当时日本政府及地方公共机关需要支付战时补偿为917亿日元[29]。然而，如果继续支付战时补偿，势必造成更大程度的通货膨胀。因为战时补偿最后只能通过增发公债来解决，而增发国债势必继续增大财政赤字。大内兵卫认为，基于日本经济崩溃的现实，必须终止战争补偿，减轻财政负担，应该寻找一条使企业和国民走出谷底的财政再建道路。

日本政府试图继续支付战时补偿的政策与GHQ抑制通货膨胀的政策发生了严重冲突。1945年11月24日，GHQ在向日本政府发出的《关于没收战时得利和经济再建备忘录》中明确指出：“在完成必要立法措施之前，日本政府、下属机构、代理机关、其他机关及一切人员，关于军需品的生产、供给、战争损害或军需工厂建设及变化所产生的一切请求权”，“未经本司令部许可，日本政府、下属机构、代理机关、其他机关不得行使”公债、信用、不动产处分、公共事业或企业利益出售等活动。由此，暂时中止了日本政府所承诺的战时补偿活动。

1946年5月20日，吉田内阁成立。围绕财产税和战时债务补偿问题，日本政府与GHQ继续讨价还价。石桥湛山等反对停止战时债务补偿。他认为，如果政府放弃战时债务补偿，会破坏作为自由经济根本的契约精神，必将沉重打击日本经济。围绕战时债务履行问题，对日理事会内部也进行了激烈的讨论。苏联代表强烈要求日本政府终止履行战时债务。7月19日，麦克阿瑟致信吉田茂首相：“对于法人及企业的军需补偿支付问题，已成为联合国军进驻以后产生争议最多的经济问题之一。对此，虽然经过长期讨论，但日本方面相关人员的见解与我方财政经济专家的主张，我认为没有妥协的余地。”“我反对大藏大臣主张的政府补助政策，这里所说的被广泛认可的金融及课税等相关原则，完全没有论辩的余地。而且我坚信，这些措施将成为有利于日本帝国政府恢复和再生国家经济的基本政策。”[30]麦克阿瑟要求日本政府严格执行GHQ意见，立刻起草相关法案。迫于美国占领军的强大压力，8月8日，日本政府被迫接受GHQ意见。

1946年10月30日，日本政府以天皇敕令形式颁布实施了《战时补偿特别措施法》。依据《战时补偿特别措施法》，日本政府承诺继续对战争期间由政府担保或需要支付的各项费用、损失和契约等负有补偿责任，与此同时，日本政府强行征收100%的战时补偿特别财产税，因而事实上是终止了战时补偿。对于已经补偿的部分，则要求接受方除保留必要的法定份额外，一律按财产税形式进行100%课税。根据该项法律，将对917亿日元的战时补偿债务全额征税。

战时补偿特别税的征收，使由于战争而导致的各种军事订货费用、工厂搬迁费、船只损失费以及由政府担保的许多债务被一笔勾销，原来以及支付的各种费用，则需要以税收形式交还政府。根据日本《国税统计年报书》（昭和22—26年度）统计，到1951年，共征收战时补偿特别税合计575.37亿日元。[31]当然，需要说明的是，上述金额虽然主要是数字上的意义，但是对于日本政府来说，这不仅是免除了其巨额债务，而且一定程度上缓解了政府财产压力。对于一般日本国民来说，实质上也是一次社会财产再分配的过程，因为政府债务最终还是要由国民承担。

在当时五大银行和兴业银行的融资业务中，80%以上涉及战时债务。因此，终止债务补偿必将导致金融机构、保险公司和大企业陷入债务危机。1946年8月11日，日本政府修改金融紧急措施令，将全部冻结存款分为第一冻结存款和第二冻结存款。前者可以取出，并保证其存款安全。后者则不允许取出，在金融机关整理时，作为剥离对象处理。与此同时，作为补充措施，颁布《会计经营应急措施法》《金融机关经营应急措施法》等经济救济方案，将金融机关的资产和负债分为新账户和旧账户。新账户资产是指那些不受终止战时补偿影响的国债、地方债，其负债部分作为第一冻结存款和新发行纸币的存款。旧账户资产是指股票、不动产和贷款等资产，其负债部分为第二冻结存款和资本金、剩余金。根据该经济救济方案，金融机关以新账户形式继续营业，以确保日本经济正常运转。为填补金融机关的损失，政府只能暂时冻结普通居民存款。第一冻结存款虽然于1948年7月21日宣布解除，但是，从1946年2月到1948年7月，物价急剧上升，根据《日本银行调查局批发物价指数：明治20年—昭和37年》统计，批发物价指数上升11.7倍。也就是说，当其存款取出时，其实际价值仅为原来的十分之一。