对王先谦的研究，已经从资料整理到整体研究、专题研究，以至于作为中国近代思想家的代表之一来给予高度重视了。[6]对于《日本源流考》，中国和日本学界的评价历来有赞扬和批评两种论调。这里仅举日本学者的议论，由此可见一斑。如盐谷温就对王先谦的经世意识很赞赏，他说：

先生夙有经世之志，曾叹曰：今国家之急务在海军，民之要图在商务。朝士无论矣，草野二三君子，以振兴世道为己任，不思尽心实事，挽救阽危，而相扇以虛名，专念鼓动世俗，即使率土觉悟，太息呼号，而无开济之道。譬犹举家醉卧，遽然梦醒，束手相顾，以须盗之入室，所谓固圉而保种者，果安在乎？（复毕永年书）《日本源流考》《五洲地理志》之著作实出此一片婆心。或有非难者谓此等书可以不作者，乃未知先生者也。[7]

20年之后，在长沙留过学的松崎鹤雄的看法则有所不同了。他认为：

《日本源流考》虽无可观者，而倭寇之事写得有些异样。倭寇在中国的历史中只写日本人之坏，实际上其过半为中国人冒倭寇之名而进行掠夺，我认为此乃公平之论。[8]

中国学者则认为，王先谦的《日本源流考》一书“以十分之一强的篇幅，辑录了明嘉靖、隆庆、万历时期民族英雄戚继光、俞大猷领导抗倭和东南沿海人民自发抗倭的历次大捷的有关资料。他编纂此书正当甲午中日战争和八国联军侵华之际，用较多篇幅缅怀中国人民抗倭的英雄业绩，应该说是寓有深意的。”[9]这种“深意”有人则明确表述为在于“着意表彰了明朝沿海人民抗倭的英雄业绩，意在激励中国人民抵抗外来侵略。”[10]这是可以理解的。

半个世纪之后，中日文化交流史专家石原道博也专门研究了王先谦的《日本源流考》，给这本书一个基本的定位：

我是第一个举出《吾妻镜补》（1814年翁广平著）、《日本国志》（黄遵宪著1895年刊）、《游历日本图经》（傅云龙著1888年刊）、《日本源流考》四本书作为清代日本研究之最，顺次考察的结果，认为每本书各有其特色，由此至少可以推测日俄战争之前清人的日本观、日本认识、日本理解。[11]

石原的文章中对王先谦该书中有关倭寇的记述也很在意。如在论及卷十三、十四（后伏见—后小松）时说：“‘倭寇’之记事递增。”论及卷十五（称光—后奈良）时说“所谓嘉靖之大倭寇一出现，王先谦的引用文也突然增加了。”这也的确是该书的一个重要特点。

从以上的各种评论中也大概可以知道《日本源流考》的一些特色了。王先谦自身是很重视这本书的，他的自定年谱中记载，在光绪三十四年（1908）“兹将所著《尚书孔传参正》《汉书补注》《荀子集解》《日本源流考》四种，装潢成帙，恭呈乙览。”这些在他看来都是“研精覃思”，“洵可以信今而传后”的著作。对于《日本源流考》二十二卷，他自评说：“于彼国治乱得失、政事学术，皆能窥见本原，而以编年之体，旁搜官私记载，用能择精语详。”他也因此而得到朝廷赏识，“加恩赏给内阁学士衔”。[12]

《日本源流考》一书的用意，实际上作者在该书的序言中已经说得很清楚了。他说：

天下禅代，独日本世王，非但其臣民有所鉴戒取舍而然也。以岛国孑立无邻，故外侮亦弗及焉。然自番轮飚至，重关洞开，情势岌岌。赖豪杰云集，谋议翕合。上下之情通，从违之机决。捐弃故技，师法泰西，曾不数年，屹然为东方强国。余尝考其变法之始，倍难于他邦，……乃自西国扰乱，而将军乞退；议改郡县，而梗命即败；群谤蜂起，而执政不挠。遂以经纬区寓，焕然起维新之局。呜呼，岂偶然哉？

夫举一国之政而惟外邦之从，匪易事也。而日本行之如转圜流水，此其故亦有二：一则地悬海中，事简民朴。……其前无所因，故后并不得谓之变。非我中国每事拘牵旧章，沮隔群议者比也。一则……我中国塞聪蔽明，百务苟且。台湾生番之偿金，隐中其机权；甲午北洋之利益，饱张其威力。故彼国之士气咸伸，而更新之机势大顺矣。考其内政所施，惟力课农桑，广兴工艺，为得利之实。而以官金资助商会，知保商即以裕国，从而维持附益之，斯得西法之精者也。……

日本得志之后，所刊《维新史》《法规大全》诸书，扬翊过情，观之徒乱人意，不可概执为兴邦之要道也。是书成，因附述鄙见，以质当世如此。至日本史家文章之美，览者自得之，故不复云。光绪二十七年岁次辛丑秋九月。[13]

简而言之，王先谦认为日本和中国一样，都经历过“西国扰乱”，都实行了变法，但日本之所以能够“焕然起维新之局”，既保住万世一系的王位，又“屹然为东方强国”，这确非易事。他分析其原因，首先是日本民风简朴，不像中国这样“每事拘牵旧章”，没有这么沉重的历史包袱，变起来就相对容易一些；其次，因为“中国塞聪蔽明，百务苟且”，而日本在外交上费尽心机，屡屡使中国“隐中其机权”，日本不仅因此获利巨大且“士气咸伸，而更新之机势大顺矣。”另一方面，在内政上也很务实，各种措施，能“得西法之精”。

但同时，王先谦也提出，不必事事慕效日本，而且日本所总结的成功的经验之谈如“所刊《维新史》《法规大全》诸书，扬翊过情，观之徒乱人意，不可概执为兴邦之要道也。”如何“治数千年文教之邦”，他的结论是：“必以放勋之劳来辅翼为心，匪特不争其利，亦并不预其事，鼓天下之智力，以求保我君民共有之元气。国家灵长之祚，或在兹乎！”一方面要讲“务开广地利，毋俾他人我先”，同时也不能不讲尧舜之道。这也表现出处于社会转型期中国知识分子的一种比较典型的心态，不能简单地贴上保守甚至反动的标签了事。