关于东京审判对被告的“取舍选择方法”，首席检察官季南在始讼词中说到，被起诉的28人中有并不重要的，或者处于权力最高地位的被遗漏了的情况，这是因为“在某一场合或多种场合，日本政府中宪法上认可的占最高地位的，即便是法律上的指导者，却不是事实上的指导者。”[1]这可以说是在为昭和天皇裕仁开脱责任。不起诉天皇，除了日本方面和以麦克阿瑟为首的盟军占领总指挥部之间的秘密媾和与强行推进之外，也被认为是“基于各同盟国的共同利益”，据说季南说得更直白，他表示“作为联合国，完全是从政治的理由决定不起诉天皇，这件事情虽然不是心甘情愿，但是连斯大林都答应了。”而日本的辩护人之一泷川政次郎感叹说：“联合国惩罚的铁锤，没有打中日本的要害之处，这不仅是日本人之大幸，也是联合国民之幸。我们不能离开天皇问题来谈东京审判。这就如同离开皇室来谈日本历史一样。因为无论如何，东京审判史，是日本历史的最悲惨、最痛苦的一节。”[2]没有追究天皇的战争责任，是福是祸，且另当别论，特别是加上麦克阿瑟后来对东京审判的意义和日本侵略战争的性质的认识都有很大的变化，[3]以及很多日本人将印度法官帕尔（Radhabinod Pal，1886—1967）所提出的判决书[4]误解为“日本无罪论”，[5]甚至利用他来为肯定军国主义者做宣传，这些都使得对战争责任问题的认识更加复杂化了。

的确，在帕尔判决书的最后，他强烈主张“对各个被告的所有诉状中的各项起诉事实应该全部定为无罪，而且应该全部免除这些起诉事实。”[6]这除了与他的“反共意识形态”的政治立场及其历史观有关之外，主要是出于从国际法的理论上对规定什么是“侵略战争”的困难而得出的结论，[7]决不表示他认为“日本无罪”或“肯定大东亚战争”。相反，他对日军在战争中所犯的残酷行为的“无比邪恶性”、“如同鬼兽一样的性格”表示了极大的愤慨和道德上的谴责。[8]而且明确指出不能将日本在某一特定时期所采取的政策或由此政策所采取的行动“正当化”，因为“日本的为政者、外交官及政治家们，很可能是错了。而且很可能是亲自犯了错误。”[9]而法庭在大量的事实的基础上，最终宣判“实现侵略战争的共同策划是最高的犯罪”。为了实现侵略战争的那些广泛的各种计划、进行长期的侵略战争的各种复杂的准备以及侵略战争的具体实行，不可能是哪一个人的工作，只能是众多的指导者相互谋划配合的结果，法庭宣判“这种共同谋划威胁了世界人民的安全，其实行破坏了这种安全。”[10]对战争罪犯进行了制裁。

在进入21世纪之后，“日本无罪论”仍然被一些日本人作为最能够反映“帕尔法官和东京审判的真实”来加以推崇；[11]而另一方面，如《朝日新闻》社论所言，“在回到战后的原点时，无论如何也不可避免的是围绕昭和天皇的战争责任问题。”并直率地指出“从统帅陆海军、一切都是以天皇的名义向‘皇军’下达命令来看，天皇的战争责任是一定不能避免的。”[12]战争责任问题不论是在战后日本的政治家还是学术界中也都仍然是一个争论不休的敏感话题。那些全面否定东京审判，或批判“东京审判史观”[13]为一种“自虐史观”，[14]而主张一种“自由主义史观”[15]的企图归根结底是要求重新总结“大东亚战争”。[16]他们的思想和言论，可以说与明治时代以来连绵不断的国家主义、皇国思想具有密切的关系。