《日本国志》虽然采用传统的典志体裁，但有不少地方推陈出新，具有自己的鲜明特色。作为近代中国人编纂的第一部系统研究日本的大型史籍，《日本国志》在体例上主要具有以下几个特征。

（一）名从主人，实事求是黄遵宪摒弃了中国传统史书推崇“华夷之辩”的妄自尊大态度，而采取实事求是、平等相待的叙述立场。在《日本国志·凡例》中，黄遵宪批评“以内辞尊本国，北称索虏，南号岛夷”的传统史笔乃“狭陋之见”，反对将他国之君无端“易其名号”，主张“史家纪述，务从实录”。在《日本国志》中，按照《谷梁传》中的“名从主人”原则，“曰皇曰帝，概从旧称”，且官名、地名、事物名称，亦“皆以日本为主，不假别称。”

同时，在《邻交志》中，黄遵宪也批评了日本史学家德川光国的《大日本史》及青山延光的《日本纪事本末》为尊崇日本国体，摒弃汉魏时期朝贡封拜事，而将中日交流断自隋唐的态度，指出“史家旧习，尊己侮人，索虏岛夷，互相嘲骂。丽国列日本于东夷传，日本史亦列隋唐为元蕃传；中国称为倭王，彼亦书隋主唐主。譬之乡邻交骂，于事何益？”，同时提出自己的著述立场：“今此篇谨遵条约睦邻国书之意，参采中国日本诸书，纪事务实，不为偏袒，曰皇曰帝，亦不贬损，所以破儒者拘墟之见，祛文人浮誇之习也”（《邻交志》一）。这种“纪事务实，不为偏袒”，亦即尊重历史，实事求是的态度，作为《日本国志》的总体指导思想而贯穿始终。

（二）详今略古，详近略远

与《通典》《通志》等传统典志书籍不同，《日本国志》并不注重详述日本各种典章制度的沿革史，而是将主要笔墨放在叙述明治维新后发生的巨大变化，特别是效仿西方推行的各项制度改革上。在《日本国志·凡例》中，黄遵宪指出：“检昨日之历以用之近日则妄，执古方以药今病则谬，故杰俊贵识时。（中略）日本变法以来，革故鼎新，旧日政令，百不存一，今所撰录，皆详今略古，详近略远，凡牵涉西法，尤加详备，期适用也”。他还表示：“考古即所以通今”（《日本国志叙》），主张发挥史书的经世致用作用。由此可见，黄遵宪编纂《日本国志》的意图之一，就是想通过详细介绍明治维新后日本走上近代化道路的具体历程，为中国的改革和施政提供一部生动的参考教材。

例如，《日本国志》中的职官、食货、兵志、刑法诸志，只在开篇略述其沿革史，然后便对明治维新后日本模仿西方资本主义国家，进行有关政治体制、经济体制、军事制度、法律制度等方面的一系列改革作了极为详尽的介绍，同时“借端伸论，又六万余言”（张之洞《咨文》引），通过许多注解和评论来阐发自己的见解，为中国的改革提出建议。如《刑法志》五卷，仅用数百字简述日本自古以来的法制概况，其余篇幅皆用于全文译载明治十三年（1880年）七月（原书作明治十四年二月）公布的《治罪法》480条及《刑法》430条。其目的就是希望中国能够参考这两部法典，编成一部具有近代意义的新宪法。[87]

（三）史论结合，中外比较

《日本国志》仿《史记》“太史公曰”之例，每志前后都附有“外史氏曰”的评论，用以阐发作者的思想见解。据笔者统计，全书共有“外史氏曰”的评论31篇。另外，正文之中也常常加以长短不一的双行小注，以对正文的内容进行补充、考证或者分析。

这些评论和小注，有的是对日本的历史规律进行总结分析，有的是对西方资本主义制度详加介绍考察，但更多的是对明治维新后日本政府所采取的各种政策措施进行研究剖析，并与中国的实际情况加以对照，提出一些有益的建议，给人以很大启迪。

例如，在编完《国统志》后，黄遵宪对日本历史进行了总结，认为日本历史的“治乱之由”有四：“一在外戚擅权，移太政于关白”“一在将门擅权，变郡县为封建”“一在处士横议，变封建为郡县”“一在庶人议政，倡国主为共和”（《国统志》三）。

又如，《邻交志》下在叙述日本与洋的交流史后，黄遵宪笔锋一转，对治外法权展开了猛烈抨击。他批评西方列强明知治外法权“为天下不均不平之政”，但仍在亚洲极力推行，致使“今日治外法权之毒，乃遍及于亚细亚”（《邻交志》下一），并提出废除治外法权的具体设想。

“外史氏曰”的评论最多见于《食货志》，共计7篇。《食货志》共分6卷，详细介绍明治维新后日本的户籍、租税、国计、国债、货币、商务等情况。通过考忟研究，黄遵宪将西人治国理财之道，归纳为审户口、核租税、筹国计、考国债、权货币、稽商务六点，认为“六者兼得，则理财之道得而国富矣；六者交失，则理财之道失而国贫矣”（《食货志》一）。他还联系当时中国的经济现状，进行了广泛的比较研究。如关于税收制度，黄遵宪发现与中国“取之过轻，征之又不如额”的税收状况相较，日本及欧美的税收明显要繁重得多，然“询之欧罗巴人，亦终无一人怨其国之横征暴敛”。由此认识到国家税收的重要性，指出：“世人徒见英俄法美船舰之多，金帛之富，而不知其岁入租税至七千万磅之多。假使中国岁入得有此数，必今日常税骤增五六倍，即铁甲轮路，一切富强之具，咄嗟而办，亦复何难！正为岁入不足之故，无论外务，即内国政令，亦不得不苟且敷衍，能静而不能动，谓非取之过轻之故欤？”（《食货志》二）文中大胆批评清朝政府所采取的过轻的税收政策，提出了仿效欧美加大税收的必要性。

（四）以表辅之，一目瞭然

在《日本国志·凡例》中，黄遵宪指出：“物非图则不明，事非表则不详”，因而书中频繁使用各种数字或文字统计表格，“以便阅者解带，触目了然”，使读者能够简洁明了地把握维新后的各种新变化。据笔者统计，《日本国志》收录的各类统计表多达130个，其中《食货志》有表40，居首位；以下依次为《兵志》37，《物产志》21，《地理志》19，《职官志》11，《天文志》1，《学术志》1。

另外，鉴于本书“编年纪月，不得不用日本年号，惟日本史中国颇少传”（《凡例》），黄遵宪特于卷首编辑了《中东年表》，将日本自崇神天皇元年（汉武帝天汉四年，公元前97年）至明治十四年（清光绪七年，公元1881年）的中日纪元，逐年列成对照年表，以方便中国读者对照参考。

虽然黄遵宪言“今所撰地理志，以图附志”（《凡例》），但所刊各本皆未见《地理志》后载有附图。据黄遵宪回忆，驻日期间，“《日本国志》初属稿时，地理志附数图。（一兵制分管之图，一学校分区之图，一裁判所分设之图，一物产图）既定体制，拟草稿，遂托陆军参谋部木村某以精铜刻板，与之订约，并交去百金。”木村名曰信卿，时任陆军步兵少佐，黄遵宪委托他及其同僚制作四幅地图，其中包括六管镇台及分营、炮台之位置、名界等，但由于后来内部有人告发，“谓其卖国，以险要形胜输之中国使署，遽锒铛下狱，扃禁甚严”[88]，木村受到处分，所绘之图，亦被没收。[89]

1897年，《日本国志》改刻本发行之际，黄遵宪觉得“《志》中《凡例》

有附图之语，自不能略而不备也”[90]，打算将图补上。他曾从日本彿馆购得日本地图300份，但由于所载郡邑过于繁密，并不理想，故未补入。他还委托日本友人多方购买，然终未能遂愿[91]。今《日本国志》仅有表而无图，不得不说是一大遗憾。