争论主要是在执政党自民党及政府与在野党之间进行。

国会召开之前的法案之争主要表现为，各在野党领袖纷纷发表谈话，但他们尚未形成一致的反对势力。其中，社会党和共产党持坚决反对态度，公明党主张修改法案，而民社党则表示支持。

10月16日日本国会开始审议法案草案后，朝野双方的争论呈白热化。公民党放弃了同意修改法案的主张，民社党也由支持转为反对，在野党在反对法案上形成一致。

争论主要集中在几个问题上。第一，向海外派遣自卫队问题。在野党认为此举“违宪”，“给向海外派遣自卫队开辟道路”。执政党及政府认为，“向海外派遣自卫队的前提是不能将它用于武力威胁和行使武力，这是属于宪法规定范围的”。第二，行使武力问题。执政党及政府认为，参加合作队的自卫队补给船和运输机将不卸除通常的武器，自卫队员携带小型武器，受到攻击时可以自卫。在野党认为，在现代战争中很难区别前线和后方，而且后方往往首先遭到攻击，假如在后援中被卷入武力冲突而应战，就成了行使武力。第三，关于阻止向海外派兵的依据问题。在野党以1954年参议院全体会议上“禁止自卫队向海外出动决议”为依据。执政党及政府认为，“关于对维护和平活动提供合作，当时并没有想到要向海外派遣”。第四，关于亚洲各国的批判问题。在野党认为，《合作法案》实施会引起亚洲各国的反对。执政党及政府认为：“向联合国提供合作，是遵守包括代表亚洲的中国在内的联合国安理会的决议所做出的。对那种兼并弱国的不应有的行为如此纠正。有助于整个亚洲的和平与稳定。”此外，争论还涉及自卫队加入联合国部队问题及派遣与派兵的区别等等。

争论也在自民党不同派系之间进行。

持反对观点的国会议员，前官房长官后藤田正晴在接受记者采访时说：“虽然法案中说不使用武力，但是自卫队以组织形式参加合作队，不是有向海外派兵之嫌吗？作为日本来说，这是绝对应该避免的。”自民党内持不同观点的主要是党内最大派系竹下派，该派会长、国会议员、前副首相金丸信说：“自卫队的任务是专守防卫，不能让邻近各国感到不安。难道我们在现行法律的范围内就找不到更好的方法？难道惟有向海外派遣自卫队吗？”对此，海部认为：“我们觉得这是一项最完善的法案，所以才提出的。我坦率地说，与其争论是否修改法案的主要内容，还不如按照原样通过。”显然海部不同意党内以金丸信为代表的要求大幅度修改的主张。

争论也在新闻界展开。日本三大报纸——《朝日新闻》《读卖新闻》《每日新闻》纷纷发表文章提出反驳意见。

例如，9月28日《朝日新闻》发表文章，说：“自卫队以组织形式参加一事虽被认为是受辖于和平合作队，实际上却构成了向海外派遣自卫队的事实，”“日本尊重并原则上服从联合国决议……不等于说只要有联合国决议，就可以无条件地派遣和平合作队。日本政府应有主见地做出自己的判断。假如以组织形式将自卫队派往海外，日本战后的安全保障政策便会出现大转折，这也将是自卫队的转折点。”

综观上述争论，焦点就是向海外派遣自卫队问题。战后日本宪法明文规定，日本放弃战争，不拥有武力。1954年自卫队成立时，国会通过决议，禁止将其派遣到海外。然而自民党及政府内一些核心人物却千方百计要派遣自卫队到海外，其目的是要把日本推进政治大国行列，冲破战后和平宪法的束缚，参与世界纠纷的“战火”。再进一步说，就是要恢复战前局面，使日本成为“列强”争霸行列中的一员。