1956年12月12日，《日苏联合宣言》正式生效后，两国不仅恢复了邦交正常化，而且两国有关领土纠纷争论也进入新的阶段。

领土作为主权国家构成的基本要件，各国统治者及国民都要努力维护其安全。同样，对于有关领土纠纷各国统治者及国民也要在维护国家利益前提下，努力寻找自己拥有该领土的合理性，努力运用本国优势力量迫使对方做出让步，但是这种优势力量无法达到绝对化情况下，领土纠纷只能以长期对抗局势发展。

日俄两国领土纠纷可以说总体上是以对抗性局势发展，如果以阶段性来看，前期为1956年10月两国恢复邦交正常化后到70年代初，主要表现为苏联利用自己在政治、经济、军事上实力，企图迫使日本在领土纠纷问题上做出让步。后期为70年代后，随着日本经济、技术实力大发展，成长为资本主义世界第二大经济、技术强国后，又企图利用经济、技术实力迫使苏联在领土纠纷问题上做出让步。结果是双方优势力量很难形成绝对化，即很难形成足以迫使对方做出让步的地位。如在冷战形势下，日本虽然在政治、经济、军事等方面不如苏联，但是却得到美国等西方国家的大力支持，使得苏联这种优势力量不断被化解。同样在70年代初，随着日本经济、技术实力迅速发展，而苏联因与美国争霸进行军事竞争，导致经济发展急需外来投资，特别是戈尔巴乔夫时期经济改革困难急需外来资金投入，在此情况下，日本则以“政经不可分离”为原则，向苏联提出领土纠纷问题上让步来换取投入资金，但是其他西方国家的资金投入，也使日本这种经济、技术优势很难形成绝对化优势地位。

在1960年1月27日，即新《日美安全保障条约》签署后第8天，苏联政府向日本政府递交了强硬的备忘录，“苏联对于日本缔结破坏远东和平结构，对日苏关系发展形成障碍的新军事同盟，当然不能采取默认措施。该条约使日本丧失了独立，投降以来外国军队驻扎局面继续下去，因而出现苏联政府约定将齿舞群岛、色丹岛引渡给日本不可能实现的新形势。”2月5日，日本政府向苏联政府递交备忘录，指出苏联政府“把日美两国间的新条约与引渡齿舞群岛、色丹岛问题相联系，是极其不可理解的。……另外我国不仅对齿舞群岛、色丹岛，而且对其他日本固有领土也坚决主张返还到底。”2月24日，苏联向日本递交第二份备忘录，进一步指出，“日本方面提出齿舞群岛、色丹岛之外的领土要求是报复主义危险倾向，根据国际协定已经解决完了，是没有根据的领土要求”。此后双方长期不仅就齿舞群岛、色丹岛如何引渡问题，而且就是否还存在择捉岛、国后岛归还问题展开激烈争论。1960年5月1日，一架美国高空侦察机侵略苏联领空，结果被苏联击落并且还俘虏了飞行员。针对该事件中美国侦察机是从日本军事基地起飞，6月15日苏联发表声明，指出“有关驻日美军基地问题，如果日本参与军事纠纷，将要首先受到打击”。苏联向日本发出军事威胁的同时，也在有关地区加强武装力量。

两国间有关领土纠纷争论最多的，为双方是否还存在归还择捉岛、国后岛问题。这里实际上就涉及前文已经提到的“葛罗米柯与松本俊一信函”的产生背景及如何解读问题。在两国恢复邦交正常化谈判过程中，1956年8月9日，第十轮大使级正式谈判中，苏联表示准备将齿舞群岛、色丹岛返还给日本，但是前提条件为两国缔结和平条约后正式返还，同时要求日本承认苏联对库页岛南部及千岛群岛拥有主权。苏联的目的是促进两国恢复邦交谈判尽快达成妥协。但是仅收回齿舞群岛、色丹岛，日本方面对此并不表示满足，所以如何进一步收回择捉岛、国后岛成为此后日本争取目标。在经历艰苦争论的讨价还价，日本仍然无法实现目标的情况下，鸠山一郎首相决定暂时搁置领土问题，首先恢复两国邦交正常，然后再就领土问题交涉。1956年9月11日，鸠山一郎首相向苏联部长会议主席布尔加宁提出，“有关领土问题谈判为日后继续进行的条件下”，首先就渔业条约、互设大使馆、立即遣返被俘人员、日本加入联合国等问题进行谈判。[13]9月13日，布尔加宁主席回信表示同意，但是有关领土问题的处理未做明确表示。[14]这样日本决定派遣国会议员松本俊一赴莫斯科探询，并采用两国间正式通信方式，目的为日后有据可证。9月29日，松本俊一与苏联第一副外长葛罗米柯交换信件。松本信中提到“日本政府认为，两国正常外交关系恢复后，应继续进行关于包括领土问题在内的和平条约谈判”。葛罗米柯在回信中表示“苏联政府了解到日本政府信中所述之见解，同意在恢复两国正常外交关系后，继续进行关于包括领土问题在内的和平条约谈判”[15]。然而此后，两国就“葛罗米柯与松本俊一信函”出现明显不同的解释。日本认为，两国间就齿舞群岛、色丹岛归还问题已经解决完毕，剩下讨论有关领土问题是指择捉岛、国后岛的归属问题。苏联则认为，所谓讨论领土问题实际上是指有关齿舞群岛、色丹岛的如何返还问题，根本不涉及择捉岛、国后岛问题。

进入70年代后，随着美苏争霸斗争不断激烈，苏联希望利用开发西伯利亚作为新的经济增长点，同时把外来资金投入对象寄托到周边经济、技术大国——日本。在1973年10月，日本首相田中角荣应邀访问苏联。在两国首脑会谈中，勃列日涅夫表示：“苏联有丰富资源，西伯利亚似乎每天都能发现一种新资源，所以只要日本参与经济协作，就肯定能够获得很大利益。如果这样考虑，和平条约问题作为第二步考虑也可以，不应是非要解决领土问题。”对此田中角荣则表示，“作为资源缺少的日本，对经济协作、资源开发问题是有兴趣，这些也是日苏之间的重要问题。但是我在这里呼吁的是，为了建立日苏之间巩固的基础，有必要首先缔结和平条约，解决北方四岛问题，是签署日苏和平条约的绝对前提”。显然苏联方面希望日本能够搁置领土纠纷，与苏联共同开展经济协作，开发西伯利亚获得巨大经济利益。但是日本则认为，两国必须首先解决领土问题，在此基础上再讨论经济协作问题，坚持所谓“政经不可分”原则。

到了80年代戈尔巴乔夫改革时期，苏联更希望日本能够投资以转变国内经济严重滑坡局面。但是日本仍然坚持“政经不可分”原则，坚持苏联不归还北方四岛，绝不进行经济协作。1991年4月戈尔巴乔夫访问日本期间，双方发表联合声明表示，“海部俊树首相与戈尔巴乔夫总统，考虑到双方就齿舞群岛、色丹岛、择捉岛、国后岛的归属立场，就日苏两国之间包括领土划定问题在内有关和平条约诸问题进行详细认真会谈”[16]。这是日本几十年来争取到的，双方第一次采用发表共同声明方式，公开承认两国之间存在北方四岛领土问题，并且将齿舞群岛、色丹岛、择捉岛、国后岛的名字公开宣布。直到苏联解体，日本也没有实现以强大经济、技术实力，迫使苏联在“北方领土”问题上做出让步。

日俄两国在“北方领土”问题上的相互对抗性政策，结果是双方都不能够使对方做出让步，苏联时期的军事压力没有使日本方面屈服，同样日本以经济、技术实力迫使苏联方面让步也无法实现，最终结果是双方关系没有大的起色。