日苏两国相邻的海域，是世界上著名的太平洋北部渔场，可以说两国都希望将渔业资源据为己有不许他人插手。在苏联十月社会主义革命之前，日本与俄国就已经存在渔业纠纷问题，伴随着苏维埃政权成立这种纠纷也随之而来了。但是明显可以看出，当两国关系缓和时，渔业纠纷问题相对减少；当两国关系紧张时，渔业纠纷问题就明显增多，渔业纠纷问题往往成为两国关系变化的一种制约因素，所以可以说渔业纠纷问题是日苏两国关系发展变化的晴雨表。渔业纠纷问题不仅反映出两国关系的变化，而且也反映出两国国家综合实力的变化。

在第二次世界大战结束前，日苏之间渔业纠纷，主要是日本方面要拼命维护根据1905年《朴次茅斯条约》获得的在俄国领海内的渔业权，而苏联方面则不断努力地削减或者消除日本方面这种渔业权。在日本出兵苏俄远东及西伯利亚地区时期，日本方面在太平洋北部渔场捕捞作业，是采取在军舰护卫下的所谓自治捕捞作业。但是随着苏维埃政权势力不断向东方扩展，日本这种自治捕捞作业也就受到限制。从1923年起两国就有关渔业问题进行交涉，但是在两国关系尚未确定之前，渔业问题仅能是处于临时解决状态。由于苏联远东地区发展相当落后，到苏联管辖区内捕捞作业对于日本渔民具有极大的**力。因此渔业问题成为两国交涉内容之一，1925年1月两国签订《日苏基本条约》，其中非常重要的规定，就是承认1905年《朴次茅斯条约》的继续有效性。按1925年《日苏基本条约》规定，双方就渔业问题进行交涉，1928年签订了新的《日苏渔业协定》，有效期为8年，另外更重要的是日本方面维持了以往的渔业权。

在1928年《渔业协定》期满即1936年之后，由于日苏关系不断恶化，特别是日德两国签订《反共产国际协定》后，日苏两国之间渔业纠纷更加激化。苏联方面不断地削减日本方面所拥有的渔业权，而日本方面则拼命维护这种渔业权，双方没有能够即时缔结新的渔业协定，所以渔业问题采用每年签订临时协议方法解决。到1939年第二次世界大战爆发，日本政府决定实施“北守南进”战略后，日本主动采取缓和与苏联关系政策，在两国交涉中日本方面提出尽快缔结新的渔业协定，因为苏联方面极力要求收回北库页岛利权而日本方面不予理睬，所以苏联方面也在渔业问题上采取拖延政策，形成双方签署这种临时渔业协定多达8次。另外，由于苏联方面担心苏德战争爆发后日本会乘机从海上进攻苏联，所以在远东地区沿海海域设置水雷区。对此日本方面多次提出强烈抗议，认为水雷漂流会造成渔业生产及航行威胁。苏联方面对此采取否认态度。在1941年4月缔结《日苏中立条约》后，苏联方面要求就收回北库页岛利权问题与日本方面举行会谈，而日本方面就以新的渔业协定尚未签订为理由之一加以拒绝。到1944年3月，日本方面为了维持日苏两国之间中立关系，被迫主动提出放弃库页岛北部日本人利权时，日苏双方才签订了新的长期渔业协定。但是新的长期渔业协定，对日本方面来说，仅仅是剩下了所谓渔业权的形式，而且随着战场形势发展，日本方面已经无法进行渔业生产，到1945年8月，随着苏联对日宣战，新的渔业协定也同时废除。

第二次世界大战后，由于苏联方面占领了包括北方四岛在内的整个千岛群岛及库页岛南部，也就是说控制了几乎整个太平洋北部渔场，使得日本在北太平洋渔场捕捞作业更加困难。二战后日苏之间渔业纠纷主要表现为苏联以“入侵”为由，扣押日本渔船事件不断发生。然而这些扣押事件发生的次数，也随着日苏两国关系变化而增减。在两国关系缓和时，扣捕渔船事件就相对减少；当两国关系紧张时，扣押渔船事件就明显增加，可以说这种扣捕渔船事件成为苏联方面制约日本方面的一种手段。在战后日苏两国恢复邦交谈判中，苏联方面就曾经利用渔业问题，如扣押日本渔船、限制日本渔船进入捕鱼区等方法，强迫日本方面在领土问题上做出让步。根据统计，在1946—1976年，苏联方面共计扣押日本方面渔船1534艘，渔民达12742人。

二战后日苏两国频繁出现渔业纠纷的另外一个因素，就是两国关于北方领土问题的争议。由于日本方面认为北方四岛是属于自己的领土，所以认为到北方四岛附近海域捕鱼作业合理合法，但是苏联方面认为这些海域已经属于自己，故对不经允许而敢于闯入的日本渔船采取有关扣押对策。所以二战后苏联扣押的日本渔船很大比例是北方四岛附近海域的。实际上这完全反映出战后日苏两国关系的变化。