随着中日关系逐渐走向冰点，中国的日本文化研究也在悄然发生变化。上述介绍的一些著述中已经反映出一种趋势，即学者们一方面仍然坚持对日本文化中合理内核的研究和借鉴，但同时也加强了对日本文化中负面影响的研究。应该说，这种平衡正负效应的思路才是健康的研究态度。另外，如果从1980年开始算起到进入新世纪，中国的日本文化研究已近不惑之年，这也正符合中国日本文化研究多年积累后应该达到的成熟阶段。在这种综合条件下，一些学者本着以史为鉴、鉴往知来的态度，撰写了一系列依据史实、立足学术、着眼现实的研究专著，并对当今日本国家战略中日本文化的负面效应展开了多角度的立体化研究。

昆仑出版社2005年出版了系列专著：王向远（a）《日本对中国的文化侵略：学者、文化人的侵华战争》、（b）《“笔部队”和侵华战争：对日本侵华文学的研究与批判》、（c）《日本右翼言论批判：“皇国史观”与免罪情节的病理剖析》、齐红深《日本对华教育侵略：对日本侵华教育的研究与批判》。王著（a）按时间顺序讨论了诸多日本文人的侵华计划和侵华理论，并对侵华战争时期的在华奴化教育和宗教侵略的史实做了梳理分析。王著（b）对侵华期间日本诸多文学家及其侵华文学做了深入的研究和批判，是国内外第一部系统而扼要的日本侵华文学研究著作。王著（c）对诸如“大东亚战争肯定论”“自由主义史观”“南京大屠杀抹杀论”等诸多日本民间右翼思想言论进行了梳理分析，对他们美化和否定侵华历史、推卸战争责任、敌视中国的史观做了深入的剖析和批判。齐著前半部梳理了从清末民初开始到战败为止日本对华实行教育侵略和推行“皇民化”政策的过程，后半部以“亲历者口述实录”作为佐证。上述著作开辟了新的研究领域，也是对日本右翼言行的学术回应。

阎德学《武士之路：日本战略文化及军事走向》（人民出版社2006年）分别论证了日本战略文化的基本构成要素，诸如“日本人的灵魂所系的天皇制”“被异化的武士道精神”“追求强权的机会主义”等等，为认知日本政治军事走向开拓了一条新路径。不过，作者认为和平主义在一段时间内，仍将在日本社会发挥着稳定作用。与阎著的乐观相比，周兴旺《日本人凭什么》（世界知识出版社2006年）在主张虚心学习日本文化精华的同时，各章标题却透露出作者的忧虑，诸如：大和魂——日本的民族凝聚力分析、武士之道——日本的民族性格分析、丛林哲学——日本人的亚洲政策分析等等。显然，作者在担心，面对中国的和平崛起，日本人将要选择的道路，将决定着两国未来的命运，并期望该书能产生“激醒”作用。如果说上述阎著是日本战略文化的历史篇，那么，李建民《日本战略文化与“普通国家化”问题研究》（人民出版社2015年）则更注重现实。作者认为，日本的战略文化由集团主义、实用主义、危机感、结盟强者、易变性等诸多文化意识所构成，并指出“普通国家”战略文化因素包括实力主义、现实主义、不安心理等日本人的传统意识。作者把文化问题引入国家战略层面的研究，可谓是开辟新研究领域的学术力作。

2015年3月16日至4月29日《新民晚报》以“日本为何难谢罪”为题，刊载了29位中国学者从各自的文化视角撰写的33篇分析文章，对“日本右翼认罪难题”做出了综合解答。之后，由王卫新、胡令远主编集结成书《日本谢罪为什么这样难》（华东师范大学出版社2015年）。全书分设七篇：日本的历史责任及认识障碍、日本的皇国史观和天皇制、日本的自他认识和海外扩张、日本的政治传统和文化传统、日本的文明观和战争观、日本的集团主义和民众责任、日本的历史教育和教科书，从不同角度对书名所示问题做了学术性的深度解读。